Техника морского боя тоже подверглась инновациям, которые шли в двух противоположных направлениях: применение крупных кораблей, более мощных, чем триеры классической эпохи, и использование легких судов, удобных для пиратских действий. От триеры, конечно же, не отказались совершенно, но эти быстрые и легко управляемые конструкции не могли нести на борту боевые машины, и в их экипаже, состоявшем по преимуществу из гребцов, было слишком мало солдат — гоплитов и лучников. В 330 году до н. э. в афинском флоте кроме трехсот триер было восемнадцать
Таким образом, цари, имевшие колоссальные ресурсы, снабдили свои флотилии этими громадинами, которые составляли костяк флота, тогда как менее богатые полисы, такие как Родос, довольствовались более скромными судами — триерами и тетрерами, предназначенными для защиты побережья и путей сообщения. Но во II и I веках до н. э., как мы видели, развивается морское пиратство, главные базы которого находились в Иллирии, Этолии, на Сицилии и Крите: эти морские разбойники, чьим разграблениям подвергались все прибрежные регионы Центрального и Восточного Средиземноморья, обеспечивали товаром невольничьи рынки, примером чему приключения Цезаря, который в юности был пленен киликийскими пиратами в Эгейском море, откупился от них за очень большую сумму, затем набрал в Милете небольшую эскадру, с которой вскоре застиг их врасплох и, вернув выкуп, распял их на крестах, как и пообщал им, еще будучи пленником. Эти пираты, как правило, использовали для своих набегов не крупные корабли, а много легких судов, быстрых и маневренных, которые шли одновременно на парусах и веслах и легко прятались в бухтах, чтобы напасть на торговые корабли. Даже флотилии царей и полисов не пренебрегали помощью этих судов, более маневренных, чем их огромные военные корабли. Во время битвы при Акции в 31 году до н. э. они сыграли свою роль в поражении Антония. Таким образом, различие между военным флотом эллинистического периода и более ранней эпохи касается не только размеров кораблей, но также их большого разнообразия, которое контрастирует с однородностью классических эскадр, главной составляющей которых была триера.