В октябре музей подал в московский Арбитражный суд исковое заявление с просьбой отменить это решение ввиду отсутствия материальных средств для переезда. Музейщики сознавали неравенство сил, и чувство исторической справедливости было им не чуждо. Во многих из них вера во Христа не исключала профессионального долга. Их «движение сопротивления» не было «борьбой против». Шла «борьба за» — за своевременное предоставление равноценных зданий, уже отремонтированных и готовых принять фонды и новую экспозицию, за целостность коллекции, за возможность постоянного и квалифицированного контроля за состоянием фресок и икон. Архимандрит Иоанн в своих комментариях прессе посчитал иск несправедливым, утверждая, что здания бывшей типографии и дореволюционной гауптвахты в центре города, на 144 кв. м превосходящие прежние площади, «прекрасны, великолепны, недавно отреставрированы» и идеально подходят для переезда. Одновременно архимандрит припомнил, что в 2001 г., по его словам, были осквернены могилы Годуновых, останки бояр изъяты из гробниц и отправлены в Институт антропологии, а кости монахов просто «выкопаны и вывезены в неизвестном направлении».
Областные власти потребовали от директора О. Рыжовой отозвать иск. Имеется информация, что на нее оказывали административное давление вплоть до угроз уголовного и административного преследования по результатам готовящихся проверок. 8 декабря в Росимуществе состоялось очередное совещание под председательством Д. Аратского с участием Костромской епархии, но уже без участия музея. Территориальному управлению по Костроме было поручено совместно с областной администрацией проработать вопрос о передаче музею пожарной каланчи и дома Борщова, где располагался судебный департамент, а также усадьбы Карцева, в которой еще существовал Дом народного творчества. Роскультуре было предложено решить вопрос о хранении коллекции музея на переданной монастырю территории путем заключения договора. Агентству также было велено «принять к сведению информацию о необходимости согласования передачи» в пользование епархии всего комплекса монастыря в установленные сроки. Соответствующее обращение было послано М. Швыдкому еще 3 декабря. Над всем тяготела необходимость «исполнения поручения Президента РФ о передаче Свято-Троицкого Ипатьевского монастыря РПЦ».
Важно отметить, что обращение о согласовании было отправлено в Роскультуру заранее, с тем чтобы к концу года было можно принять окончательное решение. В этой процедуре организациям, ответственным за судьбу культурных ценностей, отводилась роль статиста, призванного согласовывать волю Росимущества. Очевидно, такое положение вещей возникло в результате административной реформы. Положение об агентстве и его полномочиях в области федеральной собственности (постановления Правительства 8 апреля 2004 г. № 200 «Вопросы федерального агентства по управлению федеральным имуществом» и 27 ноября 2004 № 691 «О федеральном агентстве по управлению федеральным имуществом») превосходило полномочия культуроохранных учреждений и вступало в противоречие с нормами законов об основах законодательства о культуре, о музейном фонде и об охране объектов культурного наследия. Объекты культурного наследия и предметы музейного фонда рассматривались как рядовое имущество, без присущей им специфики. В результате последнее согласование Роскультуры (№ 01-04-2728) было датировано 21 декабря 2004 г. Давление Росимущества на Роскультуру продолжилось и позднее. На заседании правительственной комиссии по вопросам религиозных объединений 24 июня 2005 г. руководству агентства вновь было указано на необходимость соблюдения сроков рассмотрения проектов решений правительства, направляемых сюда на согласование Росимуществом.
Однако именно на совещании 8 декабря впервые возникает новый аспект, который до времени был сокрыт за проблемами недвижимых памятников. Росимущество уже тогда предполагало расчленение музейной коллекции путем выделения из числа объектов Государственной части музейного фонда предметов краеведческого назначения с последующей передачей их для хранения и экспозиции ГУП «Костромской объединенный историко-архитектурный музей-заповедник». «Некраеведческие» предметы, связанные с церковной культурой, изначально предполагалось оставить придатком к недвижимым памятникам, передаваемым в бессрочное и безвозмездное пользование епархии. Росимущество впервые покусилось на цельность музейных коллекций, проигнорировав мнение представителей организаций ответственных за их сохранность лиц. От минкульта на совещании присутствовала Т. Курбатова, от ФАККа — А. Серпенский.