26 ноября в Токио прошла конференция представителей МП, Американской и Японской Православных Церквей, ка которой были приняты официальные документы об автономном статусе ЯПЦ.
С 2 по 13 апреля 1970 г. делегация ЯПЦ (в которую входили епископ Владимир (Загоскин), назначенный на Токийскую кафедру Американской Митрополией в
1962г., недавно хиротонисанный епископ Киотоский Феодосий и еще 4 человека) посетила Москву с официальным визитом. 10 апреля состоялось расширенное заседание СвященногоСинода РПЦ, принявшее исторические для ЯПЦ решения: о даровании ей автономии и о канонизации архиепископа Японского Николая (Касаткина). В тот же день Томос [67]Святейшего Патриарха Алексия об автономии был передан японской делегации.Согласно Тbмосу глава ЯПЦ (далее ЯАПЦ, Японской. Автономной Православной Церкви) «высокопреосвященный Архиепископ Токийский, Митрополит всей Японии» должен был избираться Поместным Собором ЯАПЦ (при участии всех епископов, клира и мирян) и утверждаться Святейшим Патриархом Московским и всея Руси. Об избрании новых епископов, создании новых епархий и тому подобных значительных событиях в жизни ЯАПЦ предписывалось информировать Московский Патриархат.
Предстоятелем ЯАПЦ был избран уже 8 лет руководивший «группой «Николай–до» епископ Владимир (Загоскин). Тогда же, 10 апреля, он был возведен в сан митрополита. Епископу Киотоскому Феодосию (как рассказывалось выше, хиротонисанному Собором ЯПЦ в качестве будущего предстоятеля) пришлось подождать год.
Духовная Миссия в Японии была упразднена, а епископ Токийский и Японский Николай (Саяма) соответственно освобожден от должности ее начальника. Вместо миссии определением Патриарха Алексия и Священного Синода РПЦ от. все того же. 10 апреля 1970 г. было создано Патриаршее подворье РПЦ в Японии, настоятелем которого (с титулом «епископ Можайский») и был назначен еп. Николай (Саяма). Подворье, ставшее представительством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси в Японии и призванное «содействовать укреплению братских связей между ЯАПЦ и РПЦ исключалось из ЯАПЦ и находилось в прямой юрисдикции РПЦ.
Итак, 1970 год стал переломным для всей послевоенной истории Японской Православной Церкви. Шедшие два года переговоры между РПЦ и Американской Митрополией РПЦЗ привели наконец к тому, что канонические отношения между ними были восстановлены, и в результате ЯПЦ была возвращена Митрополией в юрисдикцию Московского Патриархата. Таким образом, и отношения РПЦ с ЯПЦ, которую она 25 лет не признавала, были полностью урегулированы и потому Духовная Миссия (ИПЦ, Благочиние РПЦ в Японии), те же 25 лет выступавшая как альтернатива ЯПЦ, совсем немногочисленная, но зато единственно признанная РПЦ, была упразднена и превращена в подворье РПЦ (в чьи задачи не входила проповедь среди населения и вообще составление кому-либо какой-либо альтернативы). В результате острота противоречий между двумя группами японских верующих, существовавшими с 1946 г., намного снизилась. Их статусы изменились: ЯПЦ перестала быть «раскольнической», ИПЦ перестала быть Церковью.
Однако нельзя сказать, чтобы противостояние это полностью исчезло дело ведь было не только и не столько в церковно–юридической стороне, сколько в общественной, политической и т. д; лозиции верующих: ЯПЦ отражала общую проамериканскую направленность Японии после Второй мировой войны; Духовная Миссия (ИПЦ) по сравнению с ней была так асе мала, как и число сочувствующих Советскому Союзу. Поэтому вышло так, что после 1970 г. именно ЯАПЦ оказалась продолжательницей миссии св. равноапостольного Николая. Но верующие ИПЦ не присоединились к ней, а стали прихожанами Патриаршего подворья.
Японская Православная Церковь после 1970 г.
В следующем, 1971 году, митрополит Владимир подал в отставку. Чрезвычайный Собор 19 марта 1971 г., на котором присутствовали и советские священнослужители (в частности, заместитель председателя ОВЦС митрополит Тульский и Белевский Ювеналий, некогда окормлявший Благочиние в Японии), удовлетворил его просьбу. Митрополит Владимир покинул Японию и возвратился в США. РПЦ дала ему отпускную грамоту, чтобы он мог перейти в юрисдикцию Автокефальной Православной Церкви в Америке. Новым предстоятелем ЯАПЦ единогласно был избран епископ Киотоский Феодосий. Пимен, Патриарх Московский и всея Руси с 1970 г., утвердил решение Собора.