Журналист исчез 16 сентября 2000 года. В его убийстве обвиняли 3-х бывших сотрудников милицейской разведки: Валерия Костенко, Николая Протасова и Александра Поповича. Ещё один обвиняемый — бывший начальник Главного управления криминального поиска (далее — ГУКП) МВД генерал Алексей Пукач находился в розыске.
15 марта 2008 года Апелляционный суд Киева признал виновными 3-х бывших сотрудников МВД в совершении убийства Гонгадзе. Обвиняемому Протасову суд назначил наказание в виде 13 лет, а Поповичу и Костенко — по 12 лет лишения свободы.
Пукач, задержанный 21 июля 2009 года, признал свою причастность к убийству Гонгадзе и назвал имена заказчиков этого преступления.
29 января 2013 года судом Пукач был признан виновным в превышении власти или служебных полномочий, которое сопровождалось насилием, и умышленном убийстве при отягчающих обстоятельствах, совершенном группой лиц по предварительному сговору.
Его приговорили к пожизненному лишению свободы и конфискации принадлежащего ему имущества. С подсудимого было взыскано 500 тысяч грн. в пользу вдовы журналиста Мирославы Гонгадзе и ещё 100 тысяч грн. — в пользу журналиста Алексея Подольского (одного из потерпевших).
Если изучить имеющиеся материалы уголовного дела внимательно и непредвзято, то выясняется, что всё не так однозначно. Слишком противоречивы показания «убийц», связанные именно с событием самого убийства. Их психологические портреты, составленные по описаниям бывших коллег, никак не согласовываются с приписанными им деяниями.
То как описывается убийство Гонгадзе «подельниками» Пукача, у людей, знавших генерала и «убийц», вызывает недоумение и смех. По их словам, описание убийства, больше похоже на сценарий для американского триллера, чем на реальную картину убийства совершенного по заказу.
Оказалось, что в общей сложности за журналистом следили 35 милиционеров. А они настоящие профессионалы, отслужившие в милиции и непосредственно в разведке не один год.
Сотрудники ГУКП начали следить за Гонгадзе ещё в июне 2000 года. 14 июля журналист написал об этом открытое письмо на имя Генерального прокурора, и слежка на время прекратилась.
Однако 15 сентября 2000 года начальник ГУКП Пукач сказал нескольким сотрудникам о намечающейся операции по слежке, захвату и доставке в милицию некоего лица, имеющего отношение к нескольким преступлениям. Тот, кто был в курсе, понял, что речь идёт о возобновлении слежки за Гонгадзе.
Интересно, что сотрудники, выступающие в роли обвиняемых по делу об убийстве журналиста, признают, что действовали лишь по устной инструкции шефа, то есть в нарушение закона. Но, по их словам, для них было достаточно и устного приказа — они давно знали шефа и привыкли доверять ему.
До начала 2000 года Пукач был начальником «наружки» ГУ МВД г. Киева, затем его перевели в министерство. Естественно, что своих людей, в число которых вошли и наши фигуранты, он забрал с собой.
Предварительной слежкой уже было установлено, что ближе к концу дня журналист обычно выходил из редакции газеты «Украинской правды», расположенной на улице Владимирской, вместе с главным редактором Алёной Притулой. Проводив коллегу до дома, расположенного на бульваре Леси Украинки, Георгий на такси отправился к себе на Красноармейскую.
Пукач рассказал подчинённым о разработанном им плане захвата. По словам обвиняемых, план был таков. В ожидании журналиста личный водитель шефа разведки Александр Попович на служебном автомобиле «Хюндай-Соната» должен был занять позицию в 100 метрах от дома.
Начальник отделения «наружки» Валерий Костенко и начальник дежурной части Николай Протасов, по такому случаю отозванный из отпуска, прогуливаются рядом с аркой дома № 7. Увидев журналиста, наблюдатели должны были сделать знак Поповичу, который под видом таксиста подаст «объекту» машину.
Однако вечером 15 сентября операция сорвалась. Костенко, не зная журналиста в лицо, упустил его. Георгий вышел на бульвар и спокойно уехал домой на другой машине. Обвиняемые рассказывают, что Пукач был страшно раздосадован провалом.
На следующее утро, 16 сентября, он собрал участников операции и дал понять, что захват журналиста для него очень важен и невыполнение этого приказа исключается.
Поинтересовавшись, какие автомобильные номера есть для «прикрытия», шеф получил ответ, что «только из гаража управления криминального поиска», и распорядился достать другие. Принесли… немецкие транзитные.
В течение дня «наружка» вела слежку за журналистом. Не остались без внимания его «поход» к американскому посольству на улице Мельникова и покупка арбузов во время обеденного перерыва. Около 5 вечера Гонгадзе вместе с Притулой, выйдя из редакции, направились в ресторан «Тадж».
Поужинав, зашли в магазин, а потом, около 9 вечера, — в подъезд дома № 7 по бульвару Леси Украинки. К тому времени Костенко, с утра наблюдавший за домом Притулы, провёл на пятачке возле арки 10 часов.