С учреждением же в 1783 г. Севастопольской базы и фактической ликвидацией Азовской флотилии, значение Таганрога как военно-морской базы постепенно сошло на нет, там продолжали базироваться только малые суда. С прекращением же судостроения на донских верфях в 1785 г. он утратил и роль центра достройки кораблей. Однако начавшаяся Русско-турецкая война 1787–1791 гг., возродившая судостроение на донских верфях, вернула Таганрогу функцию достроечного пункта. Вдобавок там во время войны подготавливались и крейсерские суда. Более того, в 1791–1793 гг. в Таганроге даже был построен 32-пушечный фрегат «Поспешный».
Поскольку деятельность Таганрога и донских верфей в годы Русско-турецкой войны 1787–1791 гг. практически не освещена, дадим ее краткую характеристику. 31 августа 1787 г. Севастопольская эскадра под командованием М.И. Войновича (3 линейных корабля и 7 фрегатов) вышла к Варне на поиски турок, но вместо встречи с неприятелем ей пришлось выдержать там сильнейший шторм. После него на базу не вернулись линейный корабль «Мария Магдалина» и фрегат «Крым». Остальные корабли и фрегаты пришли сильно потрепанными, и лишь фрегат «Легкий» сохранил все мачты. Ни в одном сражении корабли Черноморского флота не получали таких повреждений.
Павший на некоторое время духом Г.А. Потемкин под воздействием Екатерины II достаточно быстро пришел в себя и вновь развернул активную деятельность по восстановлению и усилению Черноморского флота. И донские верфи здесь очень пригодились.
Уже 28 сентября 1787 г. Н.С. Мордвинов предложил Г.А. Потемкину следующее: «по нынешним обстоятельствам должно возобновить верфи на Хопре… а в Таганроге построить можно несколько фрегатов. Сими способами можем вскоре соорудить новый флот, и ополчиться сильной рукой на неприятеля». В частности, Мордвинов предлагал построить на Гнилой Тоне 2 фрегата и 6 дубель-шлюпок, а на Новохоперской верфи 2 катера и также 6 дубель-шлюпок. Естественно, судостроение предполагалось проводить и в Херсоне, но пока главная тяжесть должна была лечь на донские верфи.
Потемкин одобрил предложение, и Н.С. Мордвинов 21 октября писал Черноморскому адмиралтейскому правлению:[284]
«Е. С. князь Григорий Александрович Потемкин-Таврический словесно приказать мне изволили: флот черноморский умножить, и для того возобновить верфи в Таганроге, на Хопре и польских дачах Его Светлости…». А на следующий день Н.С. Мордвинов уже писал командиру Таганрогского порта, капитану 1 ранга П.В. Пустошкину, сообщая о том, что он вскоре получит указ о постройке 40-пушечных фрегатов и дубель-шлюпок и для того должен не мешкая начать подготовку. При этом Мордвинов особенно подчеркивал следующее: «Правление приметило усердие ваше в скорой проводке фрегатов и известно о добром порядке, который восстановили вы в портах вам порученных, почему и впредь полагает на вас наивеличайшую надежду». Действительно важность донских верфей в сложившейся обстановке было сложно переоценить.Уже 4 ноября 1787 г. последовал указ Черноморского адмиралтейского правления о постройке на Гнилотонской верфи 2 40-пушечных фрегатов и 6 дубель-шлюпок из лесов, находившихся на Рогожской верфи. Кроме того, в ноябре же П.В. Пустошкину приказали возобновить судостроение и на Новохоперской верфи, построив там 2 катера (брига) и 6 дубель-шлюпок. Проанализировав ситуацию и лично осмотрев Рогожскую верфь, П.В. Пустошкин предложил строить фрегаты на ней, учитывая наличие поблизости лесов, практическую готовность 2 эллингов и возможность завершить необходимые постройки (в рапорте он подробно разбирает, что нужно отремонтировать, а что построить). Кроме того, П.В. Пустошкин указывал, что доставлять леса на Гнилую Тоню долго и дорого, а Рогожская верфь более удобна для строительства фрегатов, их достройки и перевода в Таганрог (не надо проводить Доном, что экономит время). Также в связи с тем, что на этих фрегатах планировалась 36-фунтовая артиллерия и, следовательно, их размеры должны были быть большими, чем у предыдущих фрегатов, П.В. Пустошкин предлагал построить 2 новые камели, также на Рогожской верфи.
Черноморское адмиралтейское правление утвердило все предложения. Таким образом, развитие донских верфей дошло до логического конца: обеспечивалась работа верфи в самой дельте Дона и устранялся такой сложный и долгий этап их постройки, как проводка по Дону.
23 декабря 1787 г. корабельным подмастерьем И. Дожниковым на Рогожской верфи были заложены 2 фрегата 40-пушечного ранга «Петр Апостол» и «Иоанн Богослов». Ими началась серия из 6 таких фрегатов, построенных на Рогожской верфи (по ходу дела они превратились в 46-пушечные фрегаты, а в 1788–1793 гг. даже числились в классе линейных кораблей). А 8 февраля 1788 г, на Рогожской верфи заложили 2 камели, предназначенные для перевода этих фрегатов через бар.