В результате начало происходить то, что начало происходить. Даже по мнению прихожан, храм пришел «в полный упадок»[291]
. Староста, ориентируясь на свой вкус, не всегда контролируемый настоятелем, требовал засыпать Мартириеву паперть, дописать остатки средневековых фресок, расставить у икон живые цветы в вазах, а хранительской службе поручить уход за этими цветами. Хранители, предпочитавшие не спорить с епархиальным начальством, посещали собор лишь эпизодически, что привело к отсутствию постоянного и квалифицированного надзора за действиями смотрительниц и уборщиц. Еще в марте 2001 г. комиссия Федерального научно-методического совета была вынуждена обсуждать надуманный вопрос о «несовместимости раскопа и богослужений». К 2003 г. завершился первый этап «приспособления» Мартириевой паперти, проект которого так и не получил квалифицированного обсуждения. Пол паперти устлали крупной плиткой грубо обработанного «пикалевского» камня со следами циркулярной пилы. Под плитку был упрятан уникальный ладьевидный саркофаг, бывший некогда местом упокоения одного из новгородских архиепископов XIV—XV вв. По краям паперти была установлена безвкусная решетка, вглубь вела не менее грубая лестница. 20 февраля 2003 г. научно-методический совет обсуждал вопрос о разборке кирпичной гробницы в паперти, где верхние ряды плинфы частично закрывали фреску 1144 г. 7 августа 2003 г. вновь на секции научметодсовета обсуждалась необходимость настоящих реставрационных работ в Мартириевой паперти. Было отмечено, что у древнейшего русского собора не было своего архитектора. В 2001 г. была предложена кандидатура Владимира Дружинина, однако она не была принята архиереем, и лишь в июне 2005 г. в хранительской службе собора в должности архитектора начала трудиться Ольга Коваленко. В результате новый проект, предусматривающий исправление уже сделанного, в начале 2005 г. был заказан мастерской Бориса Сизова. В целом работы в паперти, как и внешняя покраска собора и золочение куполов, были закончены в 2009 г. — к 1150-летию первого упоминания Новгорода в русском летописании.Именно с археологическими находками в Мартириевой паперти связан еще один неприятный инцидент в истории Софийского собора. В 1999—2000 гг. здесь проводились новые исследования под руководством Владимира Седова. В результате было найдено несколько новых погребений, древние печати, а также культурный слой конца X в. Ткани, обнаруженные в этих погребениях, были уникальны — среди них княжеская туника с изображением вознесения Александра Македонского и погребальная шапочка с вензелем архиепископа Евфимия I Брадатого. Ткани были отреставрированы за счет епархиального управления, однако, в нарушение существующего законодательства, на протяжении 6 лет так и не были переданы в государственную часть музейного фонда Российской Федерации. Напомним, что пункт 9 статьи 45 ФЗ № 73 «Об объектах культурного наследия» предписывает совершать такую передачу в течение 3 лет со времени окончания работ. Ведомственная инструкция о производстве археологических раскопок от 23 февраля 2001 г., разработанная на основе Положения об охране и использовании памятников истории и культуры № 865 от 16 сентября 1982 г., предписывала передачу материалов в государственный музей по завершении их камеральной обработки, что должно быть скреплено соответствующим документом. Архиерей и его помощники мотивируют удержание находок тем, что в настоящее время они оформляют официальные документы на открытие церковно-археологического музея при Софийском соборе, однако нарушение законодательной нормы представляется очевидным. К тому же разговоры об открытии епархией своего музея на основе коллекции, собранной митрополитом Ленинградским Антонием (Мельниковым; 1978—1986) и хранящейся в новгородской архиерейской резиденции, идут уже более 10 лет. В результате ни эти вещи, ни уникальные ткани не известны ни широкой общественности, ни узкому кругу специалистов. Есть и другой пример. Моленное архиерейское место XVI в. так и стоит разобранным на хорах собора, дожидаясь своей реставрации. Архиепископ отказывается оплачивать ее до тех пор, пока на передачу этой святыни епархии не будут подписаны дополнительные документы, хотя приказ от 13 августа 1991 г. передал собор церкви со всеми недвижимыми памятниками.