Православным японцам еп. Николай благословил молиться о даровании победы их императору, понимая, что они должны быть верными сынами своей родины. Однако сам он во время войны не участвовал в общественных богослужениях, говоря: «Я как русский подданный не могу молиться о победе Японии»
[44]. Не читал владыка в это время и газет, полных насмешек над Россией. Гостей в миссии не было, на улицу еп. Николай, почти не выходил, хотя и был уверен, что вражды к нему у уличной толпы нет. Он говорил, что, кто бы ни победил, ему «одинаково больно узнать о. сотнях смертей. Я молюсь об одном, чтобы война как можно скорее кончилась» [45].В годы войны основной заботой епископа Николая были военнопленные: Он специально рукоположил несколько священников и направил их в лагеря, где содержались русские солдаты и офицеры, для совершения там богослужений; под его руководством также было создано «Общество духовного утешения военнопленных», члены которого, православные японцы, занимались благотворительностью. Епископ собирал пожертвования в пользу раненых, снабжал оказавшихся в плену книгами, иконами, нательными крестами, сам навещал их. Сохранилось письмо к нему от пленных из Химэдзи, в котором они благодарят епископа за присланные к Пасхе свечи, книги и крестики: «Впереди же этих Св. Книг мы еще имели счастье получить крестики серебряные (со шнурками), и вот все это поднимает наш дух, что нас не оставляют и в чужой стороне…»
[46]После войны православной Миссией были воздвигнуты храмы–памятники на местах братских могил русских. Особенно знаменит храм в Мацуяма.
Стойкость и мужество епископа Николая вызвали уважение обеих воевавших сторон. Воскресенский собор все время охранялся полицией, как и другие здания миссии. А в 1906 году владыка Николай «ввиду его выдающихся трудов по насаждению и распространению Православия в Японии и за его христианское подвижничество во время минувшей войны» был рукоположен в сан архиепископа, с прибавлением слова «Японский». Он был награжден бриллиантовым крестом на клобуке и орденом св: Александра Невского с бриллиантами^ Санкт–Петербургская духовная академия присвоила ему степень кандидата богословия и избрала его своим почетным членом.
Японская Православная Церковь в 1905–1912 гг.
После русско–японской войны деятельность миссии продолжалась, хотя не с таким подъемом, как прежде.. Налоги после войны возросли, а средства миссии, и раньше скудные, в 1907 году были еще урезаны. Попытки России утвердиться на Дальнем Востоке, в том числе в сфере японского влияния, оказались неудачными. Внутренняя обстановка в России была обострена после перйой революции. Наверное, тратить в такой ситуации деньги на православную миссию в Японии казалось нецелесообразным. Положение миссии было бедственным. Число принявших новую веру возрастало, хотя и довольно медленно, но средств у миссии на помощь новообращенным не было. В связи с огромными материальными трудностями пришлось закрыть школу катехизаторов, 2 журнала. Количество катехизаторов сократили на 40 процентов, Семинария набирала студентов не каждый год. Все увеличивался разрыв между русской и другими христианскими миссиями.. На 1912 год в Японии было 150 ООО христиан: 62 ООО католики, 45 ООО протестанты, 33 ООО православные, 10 ООО англикане и сектанты. Лучше всего дела обстояли, как видим, у католиков. Это была не одна миссия, а целая сеть итальянская, французская, испанская, португальская миссии. Они были полностью обеспечены, материально, число миссионеров достигало нескольких сотен. Весьма значительными средствами располагали и. протестантские миссии Германии и США.
Российская Духовная Миссия включала 43 священнослужителя: одного архиепископа (Николая), одного епископа (назначенного в помощь престарелому владыке Николаю в 1908 году Сергия (Тихомирова)), 35 иереев (все японцы), 6 диаконов (5 ягГонцев и 1 русский Дмитрий Львовский), а также 14 учителей церковного пения и одновременно церковных причетников и 116 катехизаторов. В ведении миссии находились: Токийская семинария (94 ученика), Токийское женское училище (53 ученицы), женское училище в Киото (27 учениц). В этих учебных заведениях преподавали 37 учителей. При Токийском женском училище действовала иконописная мастерская, в которой работала Рин Ямасита. Существовало также Общество переводчиков религиозный книг (8 переводчиков)
[47]. В это общество входили еще два редактора периодических изданий миссии, доживших до этого времени: двухнедельного «Сэйкё симпо» («Православного вестника») и ежемесячного «Сэйкё ёва»(«Православной беседы»). Основными статьями расхода были содержание священнослужителей, училищ, книгоиздательское дело и иконопись. Средства, на которые существовала миссия, поступали от Святейшего Синода, Православного Миссионерского общества, а также были пожертвованы русскими и японцами.