Акт технического состояния памятника был датирован не непосредственно при передаче, а лишь 15 декабря 1994 г., когда он был уже разобран в соответствии с разрешением органов охраны памятников. Такое разрешение было дано письмом за № 307 от 18 апреля 1994 г. при условии «обеспечения сохранности промаркированных элементов для последующей сборки». В дальнейшем промаркированные бревна лежали на территории подворья под открытым небом без надлежащего хранения и защиты от осадков. В письме от 19 июля 1994 г. в адрес Управления начальник епархиального отдела реставрации В. Карагодина утверждала, что бревна были накрыты рубероидом, который был украден через 3 дня, но это лишь подтверждает, что епархия не сумела организовать их охрану. Впоследствии, 25 декабря 2001 г., отвечая на запрос суда по факту разборки дома (письмо за № 1109), С. Гурьев фактически признал, что эта разборка изначально была для памятника гибельна.
С. Гурьев 2 июня 1995 г. обратился в епархию с письмом (№ 208), в котором выражал озабоченность хранением деревянных элементов разобранного дома и предписывал произвести рассортировку древесины. После этого, в 1995 г., деревянные элементы дома были перевезены в Хутынский монастырь. Свидетели вспоминают, как впоследствии монастырские трудники распиливали помеченные белой краской стволы на дрова. 17 декабря 1995 г. архиепископ Лев в своем письме в органы охраны сообщал, что реставрация дома откладывается из-за финансовых затруднений. Однако на следующий год, в соответствии с распоряжением Администрации Новгородской области № 1006-Р от 1 апреля 1996 г., был утвержден план земельного межевания, где участок вокруг дома выделялся епархии «для реконструкции и эксплуатации памятника архитектуры — дома Передольского», а 22 мая 1996 г. епархия получила на данный участок свидетельство о праве пользования землей № Ю-51 в тех же целях. Ни после разборки дома, ни после перевозки его в Хутынский монастырь, ни в течение 1995—2000 гг. не составлялись акты технического состояния памятника, как того требуют инструкции и охранные обязательства. Только 6 июня 2000 г. в органы охраны от имени епархии было направлено письмо об обследовании состояния древесины, а 14 июня 2000 г. был составлен акт о ее фактической утрате. Как выявилось впоследствии, акт, изначально датированный нерабочим днем 12 июня, был фальсифицирован. К тому же он был составлен на основе «визуального наблюдения». Фотофиксация уже не существующих к тому времени бревен не производилась. Парадоксальность ситуации заключалась еще и в том, что 13 июня 2000 г. начальник управления охраны памятников С. Гурьев обратился к председателю КУГИ В. Алфимову с просьбой официально оформить документы на передачу дома Передольского в пользование епархиальному управлению.
Деревянные дома стареют и разрушаются. Это естественно. Однако в этой истории что-то всегда настораживало. В одном из интервью 2001 г. архиепископ Лев утверждал: с самого начала с местными властями обговаривалось, что будет построен именно новый дом, поскольку епархия не намерена каждые 5 лет менять гнилые бревна[301]
. Впоследствии ни архиерей, ни областное руководство не скрывали, что еще в мае 1998 г. они получили неофициальную поддержку со стороны тогдашнего министра культуры России Натальи Дементьевой, по имеющейся информации, пообещавшей согласовать строительство кирпичного дома взамен снесенного памятника. 5 октября 2000 г. В. Карагодина обращается к С. Гурьеву с просьбой дать разрешение на восстановление дома Передольского. В целях пожарной безопасности стены дома предполагалось выполнить из кирпича и облицевать снаружи деревом. Однако участок, на котором находился дом, стоял на мощном культурном слое, поэтому на основании решения Новгородской областной думы от 31 августа 1998 г., перед новым строительством здесь должны были быть проведены полномасштабные археологические раскопки.В ситуации, когда ни одно из необходимых условий так и не было выполнено, С. Гурьев 25 июля 2000 г. разрешил строительство фундамента для нового каменного дома, а своим письмом № 656 от 19 октября, на основании лишь эскизного варианта проекта, согласовал восстановление дома-памятника в кирпичном варианте. Епархия уже к 3 ноября приступила к работам, которые привели к разрушению части культурного слоя, что зафиксировано актом от того же числа, подписанным специалистами управления Георгием Акимченко и Алексеем Курочкиным. 4 ноября С. Гурьев своим письмом № 690 потребовал от епархии прекратить земляные работы.