Решения, принятые уже в постсоветское время как российскими законодателями, так и самим севастопольским населением могли быть также рассмотрены в канве аргументов о российском суверенитете над Севастополем. Состоявшийся в декабре 1992 года VII Съезд народных депутатов Российской Федерации поручил Верховному Совету специально рассмотреть вопрос о статусе Севастополя. Постановление Верховного Совета РФ подтверждало российский федеральный статус города в границах городского округа на декабрь 1991 года. Правительству Российской Федерации предписывалось разработать в кратчайший срок государственную программу обеспечения статуса Севастополя в составе РФ.
На основании проведенного опроса населения Севастопольский городской Совет народных депутатов в 1994 году вынес решение, утверждавшее российский правовой статус Севастополя. Положительный ответ о российской юрисдикции над Севастополем дало 89 % опрошенных. Каких-либо решений или волеизъявлений населения, дезавуирующих постановление 1994 года, в Севастополе после этого не принималось.
В 1995 году Государственная Дума РФ приняла постановление об обращении в Конституционный Суд для получения заключения о соответствии Постановления Президиума Верховного Совета РСФСР 1948 года Конституции Российской Федерации. Позиция Государственной Думы состояла в утверждении их непротиворечивости.
В 1996 году в связи с принятием Государственной Думой Федерального закона «О прекращении раздела Черноморского флота», поддержанного Советом Федерации, было представлено обращение к парламенту Украины, в котором заявлялось о российском статусе Севастополя. На уровне Совета Федерации по инициативе Ю.М. Лужкова было принято постановление о создании комиссии «по подготовке вопроса о правовом статусе города Севастополя».
Однако действия российских законодательных органов в 1990-е годы блокировались позицией МИД РФ. Его руководство придерживалось позиции о необходимости уступки Украине, признанию украинской принадлежности Севастополя. Эта позиция была публично озвучена следующим образом: «Ссылки на указы 40-х годов… не имеют под собой никакого правового основания….Наша задача — не заниматься казуистикой и не вынимать документы 40-х, 50-х годов». Заключенный в 1997 году российско-украинский договор «О дружбе, сотрудничестве и партнерстве» заявлял о нерушимости существующих между Россией и Украиной границ. Подразумевалось, что Россия отказывается от претензий на Севастополь. Но то обстоятельство, что этот отказ не был непосредственно оговорен в предмете договора, оставлял российской стороне основания для оспаривания украинской юрисдикции. Отсутствовал соответствующий отказ от российской юрисдикции и в договоре 2010 года.
Запад в дискуссии по Севастополю поддерживал украинскую сторону. Еще в 1993 году в ответ на запрос Украины Совет Безопасности ООН осудил попытки Верховного Совета России обосновать российскую принадлежность Севастополя. Украина, оспаривая решение о вхождении Крыма и Севастополя в состав России, выступила с воззванием к государствам — гарантам Будапештского меморандума, состоявшего в отказе от ядерного оружия под гарантии неприкосновенности существующих границ Украины. Действительно, Будапештский меморандум предоставлял такие гарантии со стороны США, Великобритании и России. Однако в пункте 2 содержалась оговорка о возможности применения силы против Украины «в целях самообороны или каким-либо иным образом в соответствии с Уставом Организации Объединенных Наций». Нападение на российскую военную базу, а также на российских граждан предоставляет России такое право вмешательства.
Эскалация политического кризиса на Украине в конце 2013 — начале 2014 года вновь поставила вопрос о государственной принадлежности Крыма. Процесс был инициирован с двух сторон: во-первых, вновь активизировались пророссийские настроения большинства крымчан; во-вторых, новая политическая элита Украины в националистическом угаре начала очередной виток русофобской политики. Это выразилось, в частности, в лишении русского языка статуса государственного. Данное решение предопределило последующие события на территории Крыма. Кроме того, в условиях политической нестабильности националистические активисты крымских татар провозглашали открыто русофобские лозунги и угрожали русскому населению Крыма физической расправой. Группы националистов с Украины собирали силы для вторжения на полуостров, что было предотвращено лишь своевременным сбором крымского народного ополчения и выставлением блок-постов. Обсуждалась перспектива превращения Крыма в «непотопляемый авианосец» НАТО.