Без всякого проекта была приспособлена к богослужению Успенская церковь. Все делалось, как утверждалось, по благословению патриарха Алексия (Ридигера), но при полном равнодушии и попустительстве музейного руководства. Лишь в 2004 г. сотрудница музея Лариса Петровская, археолог Владимир Буров и архитектор Михаил Мильчик обратили внимание руководства Минкультуры на имевшее в монастыре место небрежения о древности. Впрочем, должное внимание этому так и не было уделено. При этом в течение 2001—2005 гг. преимущественно чиновниками Минкультуры обсуждалась возможность приобретения на одном из голландских аукционов иконостаса XVI в. из придела Преображенского собора, пока 11 ноября 2005 г. министр культуры Александр Соколов не назвал ситуацию вокруг иконостаса «гиперболизированной», а сам иконостас не подлинным и не заявил, что Россия не будет его приобретать, хотя о подробностях экспертизы ничего не сообщалось.
В январе 2003 г. участники XI Рождественских чтений в своем послании обратили внимание Президента «на недопустимость попрания Православных святынь на Соловецких островах». По их мнению, монастырю угрожало превращение в объект интенсивной коммерческой деятельности. 31 марта 2003 г. на заседании президиума Центрального совета ВООПИК обсуждался «Проект границ, режимы и схема развития Соловецкого заповедника». Было отмечено не только нарушение режимов содержания охраняемых зон, но и игнорирование мнения монастыря при принятии решений. В итоге было предложено создать межведомственную комиссию для выработки «Комплексной программы-задания сохранения и возрождения Соловецкого архипелага». В мае 2003 г. Международный симпозиум «Соловки: взгляд в будущее» предложил всем насельникам архипелага — муниципальному образованию, монастырю, музею-заповеднику и лесхозу — придерживаться принципа равноправного участия в выработке важных для всех решений.
К этому времени в патриархии сложилось мнение о необходимости ограничения туристического потока к православным святыням не только с целью их сбережения, но и с целью контроля за общественными настроениями. На фоне обсуждения поправок к закону о туристической деятельности, 9 июля 2004 г. между монастырем и музеем было подписано соглашение о порядке организации экскурсионного обслуживании туристов и паломников на объектах, находящихся в оперативном управлении музея, в пользовании у монастыря и в совместном пользовании у того и другого. Паломник определялся как лицо, участвующее в ежедневных богослужениях или имеющее документ, удостоверяющий, что лицо является паломником. По музейным объектам паломников водил экскурсовод музея по предварительному уведомлению паломнической службы монастыря, представители которой сами имели право пользоваться электронными ключами от музейных помещений за исключением основной экспозиции в настоятельском корпусе. Монастырь предоставлял туристам возможность посещения Филипповской пустыни, Савватиевского скита, скита прп. Сергия на острове Большая Муксалма, Голгофско-Распятского и Троицкого скитов на острове Анзер. В совместном использовании в это время находились Спасо-Преображенский собор, Благовещенская, Филипповская, Успенская, Никольская церкви и Вознесенский храм на Секирной горе.
В августе 2004 г. на Соловках прошел молодежный семинар, организованный музеем-заповедником и Фондом Сороса. 17 августа наместник монастыря опубликовал свое обращение к участникам этого летнего университета, носившего название «Музей и проблемы локального сообщества», в котором сетовал, что представители монастыря не были приглашены на это мероприятие. Он также выступил против планов музея по привлечению дополнительных туристических потоков с помощью «смены имиджа» Соловков, современных рекламных технологий, запуска в оборот новых «брендов», что представлялось несовместимым с задачей сохранения духовной атмосферы архипелага. Однако события развивались вне пожеланий клира. 14 сентября 2004 г. в музее-заповеднике состоялась встреча статс-секретарей Баренц-региона, посвященная признанию Соловков культурной столицей Северной Европы.
К лету 2005 г. Соловки стали ареной нового витка конфликта. Музей был «назначен» врагом церкви. В прессу просочилась информация о том, что достигнута негласная договоренность между патриархией и властью о том, что Соловки отходят в ведение церкви, а музею будет отведена подчиненная роль. 6 и 25 июля 2005 г. на коллегии ФАККа решались вопросы передачи памятников монастырю и дальнейшего развития архипелага. Это было связано с предстоящим в 2007 г. 500-летним юбилеем митрополита Филиппа (Колычева). Было заявлено, что на островах не должно быть развлекательных заведений и бизнес-структур. Перечень памятников для закрепления за Соловецким монастырем и Соловецким музеем-заповедником был согласован обеими сторонами 23 сентября 2005 г.