13 сентября Рязанский городской совет рассмотрел обращение главы администрации Рязани Федора Провоторова, где говорилось о необходимости ускорения сроков передачи
Рязанского кремля РПЦ и перевода музея-заповедника в новое здание, для чего предполагалось передать в федеральную собственность ряд городских зданий. Несмотря на, казалось бы, наметившийся компромисс и стабилизацию ситуации, 10 декабря 2007 г. Михаил Швыдкой своим приказом уволил директора музея Л. Д. Максимову, кавалера ордена св. княгини Ольги III степени и заслуженного работника культуры РФ, проработавшую в музее 44 года. Причин не скрывал: «все руководители светских памятников культуры должны находить общий язык с церковными иерархами… не искать компромисса — неверный путь <…>. Задача хорошего руководителя — не доводить ситуацию до конфликта». Здесь же он озвучил собственное видение проблемы: «Все, что принадлежало Церкви, надо ей вернуть. Чужое добро никогда не приносило блага». По счастью, дни М. Швыдкого на руководящем посту были сочтены. Состоявшийся 12 декабря Ученый совет музея выразил Людмиле Максимовой благодарность, а руководству Роскультуры — недоверие.18 декабря музейный коллектив обратился с открытым письмом к председателю правительства РФ, в котором выразил озабоченность попытками ликвидировать государственный музей-заповедник «Рязанский кремль», устроив вместо него епархиальный музей. В том же декабре появились сведения о том, что архиепископ Павел (Пономарев) через министерство обороны РФ претендует на здание бывшей семинарии, где располагался музей ВДВ, что подтвердил и директор музея Степан Таненя. А на Крещение 2008 г. в храмах Рязани желающим выдавали пластиковые бутылки под святую воду в обмен на подпись под обращением за передачу кремля Рязанской епархии.
К этому времени музею удалось собрать в свою поддержку более 40 000 подписей. 19 и 25 апреля в Рязани прошли очередные
пикеты в защиту заповедника. Но уже 28 апреля новым директором музея с явно «ликвидационными» целями была назначена Галина Соколова, экс-заместитель начальника управления культуры и искусства администрации Рязани. 1 сентября Росимущество изъяло у музея Успенский собор и западную часть помещений бывшей архиерейской резиденции — примерно треть «дворца Олега», где располагались основные экспозиции, а уже 4 сентября новый директор подписала акт передачи. Новых помещений музей не получил. Г. Соколова выполнила свою миссию, и 9 октября директором музея-заповедника была назначена Ольга Кречетова.Основной формой защиты музейных интересов остались лишь общественные протесты. 13 ноября 2008 г. в Москве был проведен пикет под лозунгом «Рейдеры от РПЦ захватывают Рязанский кремль», 20 декабря на аллее перед Рязанским кремлем прошла акция «Возьмемся за руки, друзья!». В мероприятии приняли участие около 200 человек, в том числе и ученики одной из рязанских школ, в результате чего в адрес школы поступили претензии отдела по борьбе с молодежным экстремизмом.
В дальнейшем государственные и церковные власти постарались легализовать факт разрушения государственного музея в глазах общества. Как и в Костроме, на его обломках должен был возникнуть музей церковный. На основе «протокольного поручения совещания по вопросу о передаче объектов ансамбля Рязанского кремля Рязанской епархии Русской православной церкви от 4 февраля 2009 г. № 3» архиепископ Павел в ультимативной форме предложил 10 марта директору музея О. Кречетовой в течение ближайших дней освободить экспозиционный зал «Во славу Отечества» — своеобразный рязанский «пантеон славы». 14 марта нанятые епархией рабочие вынесли из зала экспонаты, а 16 марта началось строительство кирпичной стены, отгораживающей епархиальные владения от музейных.
7 апреля между епархией и музеем был подписан договор о передаче музейных предметов религиозного назначения в безвозмездное временное пользование (речь шла об иконостасе Успенского собора). А уже 19 июня 2009 г. министр культуры А. А. Авдеев подписал приказ № 318 «О создании комиссии по подготовке передачи движимого имущества религиозного назначения из фондов Рязанского историко-архитектурного музея-заповедника Церковному историко-археологическому музею Рязанской епархии». В срок до 20 июля в министерство культуры нужно было представить список предметов музея-заповедника, поступивших сюда некогда из Рязанского епархиального древлехранилища. 19 августа был подписан акт о передаче 155 таких предметов из фондов государственного музея-заповедника местной епархии — во временное безвозмездное пользование.