21 ноября Верховный суд Флориды вмешался в ситуацию в пользу Гора, единогласно одобрив ручной пересчет голосов в четырех округах и продлив до 26 ноября (или 27 ноября, если на то будет разрешение госсекретаря Флориды Кэтрин Харрис) срок его завершения. Разъяренные сторонники Буша немедленно отреагировали, обвинив судей-демократов Флориды, которых в суде, очевидно, большинство, в попытке "украсть" выборы. Подобные ручные пересчеты, настаивали члены партии, были бы "произвольными, нестандартными и избирательными". В условиях бурных споров, разгоревшихся между адвокатами и партийными лидерами, нависшими над измученными сотрудниками пересчета голосов, 22 ноября республиканцы подали в Верховный суд США записку с просьбой рассмотреть этот вопрос. Суд быстро согласился и назначил 1 декабря датой устных аргументов.
Как жаловались демократы, обращение команды Буша в Верховный суд было идеологически непоследовательным, поскольку республиканцы, исповедующие защиту прав штатов, обычно утверждали, что суды штатов должны быть толкователями законов штатов, в том числе и законов о выборах. Так же поступали и консервативные республиканцы в Верховном суде США. Демократы обвинили GOP в отказе от своей идеологической позиции и использовании грубой и циничной политической тактики, направленной на подрыв воли избирателей Флориды.
Республиканцы также настаивали в своей записке на том, что суд Флориды изменил правила после выборов и нарушил Статью II Конституции США, которая гласит, что законодательные органы штатов, а не суды штатов, уполномочены определять порядок назначения выборщиков.41 В их записке также утверждалось, хотя и менее подробно, чем в статье II, что должностные лица, занимающиеся пересчетом голосов в выбранных округах, будут по-разному относиться к бюллетеням и, следовательно, нарушат "равную защиту" избирателей по закону, гарантированную Четырнадцатой поправкой к Конституции Соединенных Штатов. Республиканцы также продолжали полагаться на госсекретаря Харрис, которая была сопредседателем кампании Буша в этом штате. Как и обещала Харрис, 26 ноября она остановила ручной пересчет голосов и подтвердила, что Буш победил во Флориде с небольшим перевесом в 537 голосов. Поскольку власти округов Майами-Дейд и Палм-Бич не завершили пересчет голосов, многие спорные бюллетени в этих густонаселенных районах не были включены в итоговые результаты, которые она подтвердила.
Хотя Буш приветствовал эту сертификацию, заявляя, что она дает ему победу, адвокаты Гора предсказуемо и яростно оспаривали ее. Нападая на записку GOP, которая была представлена в Верховном суде США, они также настаивали на том, что законодательное собрание Флориды (на которое команда Буша, опираясь на статью II Конституции США, рассчитывала в случае необходимости) не имело полномочий отменять закон штата Флорида и конституцию штата, которая предусматривала судебное рассмотрение этого вопроса в судах штата.
Во время устных выступлений 1 декабря с подобными аргументами было очевидно, что Высокий суд глубоко разделен. В ответ на это 4 декабря он вернул дело в Верховный суд Флориды и попросил его объяснить, "рассмотрел ли он соответствующие части федеральной Конституции и закона".42 В то время судьи ничего не сказали по поводу утверждения команды Буша о том, что статья о равной защите Четырнадцатой поправки имеет отношение к делу. Суд также не указал, что он может рассматривать установление конкретных и единых стандартов пересчета голосов как ключевой вопрос в своем решении.
Суд Флориды, по сути, проигнорировав указание Высокого суда, 8 декабря вынес решение, проголосовав четыре раза против трех, о проведении ручного пересчета по всему штату 61 000 или около того недонабранных голосов, которые были оспорены. Большинство из четырех судей не указало конкретных стандартов, которые бы определяли, какие бюллетени должны быть приняты. По мнению судей, при принятии решения о том, какие бюллетени являются приемлемыми, должностные лица, ответственные за пересчет, должны принимать во внимание "четкое указание на намерения избирателя".43
Республиканцы не теряли времени, призывая Верховный суд США приостановить пересчет голосов. На этот раз суд принял незамедлительные меры, проголосовав днем 9 декабря пятью голосами против четырех за отсрочку и назначив утро понедельника, 11 декабря, временем для устных аргументов по вопросам. Все пять голосов большинства принадлежали судьям, назначенным Рейганом или Бушем.44 Это была ошеломляюще плохая новость для и без того обескураженных сторонников Гора: Теперь казалось, что нет никакой возможности завершить ручной пересчет недополученных голосов, даже если суд одобрит его 11 декабря, к 12 декабря - дате, когда сертифицированные республиканские выборщики Флориды будут защищены от претензий со стороны конгресса.