Однако патриарх Алексий (Ридигер), посетивший монастырь 30 августа 2002 г., еще призывал епархию и музей к сотрудничеству, подчеркнув необходимость совместного использования памятника. Не успел он уехать, как случилась беда. К этому времени монастырю уже была передана территория Нового города, на которой находилась старинная деревянная церковь Преображения из села Спас-Вежи 1713 г. В 1956 г. она была спасена от вод Горьковского водохранилища и перенесена на территорию обители. 4 сентября вечером церковь сгорела. Звонок на пульте пожарной охраны раздался в 18 часов 16 минут, однако спасти храм не удалось. Костер размером 13 на 15 метров, поднимавшийся на высоту 12-этажного дома, заставлял плавиться кровельное железо. Пожарные машины пришлось убрать с территории двора. К 2006 г. обгоревшие деревянные покрытия стен все ещё не были восстановлены монастырской братией.
«По факту» было возбуждено уголовное дело, которое ни к чему не привело. Но в процессе расследования выяснилось, что, получив Новый двор, братия всячески препятствовала противопожарным обходам, совершаемым сотрудниками музея, который просто лишился возможности доступа к церкви. Сразу же легкие конструкции решетчатых дверей между Старым и Новым городом были заменены глухими металлическими воротами, а предписание органов охраны памятников от 26 августа 2002 г. согласовать эту замену со специалистами не было выполнено. Эти ворота, запертые монашествующими, и стали в первый момент пожара главным препятствием к его тушению. Братия достаточно поздно сообщила о трагедии, пытаясь ликвидировать огонь самостоятельно. Основной версией пожара стало неосторожное обращение с огнем. Пожар возник на крыльце церкви, где «по обычаю» курили монастырские трудники и находившиеся здесь на воспитании «трудные» подростки, которые уже на следующий день исчезли из монастыря. Монашеская среда, пропитанная «теориями заговора» тут же заподозрила в пожаре провокацию против Церкви и всерьез обсуждала возможность поджога извне с помощью системы зеркал и увеличительных стекл.
В 2003 г. начались страдания Тихвинской иконы Божией Матери (XVI в.), одного из первых списков чудотворного образа. С 1996 г. он находился в экспозиции в ризнице, располагавшейся в южной галерее Троицкого собора. 8 января 2003 г. комиссия музея согласилась пойти навстречу общине и передать образ в Троицкий собор при условии создания специального кивота. 5 мая губернатор подписал распоряжение № 722-р о создании комиссии по проекту договора о совместном использовании иконы и проведению необходимого комплекса работ, предшествующих ее перемещению в богослужебное пространство. По первоначальной договоренности, архиерей должен был найти спонсоров для создания этой недешевой конструкции, а музей обязался взять на себя организационные хлопоты. В результате архиепископ обвинил музейщиков в «вымогательстве», утверждая в прессе, что цена работ существенно завышена, и отказался от сотрудничества. Музею пришлось обратиться к местному депутату, профинансировавшему изготовление дубового кивота, материал для которого был специально привезен из Сочи. Кивот был герметичен, но не имел системы поддержания температурно-влажностного режима. Сам архиепископ на установку кивота и перенесение в него иконы не приехал, поручив представлять свои интересы и. о. наместника иеромонаху Ферапонту.
В соответствии с договором, все работы, так или иначе связанные с иконой, в том числе и вскрытие кивота, должны были проводиться по согласованию с музейщиками. Однако ночью накануне празднования Тихвинской иконы братия самостоятельно вскрыла кивот для нанесения позолоты на современную резьбу, окружавшую образ. Характерен следующий эпизод, имевший место на расширенной музейной комиссии, обсуждавшей происшедшее. Недоумение специалистов вызвали и сам факт нарушения соглашения, и таинственность ночных действий. Владыка раздраженно бросил: «Что вы беспокоитесь за свою икону? Да не вынимали мы ее», продемонстрировав тем самым полное непонимание смысла мероприятий по сохранению святыни. Он официально признал, что золочение производилось в присутствии лика, так и не вынутого из кивота. Зная систему отношений в Костромской епархии, трудно допустить, что правящий архиерей не был в курсе происходящего.