В 1990 г. монастырю был выделен первый этаж Наместнического корпуса кремля, на втором этаже работала дискотека. На первом этаже соседнего корпуса был продовольственный магазин, там же располагалась библиотека. Постриги в монашество начались в 1992 г. В настоящее время в монастыре проживает 45 человек братии. Из 117 зданий Соловецкого комплекса 50 переданы монастырю, 8 являются храмами совместного пользования и 59 остаются за музеем, который до 2000 г. не проявлял признаков активности. Такой музей, не особо заботящийся о собственных интересах, устраивал всех. В отношениях церкви и культуры выработался status quo.
Ситуация изменилась на рубеже тысячелетий. Остро встал вопрос о сохранении исторической памяти о преступлениях коммунистического режима в «архипелаге ГУЛаге», персонифицированном в образе Соловецкого архипелага, особенно в условиях наступающего реванша советского прошлого. К этому времени и сами Соловки в результате теснейшего сотрудничества северных стран приобрели значение культурной столицы Баренц-региона. В 1999 г. Соловки посетила Екатерина Гениева, представитель института «Открытое общество», который пытался поддерживать музейных сотрудников грантовой помощью и был одним из инициаторов превращения островов в подлинную территорию культурного мира, в том числе и через реализацию проекта многоконфессионального Всемирного Центра ГУЛАГа. Новый статус потребовал от Соловецкого музея и монастыря новой активности. К сожалению, их направленность не была согласована.
В августе 2000 г. на должность директора Соловецкого музея был назначен бывший директор музея-заповедника в Кижах Михаил Лопаткин, который на Кижах в 1994—1995 гг. сумел наладить мудрые отношения с епископом Петрозаводским и Олонецким Мануилом (Павловым) и организовать музейный приход. Эта система успешно функционирует в Карелии до сих пор. Именно с его именем была связана передача Софийского собора в Новгороде в 1991 г. В начале 2001 г. при участии Фонда Сороса был разработан документ «Стратегический план развития Соловецкого музея-заповедника», принятый советом музея 23 апреля и одобренный коллегией Минкультуры 14 мая. Этот документ предусматривал финансирование из федерального бюджета в размере 463 миллионов рублей. В результате монастырь обвинил Музей в стремлении прибрать к рукам весь архипелаг, превратив его в товар на рынке туристических услуг.
Со временем в подлеправославной прессе появились утверждения, что музей планировал захват всех без исключения земель архипелага, в том числе находящихся под монастырем и его скитами, и уничтожение Соловецкого лесхоза. Писалось, что монастырю отказывали в возвращении церковной недвижимости, поскольку это делалось без участия Росимущества и предполагало «имитационный порядок передачи» при сохранении всех реальных прав у музея. Монастырь, будучи ограничен в своем развитии, якобы должен был играть роль этнографического экспоната для зарубежных туристов.
В августе 2001 г. патриарх Алексий (Ридигер) привез на Соловки Президента, демонстрируя свои потенциальные возможности. Однако монастырь продолжал жить своей жизнью, не обращая внимания ни на музейную активность, ни на существующие законы об охране памятников. В июле-августе 2002 г. в алтаре Преображенского собора при проводке коммуникаций и устройстве деревянного настила были уничтожены не только фрагменты древнего полихромного керамического пола, но и археологический слой, предшествующий строительству собора[357]
. Эти работы предшествовали устройству нового помпезного многоярусного иконостаса, выполненного необыкновенно дешево московскими «богомазами». Помимо того, что установка аляповатого и безвкусного ремесленного изделия не была согласована со специалистами, а само изделие не соответствовало историческому составу икон, известному по многочисленным монастырским описям, в ходе работы были уничтожены следы от тябел иконостаса XVI в. и пробиты новые пазы. Все работы внутри собора проводились замещавшим архимандрита монастырским экономом иеромонахом Германом без уведомления главного архитектора, хотя у монастыря существовал грамотный проект восстановления интерьера на XVI в.