31 декабря 1996 г. уходящий глава администрации Валерий Арбузов подписал распоряжение о передаче монастырю Нового двора, где располагался музейный отдел природы. Этот синдром «последнего дня» будет постоянно довлеть над историей Ипатия. Несмотря на недействительность сделанного распоряжения, на Рождество 1997 г. мэр Костромы Борис Коробов и новый губернатор Виктор Шершунов уже обсуждали с архиереем возможность закрепления за монастырем этого объекта[307]
. 5 июля 1997 г. архиепископ Александр обратился к жителям края. Он заявлял, что никогда не подвергал сомнению необходимость размещения в монастыре большого историко-патриотического музея. Эти слова были истолкованы многими как стремление к компромиссу между областным музеем и епархией, но со временем станет ясно, о чьем конкретно музее шла речь в обращении. Тогда же он лишь настаивал на праве монашеской общины быть полноценным соработником в деле освоения духовного пространства монастыря.В процессе общественной полемики выяснилось настоящее положение дел с недвижимостью в епархии. Оказалось, что ей были переданы здания, не являвшиеся церковной собственностью: детский сад в доме Флорентьева, склад в Юбилейном, хозяйственный магазин на улице Симановского. Проявилось и прямое давление властей на прессу. 30 июля местная администрация сняла программу Ларисы Сбитневой «Перекресток», где речь должна была идти о проблеме передачи музейных зданий епархии. Это было сделано председателем ГТРК Кострома Н. Молоковой непосредственно по просьбе архиепископа Александра (Могилева). В это же время наместник иеромонах Павел (Фокин) распространил свое обращение, обвинив работников музея в «восстании против дома Божьего». Музейщики действительно восставали, но для этого были вполне конкретные поводы, изложенные в рапортах, направленных в епархию и Управление культуры. Здесь указывалось на грубость послушников в отношении пожилых смотрительниц, их флирт с молодыми сотрудницами, сквернословие и пьянство[308]
.Постоянные взаимные претензии и лоббирование епархиальных интересов на самом высоком уровне привели к тому, что в октябре 1997 г. в монастыре побывала комиссия Министерства культуры и администрации Президента, которая выяснила неурегулированность вопросов собственности на этот федеральный памятник. 16 октября 1997 г. Министерство культуры, областная администрация и епархиальное управление подписали протокол о намерениях, связанных с новой «частичной» передачей. Речь шла о здании вотчинной конторы (богадельни) и архиерейском корпусе. Именно тогда произошла замена начальника управления культуры области Григория Скрябина на более лояльного к требованиям епархии Евгения Ермакова. В 1998 г. был подписан новый договор о совместном использовании памятника. Здесь указывалось, что количество богослужений в Троицком соборе должно скромно соответствовать количеству патриарших служб в Успенском соборе Московского Кремля (около 30 в год). Однако в реальности количество служб с 1996 г. по 2003 г. увеличилось с 12 до 72. Они совершались не на основании договора, а по утверждаемому задним числом дополнительному графику, который к 2004 г. уже просто не существовал. При этом частные молебны в расчет не принимались вовсе, а особой формой православного благочестия стали «заказные литургии» для гостей архиепископа, наместника или администрации области. До 2004 г. архимандрит Павел (Фокин) демонстративно пренебрегал обязательствами использовать в соборе лишь восковые свечи.
Несмотря на то, что в 1995 г. Президент включил Ипатьевский монастырь в перечень объектов культурного наследия федерального значения, 24 августа 2000 г. КУГИ Костромской области своим распоряжением № 784 передал монастырский комплекс в оперативное управление Краеведческому музею. Еще ранее администрацией было принято решение о внесении ансамбля монастыря в перечень собственности Костромской области. Это вызвало недовольство федеральных чиновников и ускорило ожидаемую развязку. Новый этап борьбы за Ипатий начался при новом Президенте. В начале 2001 г. в канцелярию полпреда Г. Полтавченко было отправлено 8000 подписей в поддержку передачи Ипатьевского монастыря Костромской епархии. В июле в монастыре прошел Общероссийский монархический съезд, который адресовал Президенту открытое письмо. Авторы текста обвинили общество в «пленении всероссийской святыни» и издевательстве над монахами в виде проверки паспортного режима. В августе рабочая группа из сотрудников аппарата полпредства, Минкульта и патриархии констатировала «вопиющее несоответствие» музейной экспозиции самому названию музея «Ипатьевский монастырь» и «духу времени». Она рекомендовала вывести из монастыря непрофильные экспозиции, а архиерейский корпус передать общине. На основе фондов музея следовало создать федеральный Музей-заповедник «Ипатьевский монастырь». На Ипатии опробовалась методика создания государственного музея под управлением церковной иерархии, как это планировалось и не получилось в Троице-Сергиевой лавре.