На встречах, организуемых Европейской комиссией, как правило, помимо руководства основных христианских организаций – COMECE и CEC, присутствуют объединения мусульманских общин, Европейский еврейский конгресс, индуисты, сикхи, объединения мормонов (которые считают себя христианами и у которых есть свое представительство при европейских институтах).
Взаимодействие со светскими лидерами Европейского сообщества на завершающей стадии создания Европейского союза стало большим разочарованием для христианских церквей. Ватикан, столь много вложивший в идею «единой Европы» в XIX–XX вв., другие конфессии считали христианскую идею фундаментом европейской культуры, истории и, следовательно, единства. Несмотря на попытки заигрывания с церквями, Евросоюз был сформирован без учета их мнения, что в глазах христианских лидеров было фактически несправедливым присвоением идеи единой Европы секулярной системой власти. Однако и в этот период представители церквей активно отстаивали свое право на особый статус в рамках Евросоюза.
Одним из проектов в рамках сообщества, который стремился выстроить европейскую идентичность с участием христианских церквей, но на более широкой основе, стала инициатива «Душа Европы» председателя Европейской комиссии Жака Делора в начале 1990-х гг. Она была призвана вдохнуть новую жизнь в процесс евроинтеграции и наладить интенсивный диалог религиозных общин с ЕС. За диалог с церквями выступали и председатель Еврокомиссии Жозе Мануэл Баррозу, и председатель Европейского совета Херман ван Ромпей. Баррозу принял решение проводить ежегодные встречи с религиозными лидерами на высшем уровне.
Борьба вокруг текста Конституции ЕС, а затем и Лиссабонского договора показала, что церкви и Евросоюз нужны друг другу, но политики в Брюсселе готовы сотрудничать с церквями только на строго секулярной основе, не упоминая христианство в виде основы политического единства большинства народов Европы. Особые условия, которых добились церковные структуры, вместе с тем показали большое общественно-политическое влияние церквей.
Формально и неформально представители Евросоюза поддерживают регулярный диалог с различными религиозными организациями. Ватикан представлен в Брюсселе на уровне апостольского нунция с 1970 г. (посол при европейских сообществах). С 2006 г. глава делегации ЕС был аккредитован при Святом престоле, что исправило диспропорции в дипломатических отношениях Ватикана и ЕС. С 2003 г. при ЕС действует представительство Мальтийского ордена, Орден иезуитов открыл свои офисы в Страсбурге в 1956 г., в Брюсселе в 1963 г. Доминиканский орден в 2001 г. создал Центр духовности, культуры и общества в Европе. Евангелическо-лютеранская церковь Германии была первой протестантской церковью, которая в 1990 г. основала свое представительство при европейских институтах (эта же церковь была одним из основателей Консультативной комиссии церквей европейских сообществ 1964 г.). Свои представительства при ЕС есть у Вселенского патриархата (с 1994 г.), у Румынской и Кипрской православных церквей (с 2007 г.), у Церкви Англии (с 2008 г.). Православная церковь Греции была представлена при ЕС с 1998 по 2015 г., но закрыла свое представительство фактически в знак протеста против политики ЕС в ходе греческого кризиса. Однако при Европейском союзе работает Комитет представителей православных церквей, так же как и представители отдельных национальных церквей. Число межконфессиональных организаций при ЕС стало постепенно увеличиваться после принятия Единого европейского акта 1986 г.[198]
Католическая церковь являлась доминирующей христианской конфессией в ЕС, пока в Евросоюз в 2007 г. не вступили православные страны – Румыния и Болгария. Курс на сотрудничество с ЕС, в том числе в рамках противодействия терроризму и экстремизму, провозгласил Комитет представителей православных церквей при ЕС. Комитет был создан при активном участии Московского патриархата в 2010 г. в свете применения статьи 17 Лиссабонского договора о диалоге с церквями.