Прежде всего необходимо было выучить японский. язык. Отцу Николаю пришлось признать, что язык этот «труднейший на свете». Ни грамматик, ни иных пособий не было, и приходилось «учиться инстинктом, чрез чтение книг и механическое приучение себя к тем или иным оборотам разговорной и письменной речи»
[8]. Однако через несколько лет отец Николай овладел письменным и разговорным японским практически в совершенстве. Именно ему принадлежат переводы Священного Писания и многих других богословских книг, которыми до сих пор пользуются японские православные. Его ораторские способности также были велики. Как позже вспоминал известный востоковед Дмитрий Позднеев, учившийся в Токийской духовной семинарии, созданной отцом Николаем, у того был «сильный иностранный акцент. · Кроме того, восемь лет пребывания в Хакодате дали его произношению сильный оттенок северо–японского диалекта. Но это не мешало ему быть понимаемым всеми японцами от мала до велика, богатство словаря и легкость построения фраз давали его речи силу, приводившую в восторг всех японцев… Фразы были короткие, обороты самые неожиданные, но. чрезвычайно яркие и сильные… Он черпал из своей изумительной эрудиции образы, примеры и сравнения, о которых японцы никогда и не думают, что они могут быть известными европейцу…» [9]Овладел отец Николай и английским языком. Одновременно он глубоко изучал литературу, философию, историю Японии, ходил в буддийские храмы и слушал там проповедников, приглашал к себе для бесед буддийских бонз. Все это было необходимо, ведь без проникновения в характер, образ мысли японского народа нельзя было ожидать, что православная проповедь будет услышана.Все же первые попытки обращения японцев в Православие не были удачны. Отец Николай убедился в отсутствии у японцев логического мышления. Образование их происходило по китайской системе и состояло во многом из механического заучивания текстов. Еще несколько лет спустя один из участников русской миссии писал: «Японцы народ славный, но младенцы все. По образованию, разумея под ним распространение грамотности и ремесел, они куда зашвырнут не только нас, но и почище кого-нибудь. Только все это заквашено китайщиной: у всех какая-то интеллектуальная мертвость»
[10]. Однако, по мнению отца Николая, революция Мэйдзи реформировала не только политико–экономическую сферу, но и сознание японцев, им стало более понятным европейское мышление.О современной ему Японии он писал так: «В этой 35миллионной империи крайнего Востока все как-то чудно, все не по–нашему, но вместе и не повосточному…»
[11]Поэтому он верил в большой потенциал христианства, и особенно Православия, на этой земле: «Японский народ слишком умен, развит и свеж, а его религии слишком отсталы и нелепы, чтобы могли удовлетворить его» [12]… «Не знают еще японцы Истинного Бога, по «естественным законам творят». Три доселешние няньки японского народа каждая воспитали в нем нечто доброе: синто честность, буддизм взаимную любовь, конфуцианизм взаимное уважение. Этим и стоит Япония. Но пора уже Японии узнать своего Отца Небесного» [13].Только на четвертый год отец Николай смог обратить в Православие первого японца. Им стал буддийский жрец Савабе. Он ходил к сыну российского консула преподавать фехтование и никогда не упускал случая показать свою неприязнь к отцу Николаю и его вере. Однако после того, как отец Николай однажды предложил разъяснить ему сущность христианского учения, Савабе пережил настоящий духовный переворот и из недоброжелателя превратился в самого горячего сторонника Православия. К 1868 году Православие были готовы принять 20 японцев. Первыми, 18 мая, были крещены Павел Савабе и двое приведенных им японцев врачи Иоанн Сакая и Иаков Урано. Так была заложена основа православной общины в Японии.
Видя, что труд многих лет наконец начал давать плоды, в 1869 году отец Николай отправился в Россию ходатайствовать перед Священным Синодом об открытии в Японии русской православной миссии. 22 марта 1871 года он возвратился в Хакодате ее начальником.
Создание Российской Духовной Миссии. Начало православной проповеди в Токио