Строительство их продвигалось достаточно успешно, но затем начались трудности: нехватка денег у конторы Таганрогского порта привела к задержке выплат вольнонаемным плотникам и кузнецам, которые сначала замедлили работы, а затем стали покидать строительство. Тем не менее, 10 августа 1788 г. оба фрегата были благополучно спущены на воду. Но вот работы по их достройке практически встали. Так, 29 сентября 1788 г. П.В. Пустошкин писал в Черноморское адмиралтейское правление, что недостаток денег привел к уходу в начале сентября более 200 плотников, а 9 сентября ушел еще 51 плотник и половина кузнецов. В результате, отмечал он, при нормальном финансировании оба фрегата были бы готовы уже в июне, а при существующей нехватке средств это недостижимо, и поздней осенью фрегаты нельзя будет отправить в Севастополь. По этой же причине до весны 1789 г. отложили спуск камелей. В результате оба фрегата только в 1789 г. были приведены в Таганрог, и затем, после вооружения и оснащения, они присоединились к флоту в Севастополе.
Что же касается дубель-шлюпок, которые повелевалось построить в Таганроге, то после доклада П.В. Пустошкина об отсутствии необходимых для этого лесов и невозможности закончить работы вовремя, 27 февраля 1788 г. последовал указ Черноморского адмиралтейского правления о покупке вместо них 20 больших казацких лодок и переделке оных, согласно присланному чертежу, для вооружения большими пушками. Однако отсутствие денежных средств у Конторы Таганрогского порта привело к покупке лишь одной лодки, переделке ее и вооружению одной 30-фунтовой пушкой, четырьмя 8- и четырьмя 4-фунтовыми пушками и двумя 3-фунтовыми фальконетами.
Между тем, постройкой двух упомянутых фрегатов работа Рогожской верфи не ограничилась. Дело в том, что после известия о сильных повреждениях и потерях Севастопольской эскадры во время ее похода к Варне в сентябре 1787 г. Екатерина II также предложила Г.А. Потемкину быстро усилить Черноморский флот, построив «дюжинку» фрегатов на Дону (то есть первой реакцией императрицы также было намерение воспользоваться донскими верфями). Получив согласие Г.А. Потемкина, Екатерина II приказала генерал-прокурору А.А. Вяземскому и генерал-интенданту Адмиралтейств-коллегий П.И. Пущину снестись со светлейшим князем для уточнения числа и ранга фрегатов, а 24 ноября 1787 г. последовал официальный указ в их адрес, с предписанием построить с подряда на Дону несколько фрегатов за счет их ведомств. Г.А. Потемкин счел необходимым построить таким способом 4 40-пушечных фрегата.
Сразу же возникла проблема с передачей подряда, так как желающих не нашлось. Однако в итоге за подряд взялся Ф. Фурсов. Для строительства он также выбрал Рогожскую верфь, и с 1788 г. на ней развернулось строительство четырех фрегатов по образцу уже строившихся Конторой Таганрогского порта. В 1788 г. здесь были заложены два 46-пушечных фрегата — «Царь Константин» и «Федор Стратилат», в 1789 г. — «Казанская Богородица», а в 1790 г. «Сошествие Святого Духа». Первый из них был спущен 27 июня 1789 г., второй — 9 апреля 1790 г., третий — 9 сентября 1790 г. и, наконец, последний — 18 июня 1791 г. «Царь Константин» и «Федор Стратилат» вошли в строй уже в 1790 г., «Сошествие Святого Духа» в 1791 г. (по окончании военных действий) и «Казанская Богородица» — только в 1792 г. Так завершился первый опыт строительства судов на донских верфях по подряду, и качество постройки оказалось очень высоким. Кроме того, на Рогожской верфи Фурсовым был построен 32-пушечный фрегат «Иоанн Златоуст», спущенный на воду 16 июля 1791 г., а также 3 бригантины («Таганрогская», «Алексей», «Лев»).
Достаточно активно работали во время войны и старые донские верфи: Новохоперская и Новопавловская. На первой в период 1788–1789 гг. были построены 6 дубель-шлюпок, 2 катера и 2 бомбардирских корабля (строились в 1788–1790 гг.), а на второй в 1788–1789 гг. — один бомбардирский корабль.
Здесь нужно отметить, что катера, заложенные в виде двухмачтовых бригов, уже по ходу строительства (в 1789 г.) добавлением третьей мачты были превращены в трехмачтовые фрегаты. После спуска на воду они получили названия «Сергий Чудотворец» и «Николай Чудотворец». Интересна и особенность дубель-шлюпок: они должны были иметь 2 мачты с тремя ярусами прямых парусов, то есть парусное вооружение наподобие бригов. Постоянные задержки с поставками необходимых припасов привели к тому, что эти фрегаты и дубель-шлюпки были спущены только в 1789 г. Но дальше возникли серьезные проблемы с проводкой их по мелководному Дону.
Бомбардирские корабли, построенные на Новохоперской верфи, получили названия «Сергий» и «Никон». Из-за проблем с проводкой по Хопру и Дону они только в 1791 г. были приведены в Таганрог. Что же касается бомбардирского корабля, построенного С.И. Афанасьевым на Новопавловской верфи, то он назывался «Новопавловск» и прибыл в Таганрог в 1790 г.