Вместе с увеличением влияния христианства в практической жизни его богословское учение постепенно вводило религиозную веру в контекст имперского бытия. Хотя процесс этот был достаточно непростым и противоречивым, отдельные христианские авторы стали представлять империю как необходимую предтечу новому пришествию Христа, — это означало, что христианство начало инкорпорировать историю империи в свою собственную. Так, александриец Ориген, писавший в середине III века, истолковал классическую эпоху как предвестницу христианства и назвал таких ее представителей, как Сократ и Аристотель — глубоко интересовавшихся природой души и предметами того же ряда. — «христианами до Христа». Одновременно платоновский идеальный мир стал пониматься как символ христианского Бога-творца. В начале IV века христианский богослов Евсевий в своем «Доказательстве в пользу Евангелия» утверждал, что «власть римлян достигла вершины точно тогда, когда случилось нежданное пребывание Иисуса среди людей, — во время обретения Августом власти над всеми народами». Среди христиан возникла мысль об особой миссии Христа как объединителя всех прежних философий и религий, пришедшего разрешить все противоречия, а также о том, что предназначением Христа в мире было не ниспровержение империи, а поучение и исцеление. Для христианства этим создавалась новая, менее мрачная и более открытая миру перспектива, и именно благодаря ей идеи Платона и Аристотеля не оказались отброшены с триумфом новой религии, а продолжили свою жизнь внутри церкви.
Тогда же, когда христианское богословие пыталось выстроить идейную перспективу, которая вбирала бы в себя греческую и римскую историю, философы греко-римского мира начали двигаться во встречном направлении. В середине III века александрийский философ Плотин открыл в Риме академию, в которой преподавал свою, оказавшуюся чрезвычайно влиятельной интерпретацию Платона. Эта философия, представляющая собой сплав платоновских, аристотелевских и стоических элементов, позже получила название неоплатонизма. Плотин утверждал, что все сущее с неизбежностью проистекает из единого божественного целого и что в конце концов все должно вернуться к тому же состоянию единства. Это единое божество по природе является сверхъестественным и абсолютно благим, и оно сообщает свою благость созданиям более низких уровней существования. Платоновские идеалы, например, становились у Плотина порождениями этого высшего существа. Хотя система, разработанная Плотином, носила однозначно философский характер, она, как и христианство, явилась духовным ответом на те масштабные перемены, которые переживал современный ему мир. Несмотря на то, что Плотин отвергал христианское богословие, его творчество заложило фундамент дальнейшего слияния христианства и греческой философии.
Могущество и авторитет христианской церкви, заметно выросшие к концу III века, вызывали одобрение не у всех. Христианство преимущественно оставалось религией восточной, грекоговорящей части империи, тогда как Диоклетиан и большинство его армии принадлежали латиноязычному Западу.
Когда Диоклетиан в 287 году построил себе дворец в Никомедии, на противоположном холме он обнаружил действующую христианскую базилику; в 302 году к моменту его возвращения из нескольких походов, христианство уже закрепилось в империи как альтернативная структура власти.
Диоклетиан решил, что христианство должно быть искоренено. Этот оборот событий стал источником глубокого потрясения для многих, включая даже людей, уже привыкших к умеренным преследованиям, к которым время от времени прибегали римские власти. Большинство населения империи больше не считало христиан членами опасной секты, в них видели уважаемых граждан, чья деятельность не выбивалась из общего русла римской жизни. Как бы то ни было, в ходе расправ христиане-военные были лишены должностей, храмы предавали огню, а тех, кто не отрекался от веры, продавали в рабство; епископов бросали в тюрьму и силой вынуждали приносить жертвы традиционным римским богам. Хотя среди гонителей не было единодушия, и немало официальных лиц с явной неохотой исполняли приказы верховной власти, многие священники, епископы и члены их паств были приговорены к смерти, а многие оставшиеся христиане за ключены в тюрьму и подвергнуты пыткам. После оставления Диоклетианом поста императора в 305 году репрессии постепенно и негласно сошли на нет однако христианские вожди успели твердо осознать, что без политической власти судьба их церкви становится игрушкой в руках императоров.