Переход Малороссии в 1654 году под «высокую руку» царя имел решающее значение для хода войны. С таким мощным союзником малороссам уже не угрожала полная или даже частичная реставрация польской власти. Зато на место противоречиям между польской шляхтой и абсолютным большинством народа пришли другие — между низшими слоями общества и новой казачьей элитой. Эту новую элиту, которая пришла на место польско-шляхетской, составили сам гетман и верные ему казацкие старшины. Сначала старшина требовала „послушенства" (выполнения натуральных повинностей) по отношению к православным монастырям от их бывших посполитых (крепостных). Затем начали предъявляться требования „послушенства" по отношению к старшине, но не персонально а „на ранг", то есть население должно было выполнять известные повинности по отношению к полковникам, сотникам, есаулам (пока они занимали эти должности, которые были выборными). Провести строгую грань между „послушенством на ранг” и „послушенством" чисто персональным было нелегко, и на этой почве сразу же начались злоупотребления. Сохранилось немало жалоб на то, что отдельные старшины „послушенство на ранг" превращают в „послушенство" персональное.
После изгнания польской администрации и шляхты под контролем казаков оказались огромные, достаточно населенные земли Малороссии и частично Белой Руси. Неизбежно перед Хмельницким встал вопрос: как этим всем управлять и из кого набирать администрацию? В результате вся подконтрольная гетману территория была разделена на административно-территориальные единицы, получившие название «полк», поскольку местные жители должны были содержать расквартированный тут казачий полк. Сами казаки жили на территории полка, многие имели свои хутора и даже имения и обязаны были выступить в поход по первому требованию. При необходимости полк мог пополняться за счет местного населения. Руководила и военным, и территориальным полками выборная «старшина» как, правило, состоявшая из числа старых казаков или шляхтичей. Полк состоял из «сотен», число которых колебалось в зависимости от численности жителей полковых земель. Как и в случае с полком, сотней называли и территорию и выставляемый с нее отряд. Как и полковники, сотники обладали всей полнотой военной и гражданской власти. Число полков в разное время колебались, но само полковое устройство просуществовало больше ста лет. Официально все это гетманское квази-государственное образование со столицей в Чигирине называлось Войско Запорожское, а неформально — Гетмащина.
Богдан предпринял немало усилий, чтобы сделать своих военачальников крупными землевладельцами. При этом Хмельницкий не забыл, естественно, и про себя. Присоединив к своему хутору Субботову владения польских магнатов Потоцких и Конецпольских, гетман стал одним из самых богатых людей своего времени.
Быстро ощутив себя хозяевами положения, казацкая старшина начала терзать казацкие низы и крестьян различными поборами, что не могло не привести к очередному росту оппозиционных настроений, которые особенно усилились в конце 1656 — начале 1657 гг. Центром антигетманской оппозиции стала тогда Запорожская Сечь. Мятежные запорожцы собирались организовать поход «на Чигирин, на гетмана, на писаря, на полковников и на всякую другую старшину.» Однако весной 1657 года войска Хмельницкого подавили и это восстание, казнив всех его руководителей. Это была последняя карательная акция гетмана Богдана Хмельницкого, так как через три месяца он скончался.
Освобождение Малороссии от поляков и присоединение к Московскому царству — это очень важные события, однако, не стоит забывать, что собятия на берегах Днепра были лишь частью огромной исторической драмы, развернувшейся на пространствах от Черного моря до Балтийского.
Как помнять читатели, Москва долго колебалась, нужно ли помогать восставшим казакам, и несколько лет ограничивалась лишь материальной помощью. Однако, когда стало ясно, что в одиночку Хмельницкий не справится, Земский Собор 1653 года принял решение о вступлении России в войну. На следующий год русская армия во главе с самим царем двинулась на запад.
Главный удар наносился по землям Великого княжества Литовского[93]
, а в Малороссию на помощь Хмельницкому отправлялся вспомогательный корпус — Севский разрядный[94] полк под командованием воеводы Андрея Бутурлина. Чтобы обезопаситься от татарской угрозы, вдоль южных границ страны был развернут Рыльский разрядный полк, который, в случае необходимости, мог действовать против Крыма или поддержать Бутурлина. Одновременно Хмельницкий послал на помощь царю три казацких полка (Нежинский, Черниговский и Стародубский) под командованием полковника Ивана Золоторенко.