Отец Анатолий родился 23 ноября 1838 года в Бесарабии. Немало лет провел он на Афоне, затем окончил Киевскую духовную академию со званием кандидата и уехал в Японию, где на ниве миссионерского служения трудился 21 год, до самой своей смерти. Прибыв в Японию, — отец Анатолий был оставлен Касаткиным в Хакодате, благодаря чему начальник миссии получил возможность переехать в Токио. Отец Анатолий оказался очень способным и через год выучил японский язык так, что мог делать переводы. Те, кто знал его, отмечали «невозмутимый характер, ровность и последовательность во всех действиях, тактичность и удивительное терпение, иногда необходимое при обращении с японцами»
[17]. О. Николай говорил о нем: «Лучших помощников не желал бы!» Особой заслугой отца Анатолия было внимание, которое он уделял организации школ. Он открыл начальное христианское училище в Хакодате, назначив надзирателем его одного из катехизаторов–японцев. «Для деятельности и личности отца Анатолия характерен следующий любопытный эпизод. Однажды утром он пришел в школу и, как только вошел в двери, горько расплакался. Его, естественно, окружили дети, стараясь узнать, что вызвало такие слезы. Оказалось, что на стенах были нарисованы кем-то дурные картинки. Этот случай. произвел такое впечатление на учащихся, что училище в Хакодате стало с тех пор традиционным питомником христианского добронравия» [18]. В день Благовещения 1890 года по случаю тяжелой болезни отец Анатолий выехал в Россию. 28 ноября 1893 года он умер в одном из госпиталей Санкт–Петербурга и был похоронен на кладбище Александро–Невской лавры. При кафедральном соборе в Токио в его память соорудили большой крест с иконой на лицевой стороне и кратким жизнеописанием на другой.Причетником миссии, был Виссарион Сартов, умерший в 17 января 1874 года.
После переезда отца Николая в Токио к нему стали приходить люди, которые просили обучить их русскому языку, а иногда и прямо христианству. Он писал а Россию: «Лишь только узнал кое-кто в Тоокей, что я приехал, как появились толпы юношей, жаждавших русского и вместе религиозного образования. На первый раз собралось вокруг меня человек семьдесят, которыми я сначала и ограничился, потому что больше поместить негде, хотя каждый день приходят новые и новые просители… Из приходящих весьма многие просят обучать их русскому языку, и я веду и это дело. И есть успех? Еще бы!.. Взгляните на этот живой, кипучий народ. Он ли не достоин быть просвещенным светом Евангелия? Желание просвещаться, заимствовать от иностранцев все хорошее, проникает его до мозга костей…»
[19]Условия жизни отца Николая были самыми плачевными. Он жил в маленькой комнате на чердаке, высокому человеку приходилось в ней сгибаться. Убранство было бедное столы, стулья, самодельный диван. В этой-то комнате и проводил он свои занятия. Набивалось более двадцати челbвек, люди сидели «на полу, на ступеньках. Духота была нестерпимая, сознание отказывалось работать. Но все-таки отец Николай преподавал, и его слушали. Только в 1875 году появилась возможность начать постройку церкви, школы, помещения для самого отца Николая.
Важной вехой в истории Российской Духовной Миссии является посещение Хакодате епископом Камчатским Вениамином (т. е. непосредственным начальством миссии) 14—17 августа 1872 года. Этот, визит совпал с началом гонения на православных христиан. В феврале в Сендае были заключены в тюрьму восемь ревностных христиан–проповедников, в том числе Павел Савабе, бывший бонза. Еще 120 христиан, среди которых были даже десятилетние дети, подвергли допросам. Затем эта волна докатилась и до Хакодате. Однако такие действия государственных чиновников получили негативный резонанс. Русский консул Оларовский выразил протест против взятия двух катехизаторов под стражу из его дома без его ведома.
Английская газета, выходившая в Йокогаме, опубликовала энергичную передовицу с осуждением японского правительства. «Протест этот заключался предостережением, что европейские правительства не могут сочувствовать гонению христиан в Японии, и что японское посольство к европейским дворам может поэтому не встретить дружественного приема»
[20]. Важнейшую роль сыграл и приезд епископа Вениамина, который прибыл в Хакодате на российском военном судне «Восток», что было воспринято как демонстрация военной мощи России. В день его прибытия как раз должны были выслать из Хакодате христиан, но из-за бури высылка задержалась, и епископ имел возможность сказать им напутственное ободряющее слово.