Кроме собора, остальные монастырские постройки стояли в руинах. Автором проекта реставрации монастыря была Галина Никольская, член Консультативного совета по Софийскому собору. Это позволяло надеяться, что к ее голосу сестры и епархия будут прислушиваться. Надежды не оправдались. С самого начала работы велись не просто вразрез с проектом и реставрационными методиками, но в ряде случаев предполагали уничтожение сохранившихся частей древних зданий. Как всегда, они выполнялись без согласования, без проекта, без рабочей документации и без авторского надзора, который подменяли собой консультации представителя фирмы «Инжстрой» Александра Галкина, не обладающего необходимой квалификацией. Так, епархия отказалась выводить своды в братском корпусе, для чего под крышу завели железные балки. В качестве рабочей силы использовался неквалифицированный труд гастарбайтеров. Кроме колокольни и собора в монастыре возникла еще одна «архитектурная доминанта» — водонапорная башня, хорошо видная с ряда смотровых точек, хотя существовали и альтернативные проекты водоснабжения монастыря. Г. Никольская робко пыталась отстоять память о преподобном и его преемниках, но столкнулась не просто с непониманием, но и с угрозами. В свое, достаточно голодное для творческой интеллигенции, время игуменья выделила ей маленький огородик на территории монастыря, который постоянно грозилась отобрать. Начальник епархиальной службы реставрации В. Карагодина тоже сулила архитектору неприятности в случае, если протесты будут продолжаться.
Монастырь уникален еще и тем, что на его территории находится сопка — погребальный памятник славянской знати Новгородской земли IX—X вв., аналогов сопки в окрестностях города более не сохранилось. Церковная легенда превратила ее в горушку, насыпанную самим преподобным своей скуфьей. На сопке впоследствии была поставлена каменная часовня. Охранные обязательства на курган в Хутыни были подписаны монахиней Алексией (Симдякиной) и В. Карагодиной 22 июня 1994 г. Уже после этого епархия решила восстановить на сопке некогда существовавшую там часовню. Проект ее внешнего вида был согласован в управлении охраны памятников 29 августа 2000 г. Однако согласование эскиза — еще не разрешение на строительство. В епархии этого не хотели знать, и работы, возмутившие новгородское общество, начались. 5 октября 2000 г. письмом за № 609 начальник управления С. Гурьев был вынужден потребовать от архиерея прекратить земляные работы на памятнике археологии и представить документы на согласование. 9 октября 2000 г. владыка просит такие работы согласовать (письмо 613/3). Удивляет некомпетентность автора, составлявшего этот текст, или сознательное отрицание им археологического содержания сопки как погребальной насыпи — работы предполагалось проводить на «историческом месте-холме, являющемся памятником археологии».
В октябре 2000 г. Ю. Шубин отправляет в Министерство просьбу о согласовании строительства на сопке часовни, однако Александр Работкевич 19 октября затребовал дополнительные данные для решения этого вопроса. Одновременно Новгородское общество любителей древности направило тревожное письмо замминистра Наталье Дементьевой. 16 октября в Администрацию области и прокуратуру была направлена депеша из Министерства с просьбой принять меры в части административного и прокурорского надзора по сохранению памятника археологии и привлечению виновных лиц к ответственности за нанесенные ему повреждения. Вместо этого 7 февраля 2001 г. А. Работкевичу за подписью С. Гурьева и архиепископа Льва была отправлена «дополнительная информация», суть которой сводилась к следующему: «Возвращение храмовой святыни на свое обычное место будет способствовать сохранению археологического памятника и нормальной жизни монастыря». Чуть раньше, 23 января, Ю. Шубин сам просит Н. Дементьеву согласовать строительство часовни размером 3 ç 3 м с заглублением в памятник не более чем на 80 см. Во входящих документах и в книге согласований указание на такое разрешение отсутствует. Однако в августе 2001 г. часовня была возведена самовольно. Это был не единичный случай. В 1998 г. часовня была построена на еще одной сопке у деревни Береговые Морины близ Новгорода. С. Гурьев утверждал, что «возведение часовни ни в коей мере не может повлиять на состояние сопки» и что «хуже, чем есть, состояние сопки не станет»[295]
.