И Соединенные Штаты и СССР были уязвимы в другой области, где инопланетяне вели себя агрессивно по отношению к нашим военнослужащим: в наших программах исследования космоса. С самого начала наших усилий по отправке спутников на орбиту, инопланетяне следили и затем активно вмешивались в полеты наших ракет-носителей, а в некоторых случаях и в сами перевозимые грузы, нападая на их, нарушая радиообмен, вызывая электрические неполадки в системах космических кораблей или вызывая механические сбои. Американские астронавты и советские космонавты по-отдельности сообщали о наблюдениях НЛО так часто, что это стало банальным явлением. Однако, аудио/видео обмен информацией из космоса между космическими капсулами и НАСА, производится посредством секретного зашифрованного сигнала так, чтобы сообщения о помехах космическому кораблю не могло быть подслушанным частными слушателями на НЛО. И даже в этом случае, астронавтам определенно приказано не сообщать о наблюдениях НЛО до своего приземления.
Например, астронавт Гордон Купер, сообщил, что будучи летчиком-истребителем в Германии в 1950-х годах, он был поднят по тревоге вместе с другими пилотами реактивных истребителей "Сейбр" на перехват группы пролетающих над его базой НЛО, но когда его группа истребителей слишком приблизились, группа НЛО улетела. Купер также описал фильм о приземлении НЛО, который он смотрел на Авиационной базе ВВС Эдвардс в Калифорнии в 1957 году. Он сказал, что отправил этот фильм в Вашингтон и расследовал его вместе с офицерами проекта "Синяя Книге", но они не ответили на его вопросы.
Точно так же, пилот "X-15" Джо Уокер рассказал, что в 1961 году его заданием, помимо достижения нового мирового рекорда скорости в воздухе, была также охота на НЛО во время своих полетов на высоте. Он также рассказал, что год спустя в 1962 году во время полета на "X-15", он снял НЛО на пленку. Сохранились и другие доклады астронавтов миссии "Меркурий 7", за которыминаблюдали НЛО, о том, как Нил Армстронг видел инопланетную базу на Луне во время облета и посадки миссии "Аполлон 11". НАСА конечно же, ни в чем не признавалось и, что очень правильно, считало это наиважнейшим вопросом национальной безопасности.
Внеземное присутствие на Луне, было ли это правдой или нет в 1950-х годах, было такой проблемой такой военной важности, что ее собирались сделать предметом для дебатов в Совете национальной безопасности, пока адмирал Хилленкоттер и генералы Твининг и Вандерберг не забрали все это к себе в рабочую группу под гриф совершенной секретности. Формально, эта проблема никогда не доходила до Совета национальной безопасности, хотя ВоенУИР под командованием генерала Трюдо в 1958 году быстро представил предварительные планы "Горизонта", проекта строительства лунной базы, разработанного для возможности предоставления Соединенным Штатам военного присутствия для наблюдения за лунной поверхностью. Начатый в конце 1950-х годов и планируемый к завершению в период между 1965 и 1967 годами, "Горизонт" предполагал строительство на Луне защитных укреплений от попыток Советов использовать ее в качестве своей военной базы, первоначально планировалось строительство систем наблюдения и дальнего обнаружения ракетного удара Советов, а самое главное, наблюдения и защиты от НЛО. Откровенно говоря, это был план по организации линии обороны в космосе, чтобы защитить Землю от внезапного нападения. Но реализация "Горизонта" была отложена, когда принятый закон "О национальной аэронавтике и исследованию космического пространства" передал бразды правления гражданской НАСА, эффективно устранив военные подразделения от преследования их проектов и намного позе в 1970-х годах.