Еще одно направление, на котором после развала Советского Союза развернулось наступление украинских националистов, — религиозное. Ведь пока большинство верующих на Украине принадлежат к православной церкви, высшим иерархом которой является Патриарх Московский и Всея Руси, связь Малороссии и Великороссии не разорвана до конца. Соответственно, враги общерусского единства пытаются создать собственную национальную церковь. По мнению националистов, сильная национальная украинская церковь будет иметь огромное значение в их вечной борьбе с Москвой. О необходимости иметь на Украине собственный патриархат говорил в свое время еще Симон Петлюра. В 1920 году в результате раскола Русской православной церкви была создана так называемая Украинская автокефальная православная церковь, которая действовала, в основном, на западноукраинских территориях, вошедших в состав Польши после советско-польской войны двадцатого года. Большая часть священников, оставшихся в СССР (как и священников русской православной церкви), была репрессирована в рамках борьбы с религией. После Великой Отечественной войны центр этой «церкви» оказался в США и Канаде, а остатки УАПЦ на Украине были незначительным раскольничьим объединением. Второе дыхание для УАПЦ открылось с ослаблением коммунистического режима. В начале 1989 года в Киеве был создан «Комитет по возрождению Украинской автокефальной православной церкви», а летом того же года во Львове появился первый приход УАПЦ. Автокефалы сразу же обратились за поддержкой к националистически настроенным депутатам и политическим деятелям и получили её.
А после 1991 года идея иметь в «самостийной и незалежной» Украинской державе столь же «самостийную и незалежную» церковь посетила и первого Президента Кравчука, в прошлом рьяного коммуниста. Вскоре он приступил к конкретным действиям. При его поддержке бывший киевский митрополит Филарет (Михаил Антонович Денисенко), лишенный сана за целый ряд нарушений, объявил себя главой новой независимой украинской православной церкви. Был выдвинут лозунг: «Украине — украинскую церковь», хотя Патриарх Московский и всея Руси Алексий Второй еще в октябре 1990 года предоставил украинской православной церкви самостоятельность в управлении. Тогда 27 октября 1990 года Архиерейский Собор Русской Православной Церкви ликвидировал украинский экзархат и на его основе создал самоуправляемую Украинскую Православную Церковь, имеющую широкую автономию. Тогда же Русская церковь отказалась от прав на собственность и имущество церкви на Украине. Правопреемницей была объявлена Украинская православная церковь (Московского патриархата).
Думаю, стоит сказать немного о личности самого украинского «патриарха». Долгие годы он являлся одним из влиятельнейших иерархов Русской православной церкви. С 1966 года он был архиепископом Киевским и Галицким, занимая при этом пост экзарха Украины и будучи постоянным членом Священного Синода. В 1990 году Филарет стал Киевским митрополитом. В советское время националисты обвиняли его в тесном сотрудничестве с КГБ и называли ставленником Москвы. В ответ Филарет весьма жестко проходился по националистам в своих выступлениях. Сами же православные упрекали митрополита в авторитаризме. Однако, когда в 1990 году скончался Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен, местоблюстителем Патриаршего Престола был избран именно Филарет. Он же вошел в число трех претендентов на место нового Патриарха. По привычке Филарет попытался договориться с властью о том, чтобы его кандидатура была поддержана. Об этом он говорил с представителями ЦК КПСС, но «на верху» было принято решение не вмешиваться во внутрицерковные дела.
По словам харьковского митрополита Никодима, «он (Филарет) пошёл накануне выборов к Лукьянову и говорит, что есть договорённость с ЦК, что именно он будет Патриархом. На что Лукьянов ответил: «Михаил Антонович, теперь мы вам не можем помочь: как решит Собор, так и будет».