Возмущённый Несмеянов потребовал обсудить статью Семёнова на Президиуме Академии, призвал своих сторонников дать отпор «ренегату». 28 августа 1959 года также в «Известиях» появилась статья академика Бардина. Иван Павлович руководил институтом в составе Академии Наук и одновременно был директором отраслевого Научно-исследовательского института черной металлургии в профильном министерстве. Само собой, ему хотелось сохранить оба поста. Поэтому Бардин Несмеянова поддержал, но выступил осторожно, не желая конфликтовать открыто ни с коллегами-академиками, ни, тем более, с Хрущёвым.
Несмеянов обиделся на Бардина за подобную позицию «и нашим и вашим» и вознамерился ударить по Семёнову в полную силу. 6 сентября 1959 года «Известия» под заголовком «Изучать и переделывать мир» опубликовали коллективную статью академиков, занимавшихся прикладными проблемами. Её авторы — заведующий отделом теории машин Института механики Иван Иванович Артоболевский, артиллерист-баллистик Анатолий Александрович Благонравов, радист Александр Львович Минц, директор лаборатории двигателей Борис Сергеевич Стечкин, управленец-автоматчик Борис Николаевич Петров были учеными весьма разного толка, мало совместимые между собой. Их объединило нежелание переходить в промышленность.
Серьезных аргументов у них, однако же, не нашлось. Тогда авторы статьи раскритиковали Семёнова с идеологических позиций, придрались к тому, что Семенов ничего не сказал об общественных науках, сослались при этом на цитату из Карла Маркса: «Наука не только изучает, но и переделывает мир», чем, собственно, и занимаются прикладники. Авторы статьи заявили, что Семенов об усовершенствовании мира не задумывается, а это советскому ученому не к лицу. В 1949 году от таких обвинений Николаю Николаевичу пришлось бы туго. Но в 1959 году более трети ЦК составляли прогрессивные, инициативные учёные, мыслившие точно так же, как и Семёнов. На коллективный донос в ЦК не обратили внимания. (АИ частично, в реальной истории столько учёных в ЦК не было, но ожидаемой авторами реакции на письмо не последовало)
Хрущёв, читая в «Известиях» одну статью за другой, только дивился. Когда эта перепалка только начиналась, он затребовал из ИАЦ информацию по реформе Академии Наук, и теперь понимал, что действовать следовало более решительно. Он уже знал, что в «той» истории Президентом Академии был избран Мстислав Всеволодович Келдыш, а общее управление научными исследованиями было поручено Научно-техническому комитету Совета Министров СССР, переименованному в Государственный комитет Совета Министров СССР по координации научно-исследовательских работ, но это решение было принято только весной 1961 г, после окончания 2-го президентского срока А.Н. Несмеянова. Тянуть ещё два года Хрущёв не хотел, каждый месяц промедления вёл к отставанию в научных исследованиях.
9 сентября 1959 года Несмеянов собрал Президиум Академии, сообщил о неизбежности реформ, предупредил всех, что отделаться косметическими изменениями не получится, и попросил «наметить наиболее правильные пути реорганизации, но не тронув каких-то важных позиций».
Существовавшая структура Академии Александра Николаевича устраивала, и он не желал никаких лишних хлопот и перемен. Из членов Президиума Академии только вице-президент Келдыш высказался за реформы, предложенные Семёновым. Остальные члены Президиума либо открыто поддержали Несмеянова, либо молчали.
16 октября Хрущёв собрал расширенное совещание Научно-технического совета СССР. Слушали предложения Несмеянова по реформированию Академии. В сравнении с программой академика Семёнова Несмеянов ничего нового не предложил, по-прежнему пытаясь ограничиться полумерами.
Недовольный очередным затягиванием решения вопроса Хрущёв своего настроения не скрывал, заявил прямо:
— Перед нами стоят гигантские задачи, которые в итоге сводятся к обеспечению выживания страны и сохранения её как сверхдержавы мирового значения. Большинство академиков это понимают, и что ни день — идут ко мне со своими предложениями. Товарищи Келдыш, Курчатов, Королёв, Семёнов, Александров и многие другие за прошедшие несколько лет буквально вытащили страну из болота, дневали и ночевали кто на космодроме, кто на подводной лодке, кто у реактора... Тем более меня удивляет неактивная позиция руководства Академии Наук. Почему-то Александр Николаевич, будучи президентом Академии, ни разу не пришёл ни ко мне, ни на НТС с каким-либо перспективным научным предложением.
Несмеянов на такую прямую критику обиделся, и заявил не менее прямо:
— Несомненно, есть возможность сменить президента, найти более подходящего для этой цели академика. Я уверен, например, что Мстислав Всеволодович Келдыш лучше справился бы с этими обязанностями.