Несколько затянуло с принятием капитуляции разгромленных частей вермахта руководство союзных войск. Первоначально Верховное командование союзников, планируя мероприятия по оккупации Германии, приготовило ряд приказов, которые должны были быть вручены высшему командованию германской армии, флота и авиации во время капитуляции. Однако за несколько дней до капитуляции Германии обнаружилось, что штабы германской армии и воздушных сил либо лишены власти, либо перестали существовать. Поэтому Эйзенхауэр решил вручить немцам только ту часть приказов о капитуляции, которая относилась к морским силам. Затем он передал командующим группами армий задачу по изданию подробных приказов германскому командованию по вопросу о разоружении немецких войск. Адмирал Барроу во время подписания акта о капитуляции в Реймсе отдал адмиралу Г. Фридебургу подробные указания, касавшиеся германского флота, а генерал У. Смит дал краткий приказ А. Йодлю о том, чтобы местное германское армейское и авиационное командование на Западном фронте, в Норвегии, на Нормандских островах и в блокированных гарнизонах, которые еще, возможно, сохранились, было готово к получению подробных указаний от командования противостоящих им союзных войск.
Одним из главных средств обеспечения быстрой капитуляции и разоружения германских войск, несомненно, было установление твердого контроля над правительством адмирала Деница. Менее чем через семь часов после капитуляции в Реймсе представители Верховного командования встретились с германской делегацией в Реймсе и договорились об обмене группами связи между Верховным штабом и германским штабом во Фленсбурге. Представители Верховного командования приняли предложение Йодля снова объединить южный и северный отделы германского Верховного командования, которое было разъединено в конце апреля, и согласились разрешить элементам вермахта, заслуживающим доверия, на короткое время сохранить свое вооружение для поддержания порядка и охраны имущества.
Через четыре дня после капитуляции в Реймсе Эйзенхауэр приказал заместителю начальника оперативного управления Верховного штаба генерал-майору Руксу создать во Фленсбурге группу контроля, чтобы диктовать германскому Верховному командованию волю союзного Верховного командующего в областях и районах, оккупированных западными союзниками. Для осуществления своей миссии генерал Рукс должен был отдавать необходимые приказы, наблюдать за их прохождением через органы германского командования и собирать сведения о системе германского командования посредством сбора и охраны всей документации Верховного командования вооруженных сил Германии, находящейся во Фленсбурге. Советское командование было также информировано об этом приказе Эйзенхауэра и приглашено направить аналогичную группу в штаб Деница. Германскому главнокомандующему было приказано со своей стороны послать группу связи в Реймс и в советский штаб в Берлин. Такая немецкая группа связи во главе с генералом Фангором была назначена в Верховный штаб союзников, но ей нечего было делать, так как миссия генерала Рукса использовалась как главный канал связи.
Генерал Рукс действовал энергично, чтобы утвердить власть Верховного командования. В своей первой беседе с Деницем он приказал арестовать фельдмаршала Кейтеля и заменить его генералом Йодлем. Он разъяснил, что все последующие указания германским войскам должны отдаваться от имени Верховного командующего союзников и что он требует, чтобы группа контроля получила доступ во все служебные помещения и ко всем документам германского Верховного главнокомандования. Он заявил, что командующим группами армий передаются функции контроля в их зонах, а Верховное командование будет иметь дело с германским Верховным главнокомандованием только по общим вопросам, относящимся ко всем трем видам вооруженных сил и всем зонам союзников. Йодль заверил Рукса, что он примет меры к выполнению указаний Верховного командования в интересах установления порядка и спасения немецкого народа от катастрофы. Дениц же заявил, что германские вооруженные силы присягали лично ему и будут повиноваться его приказам. Он воспользовался возможностью, чтобы упомянуть о тяжелых проблемах, стоящих перед немецким народом, как-то: вопросы продовольствия, денежное обращение и топливо, и подчеркнул надобность в центральной власти в Германии для поддержания порядка. Генерал Рукс отверг это предложение и ясно заявил, что западные державы намерены действовать через оккупационные органы гражданского управления.