В 1453 году православная Византийская империя прекратила свое существование — ее уничтожили турки. Патриарх превратился в пленника в своей бывшей стране. Город, давший наименование его титулу, стал называться иначе — Стамбулом. По сути, патриарх стал рабом мусульманина-султана, который завладел правом инвеституры и передачи патриарху инсигний его сана. Большинство православных храмов, в том числе знаменитый Софийский собор, более 900 лет являвшийся патриаршей кафедрой и главным храмом всего православного мира, было превращено в мечети. Фактически не стало и православных мирян, которые были истреблены завоевателями.
В Москве небезосновательно сложилось убеждение, что православная вера греков подверглась еще большим испытаниям, чем после подписания Флорентийской унии. Русским казалось, что в чистом виде она сохранилась только у них и с падением Константинополя столицей православия теперь должна стать Москва. Разумеется, ни о каком поставлении московских митрополитов в Стамбуле не могло быть и речи, так как в этом случае они получали бы свои полномочия из рук раба неверного султана.
С этого времени начался длительный период борьбы Москвы за учреждение собственного патриархата, растянувшийся более чем на столетие. Церковь — настолько традиционная и консервативная структура, что перемены в ней происходят чрезвычайно медленно, причем обязательно на законных канонических основаниях. При этом достичь независимости невозможно без согласия матери-церкви. Это только церковным неофитам кажется, что для этого достаточно монаршей воли или благословения другой церкви.
Если В. Ющенко был всерьез озабочен созданием украинской поместной церкви, независимой от Московского патриархата, то ему следовало обхаживать не патриарха Варфоломея, а патриарха Алексия, как это делал русский царь Федор Иоаннович. Из Москвы в Константинополь было подано прошение на патриаршество. После этого в Москву пригласили патриарха Иеремию, которого окружили таким вниманием, какого не оказывали ни одному православному патриарху. Разумеется, были богатые застолья и щедрые царские дары. Затем последовало заманчивое предложение: чтобы Иеремия, оставаясь Вселенским патриархом, одновременно стал бы и Московским. В конце концов после длительных переговоров, в том числе в царских палатах, Иеремия отказался от такого предложения, но дал свое согласие на учреждение Московской патриархии.
26 января 1589 года в Успенском соборе Кремля состоялся церковный акт поставления патриарха Московского. Из трех кандидатов (митрополит Иов, архиепископ Новгородский Александр и архиепископ Ростовский Варлаам) царь выбрал Иова. После этого его благословил патриарх Иеремия, произнесший: «
Торжественный акт поставления патриарх Иеремия затем подтвердил Уложенной грамотой, или Хрисовулом, которая была скреплена подписями Иеремии и Иова и их печатями, а также подписями всех митрополитов и епископов, присутствовавших на освящении.
Как видим, все канонические формальности при поставлении Московского патриарха были соблюдены. Можно, разумеется, утверждать, что патриарха Иеремию вынудили к этому. И это будет правдой. В одном из письменных свидетельств того времени говорится, что Иеремия «нехотя» рукоположил патриарха для России. Но ведь рукоположил и не отказался впоследствии от этого освящения. Более того, в 1590 году на Константинопольском православном соборе поставление Иова Московским патриархом получило подтверждение. Об этом свидетельствовала грамота, подписанная Константинопольским патриархом Иеремией, Антиохийским — Иоакимом, Иерусалимским — Сафронием, а также 42 митрополитами, 19 архиепископами и 20 епископами.
На грамоте не было только подписи патриарха Александрийского Мелетия, в связи с чем Константинопольский собор 1590 года не всеми признавался полным. Однако на аналогичном соборе, состоявшемся в 1593 году, Мелетий Александрийский не только согласился с учреждением Московской патриархии, но и обосновал это в 28-м правиле Халкидонского собора. За патриархом Московским Иовом признавалось пятое место среди патриарших кафедр, а российский царь номинально приравнивался к византийскому василевсу.
Так завершился длительный путь создания Московской патриархии, юрисдикция которой, однако, не распространялась на все восточнославянские земли. Вне ее влияния оставалась Киевская митрополия, власть над которой сохранял Константинопольский патриархат. Это продолжалось еще почти целое столетие. Положение изменилось только в 1686 году, когда, согласно «Вечному миру» с Польшей, Левобережная Украина с Киевом отошла к России. Разумеется, это не могло не отразиться и в церковных делах.