В народе начался сбор подписей против ликвидации учреждения культуры. К процессу передачи монастыря в ведение костромского архиерея уже был подключен полпред Президента в Центральном округе Г. Полтавченко. 10—11 ноября 2003 г. в обители ожидалась новая комиссия с его участием, которая должна была принять окончательное решение о выселении музея. 13 ноября пресс-служба Костромской епархии распространила заявление, где говорилось, что даже в случае реализации предложений архиепископа музей будет продолжать свою работу. В заявлении предлагалось вывести с территории лишь экспозиции краеведческого характера, не соответствующие монастырской атмосфере. Одновременно в музей пришло письмо из епархии с просьбой в течение месяца дать согласие на передачу церкви оставшейся части монастыря в соответствии с требованиями правительственного распоряжения № 490.
В конце ноября 2003 г. на ситуацию обратили внимание депутаты Костромской думы, предложившие на очередном заседании заслушать мнение обеих сторон. К этому времени (6 ноября) директор музея Ольга Рыжова разослала письмо — вопль о помощи своему заповеднику с изложением реальной ситуации. Выяснилось, что в 1993—2003 гг. церкви было передано почти 1942 кв. м помещений. И хотя взамен музеем было получено несколько больше — 1954 кв. м, их было невозможно признать равноценными. Только в 2002—2003 гг. к монастырю отошли здание богадельни — вотчинной конторы, откуда был выведен музей природы, Юго-западная башня, где располагался склад, Зеленая башня, Северо-западная башня, стены Нового города, при этом на 31 октября 2002 г. в монастыре было лишь 7 человек насельников. Одновременно осуществлялся и демонтаж «революционной экспозиции» в церкви свв. Хрисанфа и Дарьи для использования ее по первоначальному назначению, что нужно было сделать еще в самом начале конфликта.
Всего на 4 ноября 2003 г. в пользовании у музея находилось еще значительное число объектов, в частности архиерейский корпус с церковью свв. Хрисанфа и Дарьи, подклет Троицкого собора, придел св. Михаила Малеина, палаты бояр Романовых, братский корпус, Екатерининские ворота, свечной корпус, Квасная башня, Воскобойная башня, Водяная башня, Кузнечная башня и Пороховая башня. Троицкий собор был в совместном использовании. В центральной прессе комментарии ситуации прозвучали из уст директора Института искусствознания А. Комеча и начальника отдела музеев Министерства культуры Анны Колупаевой. Здесь говорилось о нарушении подписанных соглашений и бесконтрольном увеличении числа служб в Троицком соборе, тогда как уникальная живопись требует особых условий совершения литургии. Одновременно чиновники Министерства предлагали во избежание конфликтов разделить монастырь на две части[309]
.Но, судя по всему, участь монастыря была уже решена — 20 декабря 2003 г. Президент издал поручение № 2316-пр, предлагающее найти положительные для патриархии варианты. В 2004 г. в связи с административной реформой и дальнейшим процессом разграничения полномочий между центром и регионами иерархия и власть принципиально меняют тактику в отношении мер, обеспечивающих передачу Ипатьевского монастыря в полное распоряжение архиепископа Александра (Могилева). Эта тактика приобретает очертание стратегии и может быть связана с именем заместителя руководителя Федерального агентства по управлению федеральным имуществом Дмитрия Аратского. Ее основой становится «проведение мероприятий по восстановлению нарушенных прав Российской Федерации на памятники истории и культуры федерального значения» и передача их «в безвозмездное пользование» Русской церкви. Одновременно это было началом натиска Росимущества на Роскультуру и Росохранкультуру. Для Ипатьевского монастыря эта перемена оказалась связана с двумя новыми именами в его истории: архимандритом Иоанном (Павилихиным), новым наместником, и профессиональным переговорщиком москвичом Александром Бугаевским, которого следовало бы назвать «православным рейдером». Последний, как председатель православного общества «Скиния» и представитель патриархии по земельно-имущественным вопросам, участвовал во всех заседаниях Росимущества, посвященных передаче Ипатия епархии.