В августе 2000 г. возникли проблемы. Икону оставили в монастыре долее оговоренного срока для удовлетворения религиозных потребностей многочисленных паломников. За это время древние краски, особенно на лике, начали шелушиться и отставать. Выяснилось, что икону выносили на крестный ход под проливным дождем, по принципу «Господь спасет». В 2001 г. о факте разрушения иконы было доложено в Министерство, и замминистра Н. Дементьева написала: «Министерство культуры не видит оснований для оформления в дальнейшем разрешений на временные выдачи иконы на богослужения в Толгский монастырь». Попытка не отпустить икону в монастырь была пресечена резолюцией губернатора: «Немедленно выдать на проведение праздника».
В 2002 г. губернатор А. Лисицын и патриарх Алексий (Ридигер) одновременно обратились к министру культуры М. Швыдкому с просьбой передать образ монастырю. 20 августа 2003 г. в Ярославле между зданием администрации и храмом Св. Ильи-пророка состоялась официальная передача иконы. Согласно подписанному договору, икона, которая должна была храниться в особых условиях под контролем музейщиков, передавалась Толгскому монастырю на один год, и затем этот срок мог быть продлен, что и было сделано новым министром культуры. 27 июля 2004 г. губернатор договорился с председателем наблюдательного совета банка «Союз» Александром Лившицем об участии банка в страховании иконы компанией «Ингосстрах». А 21 июля 2008 г. Толгскому монастырю распоряжением премьер-министра РФ Владимира Путина были переданы в собственность все 26 зданий и сооружений, расположенные на его территории, в числе которых были памятники архитектуры XVII в. — Введенский собор, церковь Николая Чудотворца со Святыми воротами, колокольня, кельи и др.
Передача памятников, находящихся в губернской собственности, должна была осуществляться по иной схеме. Известно, что еще 23 апреля 2002 г. администрация Ярославской области приняла постановление № 61 «О порядке передачи религиозным организациям находящегося в собственности Ярославской области недвижимого имущества религиозного назначения». Решение этой задачи возлагалось на соответствующую комиссию. 27 июня 2005 г. ярославская комиссия, сопредседателями которой являются И. Скороходова и сам епископ Кирилл (Наконечный), в присутствии Е. Анкудиновой, директора Ярославского государственного историко-архитектурного и художественного музея-заповедника, и Н. Петровой, директора Ярославского художественного музея, рассматривала ходатайства о предоставлении епархии храма Рождества Христова, где располагалась экспозиция икон, и храма св. пророка Илии с его уникальными фресками (XVII в.) в безвозмездное пользование (протокол № 30). За передачу Рождественского храма проголосовало 10 человек, при одном голосе «против» и одном воздержавшемся, за передачу Ильинского храма — 11 голосов «за», 2 — «против».
Департамент культуры и Художественный музей должны были подготовить график проведения работ в митрополичьих палатах, где предполагалось разместить иконы из Рождественской церкви, а сотрудникам Е. Анкудиновой было поручено составить рекомендации по сохранению фресковой живописи в условиях действующего храма. Научно-методический совет еще в 1990-х гг. не дал своего согласия на передачу Ильинского храма епархии. С тех пор здесь совершались лишь праздничные торжественные богослужения по утвержденному графику на основе совместного использования.
В преддверии решения комиссии Министерства, 3 июля 2005 г. архиепископ Кирилл выступил с программным посланием к ярославцам в связи с 995-летием города и празднованием памяти всех святых, в земле Российской просиявших. Этот день, как и в Рязани, стал знаковым для заявления монопольных прав местной епархии на культуру Российского Православия. Основные положения послания должны были соответствующим образом подготовить общественное мнение. Архиерей утверждал, что в эпоху так называемых религиозных свобод внешнее давление на церковь не прекратилось. По его мнению, величайшие святыни Ярославской земли до сих пор находятся у людей, грубо глумящихся над чувствами верующих. Глумление заключалось в том, что архиерей не мог «свободно совершать богослужения» в храме Ильи-пророка и Спасо-Преображенском монастыре, поскольку каждому богослужению предшествовали «унизительные согласования с музейными работниками». Епископ патетически вопрошал: «Почему иностранные туристы посещают храм беспрепятственно, а православные архиереи стоят у закрытых дверей? Почему люди, призванные быть хранителями истории и культуры, так ненавидят Православие?» — и тут же находил ответ: «Многолетнее неблагоговейное отношение к святыне отлучило их от общения церковного, и они могут находиться лишь в оскверненном храме, физиологически не вынося действия благодати Божией». Обращение вскрыло особенности психологии типового архиерея в России, самовластие которого воспринимало необходимость считаться с принятыми нормами и чужими интересами как личное унижение.