Характерно и отношение к иконе вообще, которое подменялось личными представлениями о благолепии и благочестии. Перед приездом патриарха Алексия (Ридигера) в 2002 г. Тихвинский образ был выставлен в соборе под наблюдением хранителя. В последней момент сквозь толпу прорвался монастырский трудник с цветочной гирляндой на шее, молотком в руках и гвоздями в зубах. Оказалось, что архимандрит Павел (Фокин) велел ему исправить свою «забывчивость» — украсить икону живыми цветами, что должно было свидетельствовать патриарху об особом почитании образа костромским людом. Со всем мужицким размахом трудник всадил гвоздь в кивот, не обращая внимания на предынфарктное состояние находящегося рядом смотрителя. В результате от удара икона пострадала, началось отслоение живописи, что было зафиксировано дефектным актом, а соответствующая жалоба пошла в Министерство культуры, где и канула.
В августе 2003 г. в адрес Президента поступил новый «глас народа», подписанный рядом патриотически настроенных деятелей культуры. Здесь утверждалось, что совместное использование Ипатьевской обители музеем и монастырем не имеет положительной динамики. Особо подчеркивалось, что в 2013 г. будет отмечаться 400-летие дома Романовых, и центром празднования должен стать Ипатьевский монастырь в Костроме. «Фонд 400-летия дома Романовых» был учрежден 25 ноября 2001 г., и его учредителями стали Коробов Борис Константинович, глава самоуправления г. Костромы, и Могилев Александр Геннадьевич, архиепископ Костромской и Галичский. Среди проектов фонда была организация музейно-выставочного комплекса на территории Нового города монастыря, где были бы представлены конференц-зал, интернет-центр, сувенир-маркет, кафе-бар и др. Кроме экспозиции «Дом Романовых и Россия» в целях самоидентификации костромичей как «счастливых подданных берендеева царства» активно раскручивался именно этот фольклорный бренд. «Дворец царя Берендея» с рестораном «Русская трапеза», диско-баром и игровыми залами, гостиница «Берендеево подворье», сауна «Берендеева мыльня», Музей русской сказки — «Терем Снегурочки» — все эти начинания смотрелись особенно либерально на фоне войны против Бабы яги и ее праздника, объявленной соседним ярославским епископом Кириллом (Наконечным) в 2005 г. Для характеристики самого Фонда и его учредителей нелишне упомянуть, что их деловым партнером являлись ФГУП «Федеральный комплекс «Кремлевский» и Центр «Русские ремесла» при управлении делами Президента. А в сентябре 2005 г. в Костромском областном суде начались слушания по делу бывшего главы самоуправления Костромы Бориса Коробова, обвиняемого в превышении должностных полномочий и хищении денежных средств.
К новому, завершающему витку конфликта епархия хорошо подготовилась. Еще 20 июня 2003 г. последовало распоряжение Минимущества № 1601-р о передаче в безвозмездное пользование Костромской епархии зданий памятника истории и культуры федерального значения «Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь», закрепив сложившийся status quo. Но кроме имущественной составляющей была осуществлена и культурная инициатива. 23 сентября 2003 г. архиепископ Александр утвердил Устав Музея — «православной религиозной организации-учреждения церковного историко-археологического музея Костромской епархии Русской Православной Церкви». Именно этот Устав в новой редакции от 5 апреля 2005 г., придавший учреждению статус юридического лица, и создал наследника упраздненного Костромского музея. Согласно уставу (п. 15, 16), новый музей мог все: обучать религии и проповедовать веру, совершать обряды и собирать коллекции, заниматься наукой и коллекционировать предметы с содержанием драгоценных металлов и камней, практиковать предпринимательство и реставрировать объекты культурного наследия, осуществлять экспозиционную и экскурсионную деятельность в России и за рубежом, создавать собственные предприятия. Во главе музея стояли директор, который назначался непосредственно архиереем из числа лиц в священном сане, и научно-методический совет (п. 22).
Среди вещей, поступающих на хранение в музей, значились и памятники, выявленные в ходе археологических раскопок (п. 35), что противоречило федеральному законодательству. Богослужебные предметы составляли особое попечение директора как лица в священном сане (п. 37). Сотрудники музея были обязаны участвовать в храмовых богослужениях (п. 47). В уставе ничего не говорилось о принятии на временное хранение музейных экспонатов из государственной части музейного фонда РФ и о соблюдении инструкций и положений Министерства культуры о музейной деятельности.