Структура Коммунистической академии несколько раз менялась, и к 1928 - 1930 годам вместо прежних секций были созданы институты истории, философии, экономики, а также литературы, искусства и языка и несколько научных обществ. В эти годы на Волхонке в главном доме помещались: президиум Коммунистической академии, ее хозяйственный и финансовый отделы, институты: аграрный, философии, истории, мирового хозяйства и мировой политики (директором был известный ученый академик Е. С. Варга), Институт по изучению высшей нервной деятельности (Институт мозга), которым с момента основания в 1918 году руководил В. М. Бехтерев. Но в здании на Волхонке он проработал очень недолго - 28 декабря 1927 года скончался. В некрологе А. В. Луначарский писал: «Он меня поразил прежде всего своей степенной красотой… К Советской власти Бехтерев сразу отнесся с той же степенностью и спокойствием… Бехтерев был прозорливым и, приехавши ко мне, с первых же слов сказал: «Считая, что Россия надолго, а может быть, и навсегда получает новый облик, хочу в этой новой России обеспечить продолжение развития той области, которой я отдал свою жизнь». Область, которой Бехтерев отдал свою жизнь, - это как раз работа над мозгом».
Здесь же, на Волхонке, находились секции: естественных и точных наук, кооперативная, теории и практики международного женского движения, по изучению проблем войны, экономическая. С секциями соседствовали общества: историков-марксистов, врачей-материалистов; в здании Коммунистической академии проходили заседания Общества статистиков-марксистов и Общества биологов-материалистов, состоящих также при академии. Наконец, на Волхонке, 14, находились издательство Комакадемии, редакции журналов «Историк-марксист», «Вестник Коммунистической академии» (в редколлегии М. Н. Покровский, О. Ю. Шмидт и др.), «На аграрном фронте», «Мировое хозяйство и мировая политика». В левом флигеле было общежитие аспирантов академии.
В 1936 году Коммунистическая академия была упразднена. К этому времени активизировалась и получила широкое развитие работа Академии наук СССР и параллельное существование двух академий (Комакадемия включала 21 институт) было признано нецелесообразным. Институты Коммунистической академии перевели в систему Академии наук. Часть из них осталась в доме № 14 на Волхонке. Так, с 1936 по 1960 год здесь работал созданный на основе Института истории Коммунистической академии и Историко-архео-графического института АН СССР Институт истории АН СССР. За эти годы его деятельность связана с именами таких выдающихся ученых, как Е. В. Тарле, Б. Д. Греков, С. Б. Веселовский, В. П. Волгин, Ю. В. Готье, Е. А. Космин-ский, Н. М. Лукин, А. М. Панкратова, С. Д. Сказкин, М. Н. Тихомиров, В. М. Хвостов, С. В. Бахрушин, С. К. Богоявленский.
С 1937 по 1953 год бессменным директором Института истории был выдающийся деятель советской науки академик Борис Дмитриевич Греков. В эти годы его наиболее плодотворной научной деятельности Б. Д. Грековым написаны самые крупные работы, из которых «Киевская Русь» по сей день является капитальнейшим трудом. Одновременно в 1946 - 1951 годах Б. Д. Греков был директором созданного в 1946 году Института славяноведения АН СССР (с 1968 г. Институт славяноведения и балканистики), находившегося тоже в доме № 14 на Волхонке. И там же помещался Институт истории материальной культуры АН СССР, директором которого в 1944 - 1946 годах тоже был Б. Д. Греков; в 1947 году на этом посту его сменил член-корреспондент АН СССР А. Д. Удальцов.
В память о работе Б. Д. Грекова в академических институтах на здании, где они помещались, установлена мемориальная доска.
Вторая мемориальная доска сообщает о том, что в этом доме с 1930 по 1969 год работал видный общественный и политический деятель, ученый-экономист, академик Константин Васильевич Островитянов. С 1947 по 1953 год он был директором Института экономики, образованного в июне 1930 года на базе экономической секции Коммунистической академии и Института экономики РАНИОН (Российская ассоциация научно-исследовательских институтов общественных наук) и вошедшего в 1936 году в состав АН СССР. С этого же года и по 1983 год (когда он переехал в новое здание на улицу Красикова, 27) институт помещался на Волхонке, 14. Основной задачей этого научно-исследовательского учреждения с самого начала было превращение его в научный центр марксистско-ленинской экономической мысли в стране.
Институт принимал активное участие в разработке пятилетних планов экономического и социального развития страны и других важнейших документов. За достижения в развитии экономической науки и подготовку научных кадров в связи с 50-летием института Президиум Верховного Совета СССР наградил его в 1980 году орденом Трудового Красного Знамени. Здесь работали и работают видные советские экономисты - академик Т. С. Хачатуров, член-корреспондент АН СССР Л. М. Гатовский и другие.