В 70–80–е годы, несмотря на симпатию большинства священников к США, в ЯАПЦ происходили все же подвижки в сторону большей самостоятельности. Как говорилось выше, в 1973 г. «Николай–до» получил официальный статус кафедрального собора таким образом, была признана его роль истррического центра японского Православия. В «Николай–до», помимо всех православных, отмечаются и традиционные японские праздники Новый год, детские праздники. День пожилых. Можно говорить об определенной японизации, которую проводят служители храма и вообще ЯАПЦ.
В те же годы при семинарии были открыты подготовительные курсы. Однако проблема подготовки новых священников остается едва ли не самой большой головной болью Японской Церкви. В настоящий момент, например, в Токийской духовной семинарии обучаются три человека. Большинству священников ЯАПЦ сейчас уже за шестьдесят, и скоро они будут вынуждены оставить свое служение. Кто сменит их, до сих пор не очень понятно. Скорее всего ЯАПЦ придется приглашать на несколько лет священников из Америки и/или России. Что касается американских священников, то такой опыт у ЯАПЦ давно есть американцы приезжали в Японию и после войны, и при митрополите Феодосии. Они служили в храмах и одновременно преподавали русский и английский языки в Никольской школе. Сейчас в ЯАПЦ служит русский священник отец Николай Дмитриев, и, по отзывам, пользуется у прихожан популярностью. Возможно, его пример подвигнет ЯАПЦ на то, чтобы приглашать священников не только из Америки, но и из России.
В 90–е годы ЯАПЦ провела успешную кампанию по сбору средств на реставрацию «Николай–до». К 1998 г. было получено 330 713 246 иен пожертвований. 10 мая 1998 г. произошло торжественное освящение отреставрированного собора.
Патриаршее подворье в Японии, как уже было сказано; не призвано вести миссионерскую деятельность. Основными его функциями были и остаются три: I) информационное посредничество. между РПЦ и ЯАПЦ, а также другими Церквами, религиозными общинами, общественными организациями Японии; 2) организация паломничества японских верующих в Россию и 3) сохранение имущества РПЦ в Японии, (которое включает Никольский храм в Токио, домовый храм в поселке Тиба при резиденции епископа Николая, рядом с ним монастырь, часовню на русском кладбище в Нагасаки и приход в поселке Хитати), С июля 1991 года настоятелем подворья является протоиерей Николай Кацюбан. Среди прихожан подворья уже практически нет японцев соратники прот. Антония Такай и архим. Николая Саямы почти все умерли, новыми обращениями занимается ЯАПЦ. Сейчас подворье посещают в основном проживающие в Японии российские граждане (число которых в 90–е гг. снова стало увеличиваться), болгары, греки.
В мае 1999 года митрополит Феодосий, 21 лет возглавлявший ЯАПЦ, скончался. На его пост претендовали три кандидата: епископ Иокогамский Петр, епископ Киотоский Даниил и епископ Сендайский Серафим. Все трое были пострижены в монахи в Троице–Сергиевой лавре, а затем поочередно рукоположены в епископский сан. 4 марта 2000 года на Чрезвычайном Поместном Соборе, в котором принимал участие председатель ОВЦС Московского Патриархата митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, новым предстоятелем Японской Автономной Православной Церкви был избран, епископ Иокогамский Петр (Арихара). Однако в апреле епископ Петр был вынужден подать в отставку по состоянию здоровья. 10 мая он скончался. 6 мая в Токио был вновь созван Чрезвычайный Поместный Собор ЯАПЦ, на котором новым предстоятелем избрали епископа. Даниила (Нусиро).
12 мая 2000 г. с визитом в Японию прибыл Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Это было первое в истории посещение Японии русским Патриархом. Основной целью его было возведение Даниила в сан Митрополита Токийского и всей Японии, но понятно, что визит этот стал возможным благодаря наметившимся изменениям в отношениях России и Японии и призван был способствовать их дальнейшему улучшению. Интронизация Даниила состоялась в кафедральном соборе Воскресения Христова «Николай–до» 14 мая. После совершения церемонии Патриарх Алексий II обратился к верующим Японской Православной Церкви с речью: «За свою историю эта Церковь пережила немало трудностей и невзгод. Однако ни сложные политические обстоятельства, ни стихийные бедствия, ни различные искушения, привносимые в церковную среду внешними силами, ничто земное не смогло поколебать искреннюю веру православных японцев, которые мужественно являли свидетельство Святого Православия в многократно превосходящем по численности нехристианском окружении…»
[68]Посетил Патриарх также и подворье РПЦ, где за многолетние труды на благо подворья наградил его настоятеля протоиерея Николая Кацюбана орденом преподобного Сергия Радонежского (III степени), клирика подворья протоиерея Иоанна Нагая крестом с украшениями, а деятельность многих прихожан отметил грамотами.