Два войска стояли на разных берегах Аму-Дарьи целых три месяца. Небольшие отряды Абдал-Лятифа не без успеха переправлялись через реку и нападали на войско Улугбека. Улугбек был при войске. В Самарканде оставался Абдал-Азиз. Но беспутный Абдал-Азиз был несправедливым и неосторожным правителем. В Самарканде вспыхнуло возмущение. Улугбек увёл свое войско с берегов Аму-Дарьи и подавил это возмущение. Абдал-Лятиф тем временем переправился через Аму-Дарью, занял Термез, Шахризябс и двинулся на Самарканд.
Улугбек, захватив с собою непутёвого Абдал-Азиза, выступил против мятежного сына.
В окрестностях Самарканда (у кишлака Демишке) войско Улугбека было разбито. Он бежал с Абдал-Азизом к столице. Но наместник Улугбека, уверенный в победе Абдал-Лятифа, не впустил государя в крепость. Улугбек и Абдал-Азиз поскакали на север. Но и там Улугбеку и его сыну отказали в помощи и даже пытались схватить их и выдать Абдал-Лятифу.
Тогда Улугбек принял решение: добровольно отдаться в руки сына-победителя.
Улугбек рассчитывал на позволение остаться в Самарканде и посвятить остаток дней занятиям в обсерватории. Звёздные таблицы были только что закончены. Но так много ещё предстояло сделать астрономам.
Улугбек предстал перед Абдал-Лятифом. Сын-победитель обвинял Улугбека в ряде несправедливостей и жестокостей. Улугбек мечтал о продолжении своих научных занятий, но ему было предложено совершить хадж, т. е. паломничество в священный для мусульман город Мекку.
Улугбек должен был подчиниться решению Абдал-Лятифа.
Сопровождать Улугбека назначен был бывавший в Мекке хаджи Мухаммед Хусрой. Улугбек поспешно собрался в путь и дня через три после первой встречи с сыном выехал в Мекку.
Улугбек мог надеяться, что, совершив хадж, он возвратится в Самарканд и вместе с верным Али-Кушчи целиком посвятит остаток своей жизни изучению тайн Вселенной.
Он и не подозревал, что ещё накануне в Самарканде состоялся тайный суд над ним и шейхи выдали разрешительную фетву на лишение жизни Улугбека, отступившего от строгих правил ислама. Эту разрешительную «фетву на убийство» низложенного правителя передали в руки Аббасу из рода сулдузов.
В одном из ближайших кишлаков путников нагнал гонец и объявил Улугбеку:
«Именем нового хана повелевается тебе, мирза Улугбек, остановить своего коня. Не подобает тебе, внуку Тимура, совершать хадж в таком скромном окружении. Ты не тронешься дальше, покуда не закончатся приготовления к твоему далёкому путешествию. Твоё путешествие должно вызвать одобрение всех таджиков и тюрков».
Улугбеку оставалось одно: не противиться воле нового хана.
Вскоре прискакал Аббас, который просил, как милости, поручить ему обязанности палача.
Никто из сопровождавших нукеров не вступился за своего бывшего повелителя. Когда великого звездочёта связали и повели на двор, Улугбек поднял глаза к небу.
Аббас взмахнул мечом и с силою опустил его. Тело Улугбека скатилось в арык.
Хаджи Мухаммеду и нукерам Улугбека приказано было возвратиться в столицу.
Это произошло 27 октября 1449 года (десятого рамазана 853 года гиджры).
Так сошел в могилу один из выдающихся тимуридов, блестящий представитель средневековой культуры Средней Азии.
Его научная деятельность не должна, однако, заслонять от нас образ характерного представителя феодальной эпохи со всеми его слабостями. Типичный сын своего времени, Улугбек своеобразно сочетал занятия наукой с обычным времяпрепровождением средневекового властителя — разгульными пирами, охотой, участием в междоусобных распрях, которыми была так изобильна эпоха, в которую он жил. Не чужд он был и корыстолюбия. В этом отношении Улугбек мало чем отличался от своих современников, выходцев из среды чагатайской знати — аристократической верхушки господствующего класса феодального Маверранахра.
Абдал-Лятиф лишь на полгода пережил своего отца. Он был убит весной 1450 года.
После смерти Абдал-Лятифа тело Улугбека с почестями было перенесено в мавзолей Гур-Эмир. Там, рядом с могилами его деда Тимура и отца Шахруха, находится и доныне могила Улугбека, эмира-учёного. Слова надписи на сером надгробии до сих пор проклинают Абдал-Лятифа, отцеубийцу.
Имело ли место в прошлом злодейское убийство учёного-астронома, сына Шахруха, внука Тимура? Быть может, всё это выдумано и принято на веру историками, писавшими о событиях, происходивших задолго до того, как они взялись за свой труд?
Советские учёные накануне войны решили проверить свидетельства древних историков и мемуаристов об обстоятельствах смерти Улугбека. Была образована особая комиссия Академии наук Узбекской ССР. В присутствии комиссии в мавзолее Гур-Эмир были вскрыты гробницы Тимура, его сына Шахруха и внука Улугбека.
Вот как описывает момент вскрытия гробницы Улугбека корреспондент газеты «Известия»:
«В напряжённой тишине склепа медленно отделяется от земли огромная надгробная плита. Показались края каменного гроба. Проходят минуты, и открывается большой каменный саркофаг из светлосерого мрамора. На дне его покоятся останки великого учёного.