До 1957 года верующие Истинной Православной Церкви под руководством прот. Антония Такай могли общаться с представителями РПЦ только письмами. В августе 1957 г· произошло важное событие: протоиерей РПЦ Михаил Зернов, приехавший в Японию в составе делегации СССР на III Международную конференцию за запрещение атомного и водородного оружия, посетил верные Московскому Патриархату приходы. Это был первый с довоенных времен визит священника из России. На основании доклада о. Михаила Синод РПЦ признал группу Такай Истинной Японской Православной Церковью, преемницей Российской Духовной Миссии, учреждецной архиепископом Николаем (Касаткиным). Таким образом, хотя в ЯПЦ «группу «Николай–до» входило явное большинство японских верующих, а ИПЦ Такай насчитывала, наверное, несколько десятков человек, Русская Православная Церковь признала только группу Такай. ЯПЦ ведь стала частью раскольнической Американской Церкви, лишенной канонического общения с РПЦ.
На основе Истинной Православной Церкви Такай было организовано Благочиние РПЦ в Японии, включавшее приходы в Токио, Хитати (не более 10 семейств) и на востоке Хоккайдо (последнее в 1970 г. присоединилось к ЯАПЦ). Лидер ИПЦ протоиерей Антоний Такай был назначен Благочинным с возведением в сан протопресвитера. Окормление созданного Благочиния было поручено заместителю председателя Отдела внешних церковных сношений (ОВЦС) РПЦ епископу Зарайскому Ювеналию (Пояркову). В 60–е годы Ювеналий и другие священнослужители неоднократно приезжали в Японию,'что для верующих было, конечно, большой духовной поддержкой.
Так, в декабре 1963 г. Японию посетила делегация Московского Патриархата, в которую входили член Священного Синода, управляющий делами МП архиепископ Дмитровский Киприан (Зернов), протоиерей Димитрий Сагаи и референт ОВЦС В. В. Зайцев. Последний писал о поездке: «Впервые после окончания Второй мировой войны японское правительство разрешило архиерею РПЦ посетить Японию с чисто служебной целью… Можно надеяться, что этот первый шаг послужит прелюдией к регулярным посещениям епископом своих православных японских чад, твердых в своей вере и преданности Матери–Церкви»
[62].Архиепископ Киприан, бывший в Японии еще в 1957 году в составе делегации советских представителей на III Всемирной конференции против атомной и водородной бомб и за полное разоружение, так описывал свои впечатления: «Я должен с удовлетворением сказать, что церковная жизнь не только не угасла, но по сравнению с 1957 годом оживилась. Начало издания церковного журнала ~ яркое тому доказательство. Особенно порадовало меня то, что осуществившееся в 1957 году деление прихожан на русскую и японскую группы совершенно исчезло»
[63]. Слова эти, конечно, кажутся натяжкой ведь мы знаем, что разделение ЯПЦ на японско–проамериканскую. «группу «Николай–до» и просоветскую Истинную Православную Церковь никуда не исчезло. Скорее можно говорйть о том, что русских вообще на то время в Японии осталось мало. Эмигранты второй волны, подобно их предшественникам в 20–е годы, также вскоре перебрались из Японии в другие страны, по большей части в Америку и Австралию. Кто-то вернулся в СССР. Оставшиеся в силу своего малого числа вряд ли могли создавать впечатление весомой группы верующих, отдельной от японцев.