В ответ, 6-го и 7-го января,
на все патрули грузинской милиции были совершены ответные вооружённые нападения. Грузинскую милицию отогнали к центру города, и все последующие дни, вплоть до отбытия 26 января, она контролировала лишь Театральную площадь и дома вокруг нее, а также улицы, ведущие из центра города к Старому и Новому мостам (Находившиеся в городе силы внутренних войск МВД СССР союзного подчинения ограничивались патрулированием на БТРах, для пеших патрулей у них людей не было. БТРы останавливались там, где вспыхивала стрельба. Не было фактически и комендантского часа. На момент ввода призванной прекратить кровопролитие более крупной группировки российских войск имелись данные о скопившихся в городе и за его пределами тысячах (до 12 тысяч) грузинских боевиков.
Весь период нахождения грузинской милиции в городе утверждалась атмосфера кровавого террора, спасаясь от которого часть жителей – в основном старики, женщины и дети – пряталась на территории военных городков. Грузинская сторона производила обыски, аресты, убийства людей, грабежи, поджоги жилых домов и другие преступные действия по отношению к осетинам. Всё перечисленное совершались по прямому указанию грузинских властей и с молчаливого согласия Кремля. В этих условиях осетины были вынуждены перейти к сопротивлению, первым шагом которого стала задача раздобыть хоть какое-нибудь оружие. Безоружные цхинвальцы разоружили относительно лояльно настроенных к населению грузинских курсантов, ранее введенных в юго-осетинскую столицу. Разоружённые курсанты были… отправлены по домам. Это самовооружение и эпидемия пищевой токсикоинфекции, вспыхнувшей среди грузинской милиции, помогли к исходу 28 января освободить город. Отряды самообороны вытеснили грузинские войска из Цхинвала, после чего последние, закрепившись на въезде в город и фактически заблокировав его, развернули карательные акции в сельских районах Южной Осетии, не оставляя попыток взять штурмом собственно Цхинвал.
26 января
осетинские отряды заняли центр и мосты. На въездах в город со стороны сёл Тамарашени и Никози конфликтующими сторонами были возведены баррикады из набитых песком мешков. В столице Южной Осетии начала восстанавливаться работа правительственных учреждений, но в первые две недели властям и жителям приходилось ликвидировать следы оставленного грузинской милицией разгрома и отмывать брошенные ею помещения от неимоверной грязи.Не покинувшие город цхинвальские грузины стали жертвами одного мифа о том, что в Цхинвали грузин нет. На самом деле даже в начале апреля в городе, по различным оценкам, оставалось нескольких сот грузин.
До26 января
подавляющее большинство жертв конфликта являлись одновременно и его участниками. Но, начиная с 27 января, зона преступлений смещается в села Цхинвальского района. В связи с начавшимисяграбежами, отмечается массовое появление раненых и убитых пожилых осетин и детей.29 января 1991 года, при соучастии генералов Г.Малюшкина и В.Воронова и прибывшего в Цхинвал полковника Павлюченко (предположительно – представителя ГРУ), законно избранный руководитель Южной Осетии Торез Кулумбегов был обманным путём вывезен из Цхинвала (якобы на переговоры с грузинским руководством). По прибытии в столицу Грузии, он, прямо из Дома Правительства, был препровождён в грузинскую тюрьму, где подвергался пыткам и истязаниям. Только 29 декабря 1991 года Председатель Верховного Совета Юго-Осетинской Советской Республики Торез Кулумбегов был освобождён и на вертолёте переправлен на родину.
Парадоксальным образом в тюрьме Торез Кулумбегов оказался в одной камере с отбывающим заключение ярым грузинским националистом – Джабой Иоселиани. Иоселиани в начале следующего 1992 года, уже будучи на свободе, заявит в интервью грузинскому телевидению: "...Если в Цхинвали будут упорствовать, мы применим силу. И это будет настоящая война, а не то, что было до сих пор. Будет один, но окончательный удар".
Грузинской стороной с 14 февраля 1991 года, по ночам, город обстреливался из зенитных орудий, градобойных и противолавинных пушек. Огонь по неосвещённому ночному городу велся, как правило, неприцельно. Попадания приходились преимущественно на жилые кварталы. Вследствие этого имелись многочисленные жертвы среди мирного населения. Осетины отвечали, обстреливая штаб МВД Грузии.