После долгого обсуждения патриархия отказалась признать «екатеринбургские останки» останками царской семьи, хотя, скорее всего, это действительно были мощи царственных мучеников. Но не прошло и месяца, как церковное руководство, без малейшего намека на освидетельствование, признало мощами прп. Александра Свирского († 1533) полностью сохранившееся мумифицированное тело, происхождение которого было более чем сомнительно. К тому же сохранилось их описание, сделанное в монастыре буквально накануне изъятия мощей, и тело, выдаваемое за мощи подвижника православного благочестия, никоим образом с этим описанием не согласуется. Когда монастырская братия 5 октября 1918 г. произвела освидетельствование мощей святого, обретенных «в теле» в 1641 г., она констатировала, что за 300 лет останки претерпели серьезные разрушения: упали ребра грудной клетки, а пальцы ног и кости стоп рассыпались. Этот текст был переписан протоиереем Николаем Чуковым, тогдашним благочинным Олонецкой епархии, впоследствии ставшим митрополитом Ленинградским с именем Григорий, и хранился в его личном архиве.
Стоит учесть и тот факт, что на основании архивных документов было достоверно известно, что мощи этого русского святого были уничтожены ЧК в 1919 г. 15 сентября 1918 г. монастырский архимандрит Евгений (Трофимов) был арестован и в декабре месяце расстрелян. Через месяц после ареста (26 октября) в монастырь, по распоряжению Олонецких Губревизисполкома и Губчрезвычкома, прибыл отряд петрозаводской милиции. Одной из его задач была эвакуация культурных ценностей из монастыря в Петрозаводск, поскольку монастырь оказался непосредственно в зоне военных действий вблизи русско-финской границы. Мощи преподобного, вскрытые отрядом, были увезены в Лодейное Поле 19 декабря 1918 г. Остальные реквизированные вещи были переправлены в губернский центр и находились в кабинете председателя губернской ЧК Оскара Кантера.
18 января 1919 г. в монастыре побывал член-сотрудник Комиссии по охране и регистрации памятников старины и искусства Северо-Западной области А. Крутецкий, о чем он подробно написал в своем рапорте, где в частности сообщались интересные подробности судьбы мощей после их изъятия[377]
. В середине декабря 1919 г. сводному отряду «местными властями было отдано приказание — реквизировать старинную раку с мощами преподобного Александра Свирского, извлечь ее из собора для отправки к уничтожению на нужды Государства. Рака была отправлена в г. Петрозаводск, где подвергнута разрушению, причем сосновый ящик сожжен, а серебряные украшения переломаны при их сдирании с ящика. Что касается мощей, то гроб с ними (узкий, обитый парчою снаружи и темно-синим бархатом внутри) был оставлен в уездной чрезвычайной Комиссии в Лодейном поле, где помещен в часовне при больнице и местными властями опечатан». Впоследствии по требованию Губернской и уездной Чрезвычайной комиссии были вызваны профессора и доктора для производства экспертизы над мощами, для чего последние «были извлечены из гроба и разобраны». Мы предлагаем читателю обратить особое внимание на последний упомянутый факт.Далее А. Крутецкий сообщал: «Оба председателя (Губ- и Уездчрезвычкомов) прочли мне все дело об экспертизе мощей со всеми показаниями монахов и свидетелей. Причем просили меня выяснить: "не найдет ли центр останки преподобного исторической реликвией и если найдет их таковой, то власти препроводят их во гробе в г. Петрозаводск и приобщат к предметам, находящимся в местном историческом музее, если же нет, то распорядятся ими по своему усмотрению". Этот вопрос необходимо выяснить так или иначе и дать Петрозаводскому Губчрезвычкому определенный ответ, т. к. я ответить за свой страх и риск в столь щекотливом случае отказался». В заключении А. Крутецкий просит Комиссию решить, имеют ли мощи, находящиеся в больничной часовне Лодейного поля при уездной ЧК историческое значение, а результат решения выслать председателю губернской «чрезвычайки».