И тут, не ко времени для сторонников Несмеянова, в самой Академии снова начали активно выступать Семёнов с Капицей, к ним присоединились и другие весьма авторитетные академики, физики Алиханов и Тамм, химики Кабачник и Шемякин, их поддержал Мстислав Всеволодович Келдыш, к которому они апеллировали в поисках поддержки на уровне ЦК.
С этими академиками у Несмеянова отношения были сложные. Он вообще не жаловал «нарушителей спокойствия», а Лаврентьева и Семёнова откровенно не переносил, именно потому, что они постоянно лезли «не в свое дело», да ещё через его голову. Лаврентьев не ставя в известность Несмеянова, «пробил» в правительстве создание Сибирского отделения АН СССР. Семёнов, также вопреки распоряжениям Несмеянова, организовал под Москвой, в Черноголовке, испытательный центр, где исследовал теорию взрыва. Пользуясь личными связями, на собственной «пробивной» энергии Николай Николаевич привел в Черноголовку военных строителей, ежегодно неведомым для президента Академии образом «осваивал» изрядную часть выделяемых Академии ресурсов. В результате Черноголовка под руководством Семёнова существенно обгоняла создаваемый Несмеяновым научный комплекс химических и биохимических институтов в Пущино.
В этой ситуации Несмеянов растерялся и попросился на приём к Хрущёву. Первый секретарь Александра Николаевича не «мариновал», принял без задержки, на следующее же утро, 3 июля 1959 года. Несмеянов и в этот раз не решился идти один, взял с собой Топчиева.
Беседа длилась примерно полчаса. Говорил главным образом Топчиев, он же и отвечал на вопросы Хрущёва. Несмеянов только изредка уточнял детали. Топчиев жаловался на сложность управления современной наукой,
— У нас, Никита Сергеич, чуть ли не каждый год в самых различных областях возникают новые направления исследований, — объяснял Александр Васильевич, — а все нужно держать в одном кулаке.
— Не будет ли разумнее в таких условиях разделить Академию по нескольким основным направлениям, учредить несколько специализированных академий?
— спросил Хрущёв. — Времена поменялись, началась научно-техническая революция, а мы продолжаем жить по старинке, как в петровские времена. Пригласили тогда в Россию с Запада первых ученых, они создали свое сообщество, Академию наук, где занимались всем: и физикой, и химией, и стихи сочиняли, и сейчас так же продолжают. Я не настаиваю, — подчеркнул Никита Сергеевич, — я только пытаюсь прояснить для себя возможные варианты.В отношении передачи прикладной науки в промышленность, Хрущёв подтвердил, что отступать он не намерен, и спустить дело на тормозах не удастся:
— Мы в мае на Президиуме ЦК решили, что вы, товарищ Несмеянов, обязаны к 16 октября 1959 года представить свои конкретные предложения, — напомнил Первый секретарь. — Времени у вас достаточно, я жду от вас документ к установленному сроку.
В течение июля-августа Несмеянов ничего не предпринял — и члены Президиума Академии, и другие ученые отгуливали свои двухмесячные отпуска.
В целом же поначалу в Президиуме Академии наук побеждали сторонники Несмеянова. И тогда академик Семёнов, утвердившийся как негласный предводитель «оппозиции», 8 августа 1959 года опубликовал в газете «Известия» статью на целый разворот под заголовком «Наука сегодня и завтра».
В статье Семёнов сформулировал основной принцип реформ в науке: «задачи академических исследований — поиск новых свойств материи, проникновение в неизведанные тайны природы», а конструированием техники на базе этих открытий должна заниматься промышленность. В той же статье Семёнов изложил своё видение новой, реформированной Академии наук, описал возможные основы её организационной структуры, сформулировал главные направления научных исследований, а также призвал «избавиться от балласта, передать в промышленность всё лишнее, все институты, научным поиском не занимающиеся».
Он предлагал сосредоточить академические исследования на основных, перспективных направлениях науки, изменив структуру Академии так, чтобы каждое отделение разрабатывало одно из них, закладывало фундамент производства, технологий будущего. Семёнов предлагал полностью упразднить Техническое отделение Академии, перевести все его институты в промышленность. репутации их директоров-академиков такое переподчинение никакого ущерба не нанесет. В промышленности уже работали немало членов Академии, таких как Туполев, Александров, и другие.