Все, кто так или иначе были связаны с проектом, отмечали, что основной сложностью работы с пользователем было даже не его настойчивое желание сделать в средневековом монастыре евроремонт, а непрерывная смена заданий. В надзорные органы поступали подписанные архиереем «правильные» бумаги, а изменения вносились уже непосредственно в ходе работ, которые никто не контролировал. Проектировщиком выступила одна из лабораторий петербургского института «Спецпроектреставрация». При этом архиепископ потребовал исключить новгородских специалистов из числа участников проекта, пригрозив: будут новгородцы — будет другой проектировщик. Одним из «спецзаданий» было требование, чтобы после окончания работ в монастырь 300 лет не ступала нога археолога и реставратора. Амбициозность требований поражала: трапезная должна была вмещать 500 человек, странноприимный дом — 1000. Это было похоже на претенциозное расширение русского Пантелеймонова монастыря на Афоне в начале XX в., не связанное ни с количеством братии, ни с потоком паломников: Империя лишь утверждала себя на Балканах. В результате на странноприимном корпусе была надстроена мансарда. Еще ранее были практически уничтожены северные ворота монастыря, не рассчитанные на проезд грузовиков. А в июне 2006 г. была преднамеренно сломана южная пристройка к настоятельскому корпусу.
На фоне этих глобальных свершений даже как-то неловко упоминать о судьбе хлебного амбара, построенного в 1896 г. на ленточно-бутовом фундаменте в восточном дворе. Внутри сарая, рассчитанного на 2000 пудов зерна, сохранилась система воротов, наглядно демонстрировавшая особенности монастырского быта конца XIX в. Задание на разработку научно-технической документации было утверждено руководителем президентской дирекции Н. Таскиным 22 июня 2004 г. и согласовано архиепископом — «за исключением раздела 16 № 29, 31». За этими номерами и скрывались амбар и гостиница, находившиеся отнюдь не в аварийном состоянии. Несмотря на то что 16 марта 2005 г. Минкультом было утверждено архитектурно-реставрационное задание на деревянный амбар, 7 апреля один из чиновников управделами Президента И. Малюшин обратился в министерство (письмо № УДИ-872) по поводу возможного сноса зданий амбара и гостиничного корпуса. 14 апреля ему ответил замминистра Леонид Надиров. Министерство полностью поддерживало предложение по разборке амбара и его последующему переносу в Музей деревянного зодчества в Витославицы под Новгородом. В связи с аварийным состоянием южных гостиничных келий монастыря их разборка допускалась при условии последующего «воссоздания» в кирпиче и восстановления деревянной обшивки — вариант дома Передольского. Существует информация, что при составлении заключения об аварийном состоянии объектов чиновники оперировали несуществующим заключением проектировщика работ.
Уже 7 июля состоялось рабочее совещание по разборке амбара, а 12 июля было скорректировано техническое задание на этот объект. Основанием для подобных действий было все то же письмо замминистра культуры. Работы были поручены ООО «Биллион-Рестофор». Окончательное разрешение на разборку было выдано представителем Северо-западного управления Росохранкультуры Ю. Жаболенко 26 июня 2005 г. В сентябре–ноябре амбар разобрали и перевезли в Витославицы, хотя акт передачи был подписан только 10 мая 2006 г. Гостиничным кельям повезло меньше. Их грамотной разборкой никто не был озабочен. Разломанные останки, по имеющимся сведениям, были перевезены в расположенное недалеко от Валдая подворье Хутынского монастыря в д. Быково.
Казалось бы, и закон соблюден и епархия ни при чем. Один чиновник просит другого, третий согласовывает. Но за этой бюрократической процедурой стоит не только требование архиерея, но и разрушение цельности ансамбля, представляющего публичную ценность и являющегося государственной собственностью. Подобные вопросы требуют не келейных договоренностей (в отношении церковной старины — в изначальном смысле этого слова!), а открытого обсуждения и общественных слушаний. Проблемы подлинности в приобщении к Преданию Церкви, воплощенному в трудах преемников патриарха Никона, вообще отходят здесь на второй план в сравнении с проблемами законности и порядочности.