Несмеянов предусмотрительно оговорился, что подобная приземлённость мешает развитию фундаментальных исследований, однако сетовал он больше на словах. В составленном им перечне «Важнейших задач…» более чем половины были такими же чисто прикладными.
Бытиё определяло сознание. За автоматические двери, вроде как в ресторане «Прага», заказчик платил солидные деньги. Академический статус давал разработчикам солидные преимущества: более высокие оклады, чем в промышленности, особенно остепененным кандидатам и докторам наук, отпуска по полтора — два месяца. Всё это сочеталось с более чем ненапряженными планами, а то и вообще их отсутствием.
При этом люди по-настоящему творческие, увлеченные делом, переходили в промышленность без сопротивления, отпуск они практически не использовали, работали днями и вечерами, прихватывали и выходные. Сопротивлялись «служащие от науки», звезд с неба не хватавшие, но до привилегий охочие.
Бюрократические структуры обычно оценивают свою значимость по численности штата. Академик Несмеянов не горел желанием сокращать свой штат, а вместе с ним и фонд заработной платы, количество зданий, гаражей, домов отдыха и прочего.
Академики, прежде всего — физики и математики, начали протестовать. Капица при каждом удобном случае требовал пересмотра приоритетов в пользу фундаментальных исследований. Академик Тамм, разочаровавшись в творческих способностях Президиума Академии, ратовал за передачу полномочий отделениям.
В конце 1956 года, академики Лаврентьев, Христианович и Соболев пришли к Хрущёву с предложением организации Сибирского отделения. Вновь всплыла тема необходимости реорганизации Академии Наук, но в этот раз она не была основной. Пришедших занимала Сибирь, образование там крупного научного центра, настоящее дело, а не столичный академический скандал.
Хрущёв был плотно занят, всё его внимание занимали сначала целина, потом жильё, сельское хозяйство, Суэцкий кризис, образование ВЭС и американо-турецкий прессинг Сирии. Дела науки он поручил академику Келдышу, но тот с началом активного освоения космического пространства тоже чаще бывал на Байконуре и в НИИ-88, чем в Академии Наук.
В третий раз о неблагополучной ситуации в Академии в конце 1957 года напомнил Хрущёву Николай Николаевич Семёнов, но тоже напомнил мимоходом. Они с Хрущёвым говорили в основном о развитии химической промышленности. В отличие от Лаврентьева, Семёнов порекомендовал Никите Сергеевичу вмешаться в ситуацию:
— Академия все больше погружается в рутину малозначимых работ, настоящей наукой там почти не занимаются, — прямо заявил Николай Николаевич. — Та информация, что потоком идёт из ВИМИ, по большей части прорабатывается в отраслевых институтах, а фундаментальная наука всё чаще остаётся в стороне.
Обеспокоенный Хрущёв дал прямое поручение академику Келдышу, только что, в конце 1957 г избранному членом Президиума ЦК КПСС, разобраться с положением дел в Академии. (В реальной истории такое поручение было дано секретарю ЦК Нуритдину Акрамовичу Мухитдинову).
Зная, что сам Келдыш — тоже сторонник реформирования Академии, Хрущёв не сомневался в успешном решении проблемы, но попросил Мстислава Всеволодовича учесть мнение как сторонников реформы — академиков Лаврентьева, Семёнова, Капицы, Соболева, так и сторонников линии Несмеянова.
— Не спешите, взвесьте все «за» и «против», — прямо сказал Никита Сергеевич. — Нам не нужно, чтобы потом всякие «обиженные» писали в мемуарах, что «Хрущёв разогнал учёных».
Деловые отношения у Несмеянова с Хрущёвым тоже не складывались. Несмеянов был достаточно консервативным, и в динамичную линию поведения Первого секретаря не вписывался. Никита Сергеевич не мог понять, почему «рядовые» академики Капица, Курчатов, Семенов, Лаврентьев, Христианович идут к нему с вопросами общегосударственного значения, болеют за дело, а глава Академии всё больше беспокоился о готовящемся сокращении двухмесячного отпуска академическим научным сотрудникам, а также отмена выплаты ежемесячной «надбавки за звание». (Тогда академикам выплачивали каждый месяц 500 (5000 рублей до реформы 1961 года), а членам-корреспондентам 250 (2500) сверх зарплаты, независимо от выполненной работы. Источник: С.Н. Хрущёв «Реформатор»)
Плотно занятый в Главкосмосе академик Келдыш готовил свои предложения по реформе Академии Наук более года. Сначала проблему обсуждали на Президиуме Академии, затем в Отделе науки ЦК у Кириллина, и наконец в мае 1959 года вынесли на заседание Президиума ЦК, положившее начало реформированию Академии.
Мстислав Всеволодович, как член Президиума ЦК (АИ), изложил свой проект. Потом выступил Несмеянов, после него — Косыгин, завершил обсуждение Хрущёв. Все пришли к согласию, что реформа Академии Наук назрела, но взгляды на методы проведения реформы у всех сторон были свои.