Главными задачами, поставленными немцами перед УПА, были разведка и проведение диверсий на железных дорогах и автомагистралях. И действительно, немцам удалось подорвать несколько советских железнодорожных эшелонов, что немного, но тормозило наступление Красной армии.
Первые бои между частями Красной армии и УПА произошли зимой 1944 года в тылу 1-го Украинского фронта. Боевики Украинской повстанческой армии устраивали засады на малочисленные группы военнослужащих, обстреливали отдельные машины на дорогах, нападали на тыловые части. В ответ во внутренних войсках НКВД были созданы мобильные отряды для проведения антибандеровских операций, которые начали зачищать прифронтовую полосу от бандеровских групп.
29 февраля 1944 года стал звездным днем для УПА. В их засаду у села Милятин недалеко от Ровно попала машина с командующим 1-м Украинским фронтом, генералом армии Николаем Ватутиным. Командующий получил рану и, несмотря на старания врачей, 15 апреля скончался в киевском госпитале. Так погиб талантливый генерал, только что отличившийся при освобождении Киева, а бандеровцы этим убийством подписали себе смертный приговор, ведь смерть командующего фронтом была воспринята как пощечина всеми советскими спецслужбами. Срочно на Украину отправились сотрудники НКВД и НКГБ во главе с заместителями наркома внутренних дел С.Н. Кругловым и Н.А. Серовым. Следом в регион были переброшены крупные подразделения войск НКВД, получившие задание очистить землю от оуновцев. И началась бойня. Уже к 7 апреля 1944 года сотрудники НКВД провели 109 операций, во время которых были убиты 2600 бандеровцев и еще больше 3 тыс. захвачены живыми. Кроме того, на учет были взяты семьи известных активистов, которых планировалось выселить в восточные районы СССР.
Этот удар позволил немного нормализовать ситуацию в Западной Украине и начать установление Советской власти. Одним из первых мероприятий была мобилизация мужчин призывного возраста в армию. Это, во-первых, было необходимо для фронта, а во-вторых, разрушало базу националистов, вымывая их человеческий ресурс. Поэтому оуновцы попытались сорвать призывную кампанию, нападая на военкоматы и уводя мужское население сел в леса. Но и советские органы безопасности не дремали. Разведка доложила, что в лесном массиве на Кременецкой возвышенности сосредоточилось до пяти батальонов (куреней) УПА. И 21 апреля войска НКВД при поддержке армейских подразделений атаковали бандеровцев. За неделю группировка УПА была полностью разгромлена. Погибли больше 2 тыс. националистов, еще 1,5 тыс. сдались в плен. Победителям достались солидные трофеи, среди которых были пушки, минометы и даже самолет «У-2».
В это же время армейская контрразведка СМЕРШ провела несколько своих операций, которые также завершились успехом. Всего же за первое полугодие 1944 года в боях УПА потеряла убитыми больше 16 тыс. человек, примерно столько же попало в плен, и 2,5 тыс. человек явились с повинной. При этом советские потери составили меньше 700 человек. Такое соотношение потерь закономерно. В прямом бою отряды УПА, состоявшие в основном из вчерашних крестьян, были обречены на гибель, так как против них воевали профессионалы из войск НКВД. Лучше вооруженные и подготовленные чекисты выигрывали практически каждое боестолкновение. К тому же большая мобильность советских сил позволяла в каждой конкретной операции добиваться существенного превосходства в численности, хотя большая часть привлеченных к операции солдат непосредственно в боях не участвовала, стоя в оцеплении района проведения операции или участвуя в прочесывании лесных массивов. Непосредственно в бою участвовали подразделения НКВД численностью до батальона.
К лету на освобожденной от немцев территории с бандеровцами как реальной силой было покончено. Однако фронт двигался на запад и в советском тылу оказывались новые земли, на которых были мощные подпольные структуры ОУН и УПА. Новые отряды упа вступали в боевые действия, и из-за этого борьба не прекращалась.
Летом 1944 года противостояние с бандеровцами достигло апогея, так как в результате Львовско-Сандомирской операции Красная армия освободила от немцев Западную Украину. При этом в районе Броды в окружение попала и была уничтожена немецкая группировка из восьми дивизий, в том числе и 14-я гренадерская дивизия СС «Галичина». К концу июля 1944 года советские войска при поддержке польских партизан взяли города Львов, Перемышль и Станислав (Ивано-Франковск).
В следующем месяце войска НКВД вели почти непрерывные бои с оставшимися на советской территории частями УПА. Самыми масштабными были бои в Карувском лесу Львовской области, где был уничтожен полуторатысячный отряд бандеровцев, и в урочище «Черный лес» Станиславской области, где была разбита националистическая группа «Чарнота» численностью в восемь сотен штыков.