Известно, что другие религиозные общины, не принадлежащие к патриархии, с бóльшим почтением относятся к древности. Со вкусом и профессионализмом был отреставрирован новгородский храм св. апостола Иоанна Богослова на Витке, переданный общине Русской Православной Старообрядческой церкви в октябре 2001 г. Здесь были проведены все необходимые работы и археологические исследования, все открытые древности, в частности надписи-граффити, были укреплены и представлены на обозрение прихожан и туристов[305]
. Однако попытка общины возродить храм вмч. Дмитрия Солунского в Новгороде натолкнулась, очевидно, на сопротивление епархиального руководства. Дав 9 сентября 2005 г. устное согласие, архиепископ отказался фиксировать его на бумаге. В результате из новгородского Управления Росимущества общине пришел отказ, мотивированный тем, что после реставрации эта церковь будет передана епархии для организации в ней «храма воинской славы». Отказ в передаче храма был подтвержден и во время личной встречи митрополита Корнилия (Титова) с губернатором области 10 февраля 2006 г.Одним из последних аккордов новгородской драмы стал Иверский монастырь на Валдае, переданный епархии местным советом в августе 1991 г. как «довесок» к Софийскому собору. Монашеская община здесь была зарегистрирована лишь 1 декабря 1999 г. В 2001 г. губернатор М. Прусак напоминал Президенту, имеющему неподалеку дачу, что тот обещал деньги на реставрацию фресок в монастырском соборе. Деньги нашлись, работы были проведены. Однако 26 мая 2005 г. секция ФНМС констатировала, что из-за нарушения методики реставрации, выполненной на низком профессиональном уровне, на росписях в алтаре собора произошло выделение солей.
Неприязнь новгородского архиерея к деревянному зодчеству проявилась в печальной истории хлебного амбара и южного гостиничного корпуса — неотъемлемых частей монастырского ансамбля XIX в. Иверский монастырь Указом Президента РФ 20 февраля 1995 г. был отнесен к федеральным памятникам. До 2004 г., несмотря на робкие начатки монашеской жизни, восстановление монастырских храмов и корпусов текло достаточно вяло ввиду отсутствия средств. Средства появились, когда Президент не только утвердил на Валдае свою резиденцию, где архиепископ Лев освятил храм в честь св. равноапостольного князя Владимира, но и решил привезти сюда участников петербургского саммита G8 в июле 2006 г. Заказчиком «реставрации с приспособлением» выступило ФГУП «Дирекция по строительству и реконструкции объектов Управления делами Президента РФ», пользователем — Новгородское епархиальное управление, спонсоры пришли сами. Работы предполагали «по возможности» сохранение системы печного отопления, а церковь прав. Иакова Боровического и примыкающий к ней корпус должны были быть приспособлены к длительному пребыванию детей. Зато в трапезной церкви Богоявления Господня должны были появиться комнаты «для особо важных гостей» — епископ льстил себя надеждой, что здесь будет останавливаться «сам». В настоятельском корпусе, где планировались архиерейские покои, хотя и предполагалось «по возможности» сохранить существующую планировку и функциональное назначение помещений, но хрупкие надежды разрушались требованием вместить сюда сауну. Впоследствии пользователь отказался и от детей и от VIP-персон.
Строительная гонка началась, и ее нужно было закончить за два года. В худшие для памятника дни здесь работало до 300 человек. Подрядчиком выступила близкая к церковным кругам петербургская «БСК», уступившая впоследствии свое место АРС-Центру. Были начаты работы по реконструкции северного гостиного и странноприимного корпусов, церкви св. митрополита Филиппа, колокольни, по обследованию конструкций Успенского собора. К декабрю 2005 г. предполагалось закончить работы и освоить 600 млн. рублей. Заказчик подгонял, строители спешили, зачастую игнорируя проект, пользователь стремился не упустить момент. В западной монастырской зоне на окнах появились стеклопакеты без необходимой в таких случаях принудительной вентиляции. Об эстетике эпохи патриарха Никона пользователь предпочитал не вспоминать. В результате пренебрежения методикой в угоду срокам раствор клали, невзирая на осенние заморозки, что привело к появлению трещин на фасадах, особенно на стыке стен с карнизами и фундаментами.