Именно эту программу имел в виду Грант, когда в своей инаугурационной речи в 1869 году объявил, что целью для индейцев является "их цивилизация и окончательное гражданство". Как и освобожденные люди, они должны были влиться в однородное гражданство, которое было республиканским идеалом. Но если вольноотпущенники сталкивались с внеправовым принуждением и насилием, чтобы помешать им обзавестись домами, то индейцы должны были столкнуться с правовым принуждением и, если потребуется, с насилием, чтобы заставить их обзавестись надлежащими домами. Чтобы продвигать свою политику, Грант организовал Совет комиссаров по делам индейцев, состоящий из протестантских филантропов, и предоставил им совместный с министром внутренних дел контроль над деньгами, которые Конгресс выделял на дела индейцев. Комиссары рекомендовали отказаться от системы договоров. Существующие договоры должны были соблюдаться, хотя по возможности их следовало отменять с согласия индейцев. Индейцы должны были переселиться в резервации, которые должны были быть разделены поровну. Индейцы должны выучить английский язык и стать христианами, поскольку "религия нашего благословенного Спасителя считается наиболее эффективным средством для цивилизации любого народа". Пока они не станут христианскими, самообеспечивающимися американскими гражданами, индейцы будут оставаться подопечными правительства.34
Формулируя свою индейскую политику, Грант стремился найти хрупкий баланс между христианскими реформаторами, чьей поддержки он добивался, и армейскими офицерами, которые, по его мнению, лучше всего могли управлять индейскими резервациями. Комиссаром по делам индейцев Грант назначил своего старого адъютанта Эли Паркера, индейца племени сенека. Паркер в конечном итоге был военным. Только солдаты, считал он, "когда дают обещание, выполняют его, а когда угрожают, приводят его в исполнение". Он считал, что индейцы не уважают гражданских индейских агентов, потому что "они не сдерживают своих обещаний и не выполняют угроз".35
Паркеру с его военными предпочтениями пришлось бы работать с новым советом индейских комиссаров, который не доверял военным. Христианские реформаторы и армия были согласны с тем, что, по словам "Army and Navy Journal", индейское ведомство имело "непрерывный послужной список резни и мошенничества", но в вопросе реформ они занимали противоположные позиции. Военные считали себя естественными опекунами индейцев и обладали административным потенциалом и способностью к принуждению, которые отсутствовали в других правительственных структурах. Генерал Шерман утверждал, что только передача ответственности за индейцев Военному министерству, а не Министерству внутренних дел, решит "индейскую проблему". Шерман считал: "Работать своими руками или даже оставаться на одном месте противоречит всей наследственной гордости индейцев, и для достижения результата необходимо применить силу". Надлежащие дома можно было создать только с помощью принуждения. Спор о передаче индейцев военному министерству продлится до 1870-х годов.36
Армия сама саботировала конечную цель - включить Управление по делам индейцев в состав Военного министерства и делегировать из армии офицеров для обслуживания индейских резерваций. 23 января 1870 года армейский отряд под командованием полковника Юджина М. Бейкера убил 173 члена группы индейцев пиеган из племени Тяжелого Бегуна - в основном женщин, стариков и детей, - которые стояли лагерем на реке Мариас в Монтане. Бейкер искал пиганских налетчиков, но нашел не ту группу: деревню, полную больных и умирающих от оспы людей. Хотя его предупредили, что это не та группа, он все равно напал, устроив то, что реформаторы осудили как "отвратительную бойню". Шеридан сделал еще хуже. Он защищал Бейкера, вызывая в воображении картины всеобщего убийства и изнасилования - по сути, представляя индейцев как кровавых дикарей, угрожающих белому дому и белой женщине. Никто не представил никаких доказательств того, что кто-то из членов группы Тяжелого Бегуна кого-то убил или изнасиловал.37