Со временем культурно–религиозное значение миссии возрастало, состав ее пополнялся все новыми и новыми обращенными из японцев. В 1881 году впервые японец принял иноческий сан. Это был Павел Ницума, замечательный проповедник, тридцати лет. В этом же году образованные японцы, знающие русский язык, объединились в литературный кружок Аи–си («Союз любви») и стали издавать «Церковную газету», чтобы «чрез нее распространять научные и религиозные истины, благоприятные христианству»
[39]. Редакция еженедельной «Церковной. газеты» находилась неподалеку от зданий миссии. На первом листе была эмблема: ангел, спускающийся с небес на землю и простирающий над домами Токио свиток Евангелия.Важнейшую роль в культурно–просветительской деятельности миссии сыграл сам епископ Николай. Он основал несколько журналов, которые были посвящены не только религиозной жизни и нуждам японцев, но и рассказывали об истории и культуре России. Именно ему Япония обязана первым знакомством с русской литературой. По инициативе епископа при миссии было создано Общество переводчиков. Владыка Николай справедливо полагал, что «узнав русскую литературу, узнав Пушкина, Гоголя, Лермонтова, нельзя не полюбить России». Один из воспитанников школы при миссйи перевел на японский язык «Капитанскую дочку» Пушкина, а один из местных художников сделал иллюстрации. После публикации в миссийском журнале она вышла отдельной книгой (Токио, 1882 год; один экземпляр был прислан в Пушкинский музей при Императорском Алексеевском лицее, а иллюстрации в 1910 году перепечатала «Нива» (№29)). Повесть пользовалась большим успехом у японцев, которые в то время особенно любили историческую литературу. С октября 1892 года женская школа при миссии начала издавать журнал «Уранисики» («Сокровенная добродетель»), который наряду с духовно–нравственными, наставительными сочинениями также давал возможность познакомиться с русской литературой. В первых номерах были статьи: «О Пушкине», «Памятник Крылову», «О Тургеневе» и т. д. Впоследствии журнал печатал произведения многих авторов и классиков, и современных. Помимо «Уранисики», миссия издавала и другие журналы «Сэйкё симпо» («Православный вестник»), «Сэйкё ёва» («Православная беседа»). Все эти издания читались «не одними новообращенными, а огромными массами интеллигентных японцев, оставшихся верными своей религии»
[40]..Как вспоминал Дмитрий Позднеев, владыка Николай вставал очень рано и ежедневно с 6 до 12 утра занимался церковными делами, в основном перепиской с верующими. Он «редактировал–все миесийские издания, следил тщательно за всеми публикуемыми миссией периодическими органами и был в курсе всей текущей государственной жизни Японии, за которой следил по японской прессе. Читал он постоянно и газеты английские»
[41]. Сам епископ, помня об обязательстве извещать русскую общественность о деятельности миссии, регулярно печатался в «Русском вестнике», «Русском архиве», «Московских ведомостях», «Христианском чтении», «Страннике», «Миссионере».В 1884 году началось строительство Воскресенского собора в Токио. Оно происходило в основном на пожертвования и закончилось в 1891 году. Этот собор в Японии известен как «Николай–до». В нем хранились ценнейшие архивные документы, 10 ООО томов миссийской библиотеки. К сожалению, во время Великого землетрясения 1923 года многие книги погибли, оставшиеся были вывезены в Америку американскими православными священниками, трудившимися в «Николай–до» после Второй мировой войны. Однако и сейчас в соборе располагается архив, остались 400 томов библиотеки.
К началу XX века в состав «Кёдо Никорай» («Братство Николая»), как называли японцы Российскую Духовную Миссию, входили Воскресенский собор, духовная семинария, готовившая священников, проповедников, учителей, начальные школы для девочек и мальчиков, большая библиотека, приют и другие учреждения.
Семинария была любимым детищем епископа Николая. Сюда принимались лица от 16 до 60 лет, курс обучения был шестигодичный. В программу, помимо истории Нового Завета и других богословских предметов, входили русский и китайский языки, каллиграфия, алгебра, геометрия, география, история, психология, история философии. Большое внимание уделялось также пению и гимнастике. Епископ Николай заботился о здоровье семинаристов. На каникулы их отправляли к морю или на дачу миссии в местечко Тоносава. За успехи в учении епископ собственноручно дарил книги. В начале XX века семинария получила права среднего учебного заведения Японии. Лучшие ученики посылались в Россию в духовные академии Киевскую и Петербургскую. Тесные связи установились у семинарии с Восточным институтом во Владивостоке. Семинария принимала на стажировку студентов института, а также военных переводчиков.