За Хиосское сражение А.Г. Орлов наградил капитана орденом Св. Георгия IV степени, за уничтожение турецкого флота в Чесменской бухте — орденом Св. Георгия III степени. Кроме него, два ордена Св. Георгия за два эти сражения заслужил лишь С.П. Хметевский.
В 1771 г. Ф.А. Клокачев, будучи командиром «Европы» — флагманского корабля эскадры адмирала Г.А. Спиридова, крейсировал у Дарданелл, участвовал в нападениях на крепости Пелари и Митиллини. Но уже в 1772 г, он вернулся в Россию.
В 1772 г., оставаясь капитаном 1 ранга, Ф.А. Клокачев командовал практической эскадрой на Балтийском море, имея брейд-вымпел на линейном кораблей «Св. Андрей». В 1773 г. Клокачев был назначен командиром линейного корабля «Исидор». А в 1774 г., получив чин капитана бригадирского ранга, он вновь командовал практической эскадрой на Балтике, теперь имея брейд-вымпел на линейном корабле «Иезекиль».
1776 год принес Клокачеву производство сначала в капитаны генерал-майорского ранга (7 июня), а затем и в контр-адмиралы (11 июля). 19 же июля 1776 г. моряка назначили командовать Азовской флотилией вместо ушедшего в отпуск по состоянию здоровья А.Н. Сенявина. В указанной должности он пробыл до февраля 1780 г., став вторым командующим флотилией и сыграв существенную роль как в ее дальнейшем развитии, так и в сохранении Россией результатов Кючук-Кайнарджийского мира 1774 г.
Более конкретно его деятельность на посту командующего флотилией выглядела следующим образом. Основное внимание в 1776–1779 гг. было сосредоточено им на вопросах укрепления сил флотилии (то есть на проблемах судостроения и судоремонта), а также развития Таганрога. Но если по первым он получил самую полную поддержку Петербурга, то на Таганрогский порт финансирования так выделено и не было. Что же касается руководства деятельностью флотилии в Черном море, то этим практически самостоятельно занимался А.И. фон Круз.
Нужно сказать, что в деле организации «тыловых» работ Ф.А. Клокачев заслужил самой лестной оценки. Приняв флотилию с серьезными долгами, с кораблями, которые нуждались в ремонте, с вялотекущими работами по созданию новой верфи в низовьях Дона, он достаточно быстро сумел добиться прорыва по этим направлениям. Так, весной 1777 г. большинство судов Азовской флотилии были оперативно подготовлены к действиям на море. Когда же они начали выходить из строя, Клокачев в 1777–1780 гг. наладил не только ремонт, но и модернизацию многих из них. В частности, полную модернизацию прошли «новоизобретенные» корабли. Ускорились работы и по созданию новой верфи: в 1778 г. на Гнилотонской верфи начались судостроительные работы. Смог Ф.А. Клокачев в непростой ситуации весьма успешно осуществить и реализацию срочно предписанной к постройке в 1777–1778 г. целой серии новых судов, в частности, 9 фрегатов, бомбардирского корабля и 10 малых судов. Наконец, положительной оценки заслуживает и представленный Ф.А. Клокачевым план дальнейшего развития Таганрога.
Стоит отметить и то, что Ф.А. Клокачев смог быстро оценить недостатки новой верфи и выдвинуть в качестве альтернативы ей вариант с верфью на реке Кутюрьме, который в итоге получил одобрение. И хотя судьба этой верфи также оказалась непростой, когда она в 1787 г. начала функционировать, то сыграла значимую роль в войне 1787–1791 гг.
При всем этом Ф.А. Клокачев практически все годы пребывания во флотилии серьезно болел, что, безусловно, осложняло ему проявление активности.[312]
Выписка из указа Адмиралтейств-коллегий контр-адмиралу Ф.А. Клокачеву от 6 апреля 1777 г.
{1872}Вице-президент граф Чернышев коллегии предлагал: уведомясь, что вы находитесь в болезни, а нужда настоять будет флотилии быть в море, то не только командовать будет некому, но и в вооружении ея может последовать остановка, да и во время пребывания на берегу надо быть человеку… И для того сего апреля 5 дня коллегия определила командировать флота капитана бригадирского ранга и кавалера Круза.