Митрополит Полтавский и Кременчугский Феодосий: «Имя Филарета стало одиозным, для многих отвратительным, а его жизнь, поведение, аморальность бросали черную тень на всю Православную Церковь, вызвали негодование среди духовенства и верующих. Чтобы как-то выйти из этого непростого положения (ведь подобное выходит за рамки церковных канонов), на Архиерейском Соборе в Москве в 1992 году Филарету было предложено мирно пойти на пенсию, чтобы раскаиваться перед Богом в своих грехах. Перед святым Крестом и Евангелием Филарет тогда пообещал это сделать ради согласия и мира церковного. Это так было на Соборе в Москве. Возвратившись домой, в Киев, Филарет "забрал свои слова назад". Он разыграл комедию, сказав, что Москва хочет от него избавиться потому, что он добивается церковной автокефалии, желает добра Украине. Филарет набивал себе цену, лез в герои и великомученики. И на самом деле все было не так. Ему жаль стало прощаться с митрополитской властью. Он аж тридцать лет руководил Киевским Экзархатом и теперь уже не мог себя вообразить в роли простого смертного. На пенсию он, конечно, не пошел».
11 июня 1992 года Архиерейский Собор Русской православной церкви постановил: за жестокое и высокомерное отношение к подведомственному духовенству, диктат и шантаж, внесение своим поведением и личной жизнью соблазна в среду верующих, клятвопреступление, публичную клевету и хулу на Архиерейский Собор и учинение раскола в Церкви извергнуть митрополита Филарета (Денисенко) из сущего сана, лишив его всех степеней священства и всех прав, связанных с пребыванием в клире.
Филарет не подчинился решению Собора, назвав его неканоническим и незаконным. В ответ он и ряд руководителей уже упоминавшейся УАПТТ провели так называемый «Объединительный собор» и объявили об объединении Украинской православной церкви и Украинской Автокефальной православной церкви в единую структуру под названием «Украинская Православная Церковь Киевского Патриархата (УПЦ КП)». Её номинальным руководителем был провозглашен живший в Америке лидер УАПТТ 94-летний Мстислав Скрипник, ставший «патриархом» новообразованной «церкви», а Денисенко стал его заместителем. То, что Филарет уже не имел никакого права говорить от имени православной церкви, никого не волновало. По мнению раскольников, создание УПЦ КП позволяло говорить о создании единой украинской церкви, а УПЦ и УАПЦ с момента этого «объединения» для власти прекратили свое существование. Кстати, далеко не все деятели УАПТТ были согласны на объединение с Филаретом, и автокефальная церковь раскололась. Так что сейчас существует отдельная от УПЦ КП структура УАПТТ.
После «унии» с УАПЦ де-факто Филарет возглавил украинский церковный раскол, так как формальный «патриарх» Мстислав практически постоянно пребывал в США и в события на Украине не вмешивался. Между тем, раскольники не бездействовали. При попустительстве властей и активном содействии боевиков различных националистических организаций по всей Украине филаретовцы захватывали храмы и епархиальные управления. Восемнадцатого июня 1992 года сотня членов нацистской организации УНА-УНСО, вооруженных обрезками труб, монтировками и дубинками, по благословению Филарета начала штурм Киево-Печерской лавры. Дмитрий Корчинский, возглавлявший это нападение, в своей книге «Война в толпе» вспоминает: «…наибольшее количество парафий в Украине имела Российская Православная Церковь. Долгие годы здесь хозяйничал Митрополит Киевский и Галицкий Филарет. Он построил роскошную резиденцию на Пушкинской улице в Киеве и правил железной рукой, чем, безусловно, вызвал искреннюю. ненависть всего клира. В конце восьмидесятых он едва не стал Московским патриархом, но вместо него выбрали Алексия… Тогда Филарет понял, что спасение в сепаратизме. Его враги, а ими были все епископы, собрали Харьковский собор украинских парафий. Филарета лишили сана, а позже расстригли. Но он решил побороться. Он все еще удерживал за собою резиденцию и кафедральный Владимирский собор, когда решился обратиться ко мне. Я выставил охрану возле Собора, чтобы избежать его внезапного захвата врагами.