Зимой–весной в Москве происходил активный обмен письмами по поводу монастыря. Руководитель администрации Президента Дмитрий Медведев обращался 28 января к Председателю Правительства (№ А4-1341П), в Росимущество писали 7 июля зампред Совета Федерации С. Орлова (№ 2.5-25-469) и 26 июля — член Совета Федерации А. Хазин (№ 44-92/АХ). 11 мая 2004 г. арбитражный суд Костромской области признал недействительным распоряжение местной администрации о передаче ансамбля монастыря областному музею. Дальнейшая согласованность действий поражает. 13 мая патриарх обращается (№ 2736), теперь уже в Росимущество, по поводу передачи патриархии всего ансамбля монастыря. Против этого уже не возражала и Роскультура, что подтверждается ее письмами в Росимущество от 27 августа и 3 сентября (№ 01-07-1281 и № 01-07-1349). 2 сентября 2004 г. Росимущество издает распоряжение № 297-р о передаче в безвозмездное пользование епархии части строений и помещений монастырского ансамбля. В список были включены церковь Лазаря Четверодневного, монастырская звонница с набором колоколов, свечной корпус, за исключением помещений фондохранилища, здание богадельни (вотчинной конторы), стены и башни Нового города, кельи над погребами, стены и башни Старого города (за исключением Екатерининских ворот и галерей боевого хода Квасной, Воскобойной и Водяной башен, по которым проходят туристические маршруты), архиерейский сад, обруб, помещения 2-го этажа братского корпуса и колонна в память о знаменательных событиях в истории Ипатьевского монастыря.
Этому предшествовал целый ряд местных событий. В марте 2004 г. собор Рождества Богородицы в Солигаличе был возвращен епархии в рамках реализации соглашения о сотрудничестве, подписанного в марте 2001 г. Оттуда был выведен филиал Краеведческого музея, разместившегося в Ипатии. 21 июня 2004 г. глава областной администрации Виктор Шершунов и архиепископ Александр подписали новое соглашение, в соответствии с которым помещения второго этажа свечного корпуса передавались уже в совместное управление епархии и музея. Ровно через месяц, 21 июля 2004 г., в ходе строительных работ на территории архиерейского сада XVIII в., заказчиком которых выступила мэрия, предполагавшая разместить здесь торгово-туристический центр, была разрушена часть самого сада, а также нанесен ущерб открытому фортификационному сооружению XVI в. — захабу. Работы не были согласованы с Министерством, и епархия умело использовала промах властей, начав кампанию по защите памятников культуры. Ее символом стал наместник, спустившийся на дно траншеи с остатками оборонительного сооружения и предложивший строителям забетонировать яму вместе с ним.
Такой массовой и хорошо организованной кампании еще не бывало. 3 августа «Общественный комитет по правам человека» в лице председателя правления Т. Квитковской обращается к Президенту с просьбой защитить памятники Ипатия от разрушения светскими властями. 9 августа с аналогичным обращением к Президенту в связи с «актом вандализма на территории монастыря» выступает и глава Российского объединенного союза христиан веры евангельской Сергей Ряховский (№ 129/-08). Письма производили впечатление написанных под копирку в окружении костромского епископа. Председатель Комитета по охране и использованию историко-культурного наследия администрации области Сергей Конопатов пытался оправдаться тем, что «захаб» якобы не являлся объектом культурного наследия и не состоял под государственной охраной.
Эти условия во многом облегчили принятие распоряжения Госимущества № 297-р от 2 сентября, но оно уже не удовлетворяло ни архиерея, ни его сторонников. 8 сентября 2004 г. в Кострому прибыла специальная комиссия, которая должна была вынести вердикт о дальнейшей судьбе Ипатьевского монастыря. Уже 14 сентября в Росимуществе состоялось новое совещание с участием директора музея Ольги Рыжовой и ее заместителя по науке Ольги Куколевской. Разговор шел об инвентаризации объектов и фондов музея-заповедника, которую нужно было провести до 1 декабря. Тогда же была названа и сумма, в которую мог обойтись переезд музея, — 18 млн. рублей. В качестве одного из возможных вариантов назывался дом Борщова.