Аналогичная картина, как и при организации двора, рисуется при рассмотрении практических последствий союза императора с римлянами. Это касается новых или возобновленных высших должностей, с помощью которых Оттон III пытался привязать к себе римскую знать. Тем самым он шел навстречу их традициям и личным амбициям, но вместе с тем использовал эту возможность для усиления собственного влияния в Риме. Придворный штат Оттона III привлекал к себе особое внимание исследователей. Вопросу о придворных должностях придавали большое значение при оценке его личности: именно из-за них упрекали его в слепом подражании византийским порядкам, в склонности предаваться фантазиям. В «византийском дворе» Оттона III не видели ничего, кроме маскарада, фантазии и игры в титулы. Во введении им римских и византийских должностей усматривалась лишь показная помпезность, навеянная влиянием его матери Феофано. Какова же была в действительности связь вновь созданных Оттоном III должностей с идеей «восстановления империи римлян»? Чтобы понять это, следует обратиться к должностям, упоминающимся в официальных документах.
Прежде всего это должность «префекта города», относительно которой одно время предполагали, что ее ввел Оттон III, сделав префекта своим чиновником. Однако еще с 993 года исполнял обязанности префекта города некий Иоанн, переживший Оттона III, так что о замещении этой должности императором не может быть речи. Застав в Риме папского префекта, осуществлявшего светское управление городом, император просто привлек его на свою службу: известно, что префект города оглашал императорские судебные распоряжения. Поскольку же в суде префект заседал рядом с папой, нет оснований предполагать, что император изменил его функции. Остается лишь вопрос: не изменились ли его фактические властные полномочия во время Оттона III? Видимо, изменились, что подтверждается грамотой, в которой говорится, что префект Иоанн дважды в качестве императорского посланца передавал аббату одного из римских монастырей приглашение в императорский суд. Наряду с папским титулом префект с 998 года имел и титул «дворцового графа», поэтому служба его, видимо, была аналогична обязанностям пфальцграфа, находившегося в Павии и замещавшего императора в судах Италии. Это значит, что префект города помимо своей папской должности, очевидно, исполнял еще и новую императорскую должность, отвечавшую итальянско-германской традиции, а это означает, что император старался не ущемлять прав папы в Риме — по крайней мере формально. Таким образом, и здесь возрождение античности сочеталось с осмотрительным сохранением традиции. Можно предположить, что Оттон III наделил префекта города судебными полномочиями, в результате чего тот получил назначение как от папы, так и от императора, однако при этом границы между императорской и папской сферами не стерлись. Если это предположение верно, то становится понятно, как могли император и папа мирно сосуществовать в Риме.
Существовала при Оттоне III и должность префекта флота. Само по себе это обнаруживает намерение Оттона III создать собственный флот, необходимый ему для исполнения замысла о покорении Южной Италии, и прежде всего Сицилии. Вместе с тем должность префекта флота, введенная Оттоном III, кое-кому из историков казалась просто смешной, поскольку тогда у императора не было ни одного корабля. И все же достоверно известно, что префект флота участвовал в заседаниях императорского суда, где присутствовали также папские чиновники, а папа направлял обладателя этой должности в качестве своего посланника к Оттону III. Значит, должность префекта флота, название которой в известной мере соотносится с «префектом города», исполнявшим свою должность на папской службе, по всей видимости, занимал папский чиновник, в обязанность которого могли входить надзор за римской гаванью и обеспечение подвоза всего необходимого в Рим водным транспортом по Тибру. Во всяком случае, эта должность придавала ее обладателю авторитет, иначе Григорий, глава упомянутого знатного Тускуланского рода, не довольствовался бы ею.