Национальные проекты Берии были краеугольным камнем затеянных им реформ, и они же, в первую очередь, привели к его падению. После падения Берии они были охарактеризованы как «буржуазное перерождение», «буржуазный национализм» и стремление «развалить СССР». Национальная программа Берии была изложена в его докладных записках о положении в Литве, Белоруссии и на Украине, по которым Президиум ЦК КПСС принял соответствующие постановления. Берия требовал большего представительства национальных кадров в органах МВД, а также в советских и партийных органах и большего учета национальных особенностей, в том числе посредством перевода делопроизводства и преподавания в республиках на национальные языки. Предполагалось учредить национальные ордена, национальные воинские формирования, увеличить экономическую и политическую самостоятельность республик, позволить им выходить на внешний рынок.
Генерал госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов вспоминал: «Я был среди тех, кому он поручил подготовить докладные записки с детальным перечнем и анализом ошибок, допущенных партийными организациями и органами госбезопасности в борьбе с националистическим подпольем в Литве и на Украине. Берия считал необходимым выдвигать местные кадры на руководящие посты, а на должности заместителей назначать людей славянских национальностей. В наших записках отмечались случаи ничем не оправданных депортаций и репрессий в отношении этнических групп, которые не занимались антисоветской деятельностью. Берия всячески настаивал на развитии национальных традиций».
Возьмем для примера одну из этих докладных записок – о положении Белоруссии и тесно связанные с ней объяснения по поводу своих взаимоотношений с Берией, данные Михаилом Васильевичем Зимяниным, всего двенадцать дней благодаря Лаврентию Павловичу пробывшему главой белорусских коммунистов. Похоже, что в Президиуме ЦК первоначально всерьез рассматривали возможность сделать Зимянина одним из соучастников Берии. Однако в ходе проверки выяснилось, что никаких близких отношений между Берией и Зимяниным действительно не было. Если Михаилу Васильевичу и пришлось в прошлом взаимодействовать с МГБ по делу П.В. Саевича, то чекистов в этой истории представлял Л.Ф. Цанава, который стал одним из злейших врагов Берии после прихода в МГБ Абакумова. После смерти Сталина Цанава был арестован по инициативе Берии как один из соучастников убийства С.М. Михоэлса. Было слишком очевидно, что Берия выбрал Зимянина на пост главы коммунистов Белоруссии только потому, что он был одним из немногих высших партийных функционеров, знающих белорусский язык. Лаврентий Павлович заботился только о том, чтобы Михаил Васильевич помнил, кому именно он обязан своим выдвижением, и потому дал ему не постановление Президиума ЦК, а записку за собственной подписью. В письме из тюрьмы Лаврентий Павлович честно признал это свое прегрешение. Требуя, чтобы партийные активы знакомили не только с постановлениями Президиума ЦК, но и с его докладными записками, Берия, очевидно, хотел добиться улучшения отношения к себе со стороны партийных кадров. Что же касается заговора, то Лаврентий Павлович никак не мог его планировать, хотя бы потому, что не располагал никакой поддержкой не только в армии, но даже и в МВД, где ему еще только предстояло расставить своих людей. Берия до ареста успел сменить лишь несколько министров внутренних дел в союзных республиках, причем не всегда – своими людьми, да привести несколько своих людей в центральный аппарат, где, однако, основная власть оставалась у первых заместителей министра И.А. Серова и С.Н. Круглова, которые в итоге выступили против Берии, встав на сторону Хрущева и Маленкова.