Когда в середине февраля 998 года император, получив подкрепление и от своих итальянских вассалов, подошел к Риму, город не оказал ему ни малейшего сопротивления. Антипапа бежал, но был схвачен воинами Оттона III, которые, видимо, самовольно (во всяком случае, в анналах вся ответственность за надругательство над Филагатом возлагается на них) выкололи ему глаза и отрезали уши, нос и язык, остригли, а затем заперли в одном из монастырей в Риме. На специально созванном в Риме синоде осудили его и объявили о его смещении. Весть о несчастной участи Иоанна Филагата быстро разнеслась, достигнув и кельи знаменитого в то время отшельника Нила, заставив его отправиться в Рим. Оттон III и Григорий V вышли навстречу 88-летнему (а по другим сведениям, даже 99-летнему) старцу, с почетом ввели его в Латеран, посадили между собой и облобызали ему руки. Нил просил о помиловании Филагата, чтобы они вместе замаливали в монастыре его грехи. Император соглашался исполнить просьбу отшельника, если тот поселится в Риме в греческом монастыре Св. Анастасия. Однако папа не хотел и слышать о помиловании, желая в полной мере насладиться местью. Он велел на посмешище римлянам и в назидание, дабы другим не повадно было, посадить Иоанна в разорванных одеждах задом наперед на осла, дать ему в руки хвост и в сопровождении герольда возить по улицам города. После пережитых мучений и позора несчастного антипапу отправили в изгнание в Германию, где он прожил еще более десяти лет. Это был уже не первый случай, когда Григорий V действовал вопреки своему родственнику-императору. Оттон III велел передать свои извинения Нилу, но тот обиженный удалился в собственную обитель, оставив в чувствительной душе императора незаживающую рану.
Главный же виновник мятежа, Крешенций, укрылся за стенами замка Святого Ангела, бывшей усыпальницы древнеримского императора Адриана, до того времени считавшейся неприступной цитаделью. Осаду этого замка в течение двух месяцев вели немцы, к которым присоединились и римляне. Вскоре после Пасхи, 28 апреля 998 года, маркграфу Мейсенскому Эккехарду удалось с помощью осадных машин взять цитадель штурмом. Крешенций был схвачен и для устрашения римлян, бунтовавших против императорского величества, обезглавлен у всех на виду на крыше замка, после чего его труп вверх ногами повесили вместе с двенадцатью его соратниками на виселицах на холме Монте-Марио, с которого открывалась панорама всего Рима и который, соответственно, был виден издалека. Власть Оттона III и Григория V в Риме была восстановлена.
Но еще до окончания борьбы император решил вознаградить своего уважаемого наставника и советника, ставшего и его близким другом — Герберта Орильякского, 25 апреля назначив его архиепископом Равеннским и одновременно подтвердив все прежние права и привилегии экзархата, а также пожаловав в личное пожизненное владение Герберту три графства со всеми городами и правом осуществлять на подвластной территории публичную власть. Папа Григорий V, только что восстановленный в своих правах благодаря помощи со стороны императора, не мог отказать ему в любезности, вручив Герберту знаки архиепископского достоинства и передав ему все права в городе и экзархате, которые со времен Оттона Великого принадлежали римской церкви. На состоявшемся 9 мая 998 года синоде, на котором совместно председательствовали папа и император, Григорий V опять затронул вопрос о привилегиях римской церкви, в частности, о правах на территорию Пятиградья, но Оттон III и на сей раз отказался возвратить ее курии, предпочитая продолжить реализацию плана Оттона I, собиравшегося создать на восточном побережье Италии прочный опорный пункт своей власти с центром в Равенне, дабы иметь возможность противодействовать Византии и папским притязаниям.
За время между первым и вторым итальянскими походами произошли решающие перемены в умонастроении Оттона III. После императорской коронации он покидал Рим с чувством глубокого разочарования. Возведенный им на престол Св. Петра папа не оправдал его надежд, и римская имперская идея на время была вытеснена из его сознания ахенской имперской идеей, убежденным сторонником которой в свое время был Карл Великий. Еще Оттон Великий прославлял Ахен как «первейшую королевскую резиденцию по эту сторону Альп», однако лишь Оттон III стал отождествлять трон, стоявший тогда в капелле Св. Марии, с именем Карла Великого, которого он называл своим предшественником, славным императором и в преклонении перед которым с ним не мог сравниться ни один из правителей. В Ахене Оттон III учредил три монастыря, а церковь Св. Марии получила доставленные из Италии реликвии и была осыпана им всевозможными милостями. Ахен стал для него «Новым Римом», как когда-то Византии для Константина Великого.