Посольство США в Гондурасе десятилетиями культивировало доверительные связи с руководством политических партий, влиятельными персонажами исполнительной и законодательной власти, Верховного суда, военными, что позволяло отслеживать и прогнозировать любые подвижки и нюансы в жизни страны. Правящая элита Гондураса соревновалась в демонстрации лояльности к империи, не забывая извлекать личную выгоду из национального уничижения. Во властных структурах в 2000-е годы на ключевые позиции пришли люди, которые в пору своей молодости сотрудничали с послом США Джоном Негропонте и его командой. В 1981–1985 годах Дж. Негропонте был фактическим «наместником» империи в Гондурасе, координатором антипартизанской войны, организатором «эскадронов смерти», которые занимались ликвидациями потенциальных врагов США в стране и регионе. По его инициативе была создана авиабаза Агуакате, которая использовалась для обучения никарагуанских контрас и персонала Батальона 3-16, подотчетного резидентуре ЦРУ. Этот батальон осуществлял репрессии против граждан, прибегал к практике физических ликвидаций: были убиты и пропали без вести не менее 200 человек.
Дж. Негропонте целенаправленной кадровой политикой, финансированием, поставками вооружений, идеологической установкой на «братское сотрудничество» добился практически полного подчинения Вооруженных сил Гондураса Пентагону и Южному командованию США. Эта страна стала стратегическим плацдармом для подавления освободительных движений в субрегионе. По этой причине в международном политическом словаре закрепилась формула «авианосец Гондурас».
Оказавшись в президентском кресле, М. Селайя обнаружил, что не обладает реальной властью. Представители ультраправых сил в штыки принимали те его решения, которые, по их мнению, свидетельствовали об усилении «популистских тенденций» в его внутренней и внешней политике. Даже в Либеральной партии, от которой был избран М. Селайя, образовалась оппозиционная группировка, поддерживавшая связь с сотрудниками политического отдела посольства США, то есть резидентуры ЦРУ. С самого начала президентского периода М. Селайя находился под неусыпным контролем, его решения, в том числе по кадровым вопросам, постоянно оспаривались и корректировались американцами. Как правило, послы США — вначале это был Чарлз Форд (Charles Ford), потом Уго Льоренс (Hugo Llorens) — «конфиденциально» сообщали ему, что такой-то кандидат на назначение «замечен» в связях с наркотрафиком или криминальными организациями, ненадежен и потому его назначение может скомпрометировать президента. Тут же предлагались другие кандидаты на пост, общей характеристикой которых была лояльность Соединенным Штатам. Если М. Селайя медлил с принятием решения, посольство по всем возможным каналам продвигало свою кандидатуру.
Компании США бесконтрольно хозяйничали в экономике одной из самых бедных стран Латинской Америки. Первая конфликтная ситуация М. Селайи с ними возникла из-за перебоев с поставками бензина и дизельного топлива в Гондурас. Местные посредники объясняли это тем, что американские поставщики не выполняют обязательств, они узурпировали торговлю нефтепродуктами и в погоне за прибылью манипулировали ценами, создавали искусственную нехватку энергоносителей. Ситуацией Рубикона стал ценовой произвол со стороны тех американских компаний, которые контролировали в Гондурасе сеть автозаправок. Череда забастовок и протестов потребителей, поставившая стабильность в стране на грань кризиса, заставила М. Селайю пойти на беспрецедентный шаг: введение «временного государственного контроля» над нефте- и бензохранилищами, принадлежавшими компаниям США и их партнерам. Для выхода из кризиса правительство дважды снижало цены на бензин, чтобы уменьшить стоимость пассажирских и грузовых перевозок и, соответственно, снизить цены на продукты питания, однако эти действия одобрялись далеко не всеми бизнесменами и транспортниками. Они обвиняли М. Селайю в том, что он «вмешивается в частный бизнес и нарушает принципы свободной торговли». Тем не менее благодаря принятым мерам проблему с поставками углеводородов удалось временно нормализовать.